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标题: Fe催化的一个偶联反应的过渡态搜寻，老是不收敛（已解决） [打印本页]

作者
Author: yukinolike 时间: 2022-3-17 09:31
标题: Fe催化的一个偶联反应的过渡态搜寻，老是不收敛（已解决）
本帖最后由 yukinolike 于 2022-3-23 08:07 编辑

最近做一个Fe催化的一个偶联，这个反应如图，是要寻找2到3之间的过渡态Ts1,我刚开始算的第一个，从算好的振动方向来看，优化步骤中间就是过渡态，但是因为最后不收敛报错了，我看了网上的方法后，提取最后一帧，其他计算方法都没变的情况下，就接着继续算，第二次的结果更不收敛了，而且没有看到反应振动。所以过渡态应该是在我的第一个计算里面，但是因为不收敛没法看到频率，也不知道虚频出现在哪个构象里面，所以恳请大佬求助。

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-3-17 10:05
别用B3LYP了，换比如PBE0之类的吧，B3LYP算过渡金属确实有点问题。

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Author: 北大-陶豫 时间: 2022-3-17 10:24
跟反应毫无关系的那些甲基建议去掉，这样过渡态会好找很多。去掉甲基找到过渡态，再把它反应中心的几何参数照搬到你的实际体系。

作者
Author: yukinolike 时间: 2022-3-17 10:35

北大-陶豫发表于 2022-3-17 10:24
跟反应毫无关系的那些甲基建议去掉，这样过渡态会好找很多。去掉甲基找到过渡态，再把它反应中心的几何参数 ...

去掉之后，不会影响它原本优化后的几何结构嘛，感觉之后计算的结果可能有差异呀。或者你是说用去掉以后的结构进行更好的初猜呢？

作者
Author: sai77 时间: 2022-3-17 10:51
结构是不是开始震荡了？
关键词试试recalc=3~5

http://sobereva.com/164

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-3-17 11:17

yukinolike 发表于 2022-3-17 10:35
去掉之后，不会影响它原本优化后的几何结构嘛，感觉之后计算的结果可能有差异呀。或者你是说用去掉以后的 ...

去掉甲基找到过渡态，再把它反应中心的几何参数照搬到你的实际体系，会是很好的过渡态初猜。

作者
Author: fatpig 时间: 2022-3-17 15:06
本帖最后由 fatpig 于 2022-3-17 15:08 编辑

如果是我的话，那就会这样做：
a，选用def2-svp基组，理论上比6-31g系列好一些；
b，先确认体系是不是singlet，含Fe阳离子的体系是triplet或quintet的可能性应该更大；
c，如果不是singlet，那么第一步是先做单点，加stable=opt确保波函数稳定性；
d，第二步读取第一步的稳定波函数直接算freq，freq的作用和你的calcfc类似，但可以看到振动模式；
e，确认算出来的最大虚频是你需要的后，第三步用readfc读取第二步中freq的力常数，开始opt。

作者
Author: RAL 时间: 2022-3-17 15:42

fatpig 发表于 2022-3-17 15:06
如果是我的话，那就会这样做：
a，选用def2-svp基组，理论上比6-31g系列好一些；
b，先确认体系是不是sin ...

虽然但是，def2系列在double-zeta级别不比Pople基组好，到triple-zeta及以上才能体现出明显优势

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-17 15:55
这个反应确定有势垒吗？有可能是实际上势垒等于0，导致过渡态不存在，所以才找不到

作者
Author: yukinolike 时间: 2022-3-17 15:56

sai77 发表于 2022-3-17 10:51
结构是不是开始震荡了？
关键词试试recalc=3~5

好的我试试，这个关键词recalc= 高斯09能用吗

作者
Author: sai77 时间: 2022-3-17 16:00

yukinolike 发表于 2022-3-17 15:56
好的我试试，这个关键词recalc= 高斯09能用吗

很遗憾不行，g16才有的功能

作者
Author: yukinolike 时间: 2022-3-17 16:02

sai77 发表于 2022-3-17 16:00
很遗憾不行，g16才有的功能

哦好的，我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗，像是(opt=calcfc,recalc=5)，还是只用写一个recalc就够了

作者
Author: sai77 时间: 2022-3-17 16:05

yukinolike 发表于 2022-3-17 16:02
哦好的，我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗，像是(opt=calcfc,recalc=5)，还是只用写一个r ...

只写recalc就行

作者
Author: yukinolike 时间: 2022-3-17 16:11

wzkchem5 发表于 2022-3-17 15:55
这个反应确定有势垒吗？有可能是实际上势垒等于0，导致过渡态不存在，所以才找不到

这个有过渡态的，我是在重复别人的计算工作，它就是不收敛。

作者
Author: yukinolike 时间: 2022-3-17 16:12

fatpig 发表于 2022-3-17 15:06
如果是我的话，那就会这样做：
a，选用def2-svp基组，理论上比6-31g系列好一些；
b，先确认体系是不是sin ...

没用过这个基组，请问你们基组知识都是从各种文献里面学习的嘛，我才刚接触计算，感觉有一堆东西要看

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-17 16:49
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-3-17 09:51 编辑

yukinolike 发表于 2022-3-17 09:02
哦好的，我老师装了两个的。但是这个是可以这两个连着写吗，像是(opt=calcfc,recalc=5)，还是只用写一个r ...

如果要一起写的话，应该是opt=(calcfc,recalc=5)，opt=要写在括号外面。当然正如你楼下所说，用recalc时不用写calcfc，但是假如碰到其他的关键词确实要一起写的情形，要注意哪些写在括号里，哪些写在括号外

作者
Author: sai77 时间: 2022-3-17 19:29

yukinolike 发表于 2022-3-17 16:12
没用过这个基组，请问你们基组知识都是从各种文献里面学习的嘛，我才刚接触计算，感觉有一堆东西要看

《谈谈量子化学中基组的选择》
http://sobereva.com/336

作者
Author: snljty 时间: 2022-3-17 19:49

fatpig 发表于 2022-3-17 15:06
如果是我的话，那就会这样做：
a，选用def2-svp基组，理论上比6-31g系列好一些；
b，先确认体系是不是sin ...

a真不一定，def2-SVP可能比6-31G**精度高一些，但是不够稳健。我已经遇到过三四个常见有机分子，某些二面角def2-SVP定性错误了。比如取代的苯胺、丙酮、连噻吩这些体系都有明显的问题。考虑到Pople基组在Gaussian里还能利用SP壳层有轻微的加速，个人建议在Gaussian里2-zeta基组还是6-31G*（或者需要给氢加极化的时候6-31G**）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-18 07:21

yukinolike 发表于 2022-3-17 16:12
没用过这个基组，请问你们基组知识都是从各种文献里面学习的嘛，我才刚接触计算，感觉有一堆东西要看

谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
基组入门资料小合集 http://bbs.keinsci.com/thread-2190-1-1.html

另外，我在北京科音的初级和量子化学培训班里全面讲基组的知识
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

以后发帖时注意标题必须详细具体，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，不要用“过渡态搜寻,老是不收敛”这种不够具体的标题，给你改了。

作者
Author: yukinolike 时间: 2022-3-23 08:06

北大-陶豫发表于 2022-3-17 11:17
去掉甲基找到过渡态，再把它反应中心的几何参数照搬到你的实际体系，会是很好的过渡态初猜。

谢谢你已经找到啦初猜结构非常完美

作者
Author: yu0117153157 时间: 2022-4-20 10:12
学习了

作者
Author: Accelerator 时间: 2022-4-27 11:39
先固定和反应坐标有关的键长进行限制性优化，确认得到所需要的虚频后，再放开所有自由度寻找过渡态。
原子转移反应通常需要固定两根键长才容易得到比较好的初猜，例如固定C-H和N-H距离均在1.3 A左右。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)