计算化学公社

标题: grompp运行后显示有太多警告无法生成tpr文件怎么办？ [打印本页]

作者
Author: chaochao 时间: 2022-3-17 11:39
标题: grompp运行后显示有太多警告无法生成tpr文件怎么办？
本帖最后由 chaochao 于 2022-3-17 11:41 编辑

我在通过grompp命令产生tpr文件时，首先出现了下面这个情况
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

然后我在命令后添加了-maxwarn后，还是不能正常生成，显示有效值太少，这种情况应该怎么办？
(, 下载次数 Times of downloads: 25)
（刚入门，这是在网上找的例子进行学习，可能问题很基础，还请不吝赐教，谢谢解答）

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-3-17 12:30
本帖最后由喵星大佬于 2022-3-17 12:31 编辑

你不把具体警告截下来让人猜谜语么
而且-maxwarn后面不给参数当然报错，后面写个10或者啥的

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-17 12:30
要加上忽略多少个，比如 -maxwarn 10
一般情况不建议无脑忽略，除非自己明确知道自己再干什么

作者
Author: chaochao 时间: 2022-3-17 15:52

喵星大佬发表于 2022-3-17 12:30
你不把具体警告截下来让人猜谜语么
而且-maxwarn后面不给参数当然报错，后面写个10或者啥的

抱歉给你带来的不便，下次注意。
很感谢你的回答。
WARNING 1 [file fws.top, line 4771]:
You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a physiological salt concentration.
请问这种情况下，我可以先忽略警告吗，在能量最小化之后再添加补偿离子用来中和体系中的净电荷。

作者
Author: chaochao 时间: 2022-3-17 15:56

牧生发表于 2022-3-17 12:30
要加上忽略多少个，比如 -maxwarn 10
一般情况不建议无脑忽略，除非自己明确知道自己再干什么

感谢你的解答，是这样的，我刚入门这个软件，然后从网上找了一些案例来进行学习，所以不是很清楚具体的思路以及目的。我看案例在能量最小化后会添加补偿离子用来中和体系中的净电荷，现在的警告也是和这个相关。
WARNING 1 [file fws.top, line 4771]:You are using Ewald electrostatics in a system with net charge. This can lead to severe artifacts, such as ions moving into regions with low dielectric, due to the uniform background charge. We suggest to neutralize your system with counter ions, possibly in combination with a physiological salt concentration.
这种情况下，可以先忽略警告吗，谢谢

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-17 23:55
这个警告的意思是体系不是电中性的，需要先加入一些离子使体系达到电中性，如果体系的总电荷量远小于1，就可以忽略这个警告

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-18 07:27

chaochao 发表于 2022-3-17 15:52
抱歉给你带来的不便，下次注意。
很感谢你的回答。
WARNING 1 [file fws.top, line 4771]:

能量极小化之前就得加抗衡离子让体系净电荷为0。你用Ewald及其任何变体诸如PME计算相互作用都要满足这一点。

PS：这些原理上的知识和模拟要点我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里都会专门讲到

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