计算化学公社

标题: PF6-阴离子的itp文件 [打印本页]

作者
Author: Kangtor 时间: 2022-3-17 11:51
标题: PF6-阴离子的itp文件
好久没看论坛了，看到有人问题目相关问题，就回答一下

帖子：
求助关于GAFF力场构建PF6-拓扑文件的问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=27777&fromuid=19927
(出处: 计算化学公社)

问题：

(, 下载次数 Times of downloads: 29)
这幅图来自于上述帖子，可以看出 PF6-呈现出锥形结构，而实际的结构应该为八面体型

原因：

是由于itp文件中angle项出现问题导致。F-P-F有90度和180度的区别，itp文件和力场文件中没弄对，就出现了问题

解决方法：

将设置多余的angle项删掉，修改好力场文件

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-17 14:24
用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）建这种体系拓扑文件轻轻松松，还不会出错，质量又高，照着网站上的例子操作立马就构建出来了：

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(, 下载次数 Times of downloads: 73)

作者
Author: antimony 时间: 2023-4-18 19:38

sobereva 发表于 2022-3-17 14:24
用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）建这种体系拓扑文件轻轻松松，还不会出错，质量又高，照着网 ...

想麻烦请问一下，我自己用sobtop建立的和这里放的PF6-.gro文件用vmd打开后都只显示原子不显示键，将其放入体系运行eq、prod之后也只能显示部分键或仍不显示键（见图）
C:\Users\Administrator\Desktop\PF6-gro.png
C:\Users\Administrator\Desktop\eqgro.png
我感觉是不是显示哪里设置的有问题，望请赐教C:\Users\Administrator\Desktop\eq.gro.png

作者
Author: snljty2 时间: 2023-4-18 20:02

antimony 发表于 2023-4-18 19:38
想麻烦请问一下，我自己用sobtop建立的和这里放的PF6-.gro文件用vmd打开后都只显示原子不显示键，将其放 ...

gro文件不记录键连方式，VMD载入后按照原子距离判断的成键。你可以改一下判断成键的阈值，用Dynamic Bonds显示，或者鼠标点手动加键。可以参考卢老师博文《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》

作者
Author: antimony 时间: 2023-4-18 21:20

snljty2 发表于 2023-4-18 20:02
gro文件不记录键连方式，VMD载入后按照原子距离判断的成键。你可以改一下判断成键的阈值，用Dynamic Bond ...

感谢解惑

作者
Author: liuxdhs 时间: 2024-8-23 20:28

sobereva 发表于 2022-3-17 14:24
用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）建这种体系拓扑文件轻轻松松，还不会出错，质量又高，照着网 ...

sob老师，您好。请问您这PF6-使用的是什么泛函与基组进行几何优化的呢？

我使用b3lyp/def2tzvp做完几何优化与振动分析，电荷与自旋多重度为-1和1。按照sobtop第一例生成itp文件，与您这PF6-的itp文件的参数存在一定的差异，主要表现在bond的k出现负值。同时拟合的RESP电荷也没有您这个好。

并且，此种无机阴离子使用什么泛函和基组比较合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-24 06:25

liuxdhs 发表于 2024-8-23 20:28
sob老师，您好。请问您这PF6-使用的是什么泛函与基组进行几何优化的呢？

我使用b3lyp/def2tzvp做完几 ...

我忘了。反正b3lyp/def2tzvp肯定没问题。原则上基组改成带弥散的ma-def2-TZVP更好

作者
Author: liuxdhs 时间: 2024-8-24 10:56

sobereva 发表于 2024-8-24 06:25
我忘了。反正b3lyp/def2tzvp肯定没问题。原则上基组改成带弥散的ma-def2-TZVP更好

感谢sob老师，我再尝试一下。

作者
Author: adong 时间: 2024-8-24 11:24

sobereva 发表于 2022-3-17 14:24
用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）建这种体系拓扑文件轻轻松松，还不会出错，质量又高，照着网 ...

sob老师，像二草酸硼酸锂(LiBOB) 中的BOB阴离子用构建PF6阴离子的力常数全基于Hessian计算得到力场参数合适吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-25 01:15

adong 发表于 2024-8-24 11:24
sob老师，像二草酸硼酸锂(LiBOB) 中的BOB阴离子用构建PF6阴离子的力常数全基于Hessian计算得到力场参数合 ...

合适

作者
Author: adong 时间: 2024-8-25 17:41

sobereva 发表于 2024-8-25 01:15
合适

谢谢sob老师。

作者
Author: aipacino 时间: 2025-3-15 15:51
老师你好
我的阴离子拓扑文件是按用sobtop生成的，我看了一下和sob老师在这个贴子里给的示例也很相近，老师您说的“itp文件和力场文件没弄对，将多余的angle项删除”，请问是删力场文件里面的吗
我的主top文件里引用了这个力场：
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
我也没有在这里面（包括这个力场文件引用的）找到关于F-P-F的angle定义，不知是如何多余的，可以详细说一下吗

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