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标题: GMX中acc-grp与comm-grp的BUG [打印本页]

作者
Author: lishine 时间: 2022-3-17 16:36
标题: GMX中acc-grp与comm-grp的BUG
（一）先附上*.mdp文件的关键部分：；[comm部分]

comm-mode = Linear；
comm-grps = rHe；rHe为我自定义的一个原子组，里面有很多分子，类似于溶剂组
nstcomm = 500；
；[ACC部分]

acc-grps = INP; INP为我自定义的一个原子组，里面有1个分子，类似于溶质组
accelerate = 0.00393 0.00393 0.00393;
（二）BUG问题：
从*.mdp中可以看出，我对rHe组去除质心位移，对INP组添加了加速度。这俩应该是各自运行的，没有冲突。但是在grompp运行过程中，却意外地对加速度组（INP）进行了修正！查阅源码，发现：修正值是减去整个模拟系统的质心加速度，这样的操作就导致所有的组（INP和rHe）都赋予了加速度！这并不是我的本意，我只是想INP组有加速度。我觉得：GMX这样的操作明显是不对的！
（三）处理方法：
修改源码，我使用“用户手册”中的userinit1这个参数来控制是否修正加速度。

（四）讨论：
请问大家，我这样的操作是否是正确的？是不是我误解了GMX的本意？（我是GMX和MD的初学者，所以很多基础都不懂）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-18 07:34
最好去gromacs论坛问问开发者，注明所用版本。不过最新版GROMACS已经弃了acc-grps功能了，可以改用pull设置等效实现

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