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标题: 关于定义非标准氨基酸残基？ [打印本页]

作者
Author: ptg 时间: 2022-3-17 16:38
标题: 关于定义非标准氨基酸残基？
各位老师好。我在最近跟着教程学习如何定义非标准氨基酸残基，经过多次失败，终于成功运行，但会有如下警告：
Warning: Long Bond (6-9 = 0.855706 nm)
Warning: Long Bond (2-3 = 0.902006 nm)
想请问各位老师：
1.这个警告会不会影响模拟结果；
2.我看的教程是先生成残基的itp文件，在此基础上进行修改获得rtp文件的。请问在最初生成残基的itp文件时是否应该用残基的完整结构，还是应当在C端与N端分别接上别的氨基酸，获得itp文件后再删掉不需要的部分。

谢谢各位老师指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-18 07:32
根据提示解决，bond项描述的化学键显然不能有诸如0.9 nm那么远的情况
在搞懂rtp定义规则的前提下，反复检查自定义rtp信息的合理性

作者
Author: ptg 时间: 2022-3-18 10:31

sobereva 发表于 2022-3-18 07:32
根据提示解决，bond项描述的化学键显然不能有诸如0.9 nm那么远的情况
在搞懂rtp定义规则的前提下，反复检 ...

请问老师，这个warning是否说明只是这两个键有问题，而整体定义残基过程是没问题的。以及括号内的6-9是pdb文件中原子序号吗？谢谢老师指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-19 08:06

ptg 发表于 2022-3-18 10:31
请问老师，这个warning是否说明只是这两个键有问题，而整体定义残基过程是没问题的。以及括号内的6-9是pd ...

先把显而易见的、已知的问题解决，然后再说别的。不代表除了这两个外就没有其它问题。

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