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标题: 利用VMD生成psf文件 [打印本页]

作者
Author: ruanyang 时间: 2014-11-18 13:09
标题: 利用VMD生成psf文件
我想问一下对于自己搭建的构型（石墨烯+碳纳米管），如果想用VMD生成psf文件可行吗？？如果可以应该如何操作，恳请各位VMD高手进行解答。（我想利用VMD生成构型的.top文件，使用gromacs模拟）谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-18 14:50
VMD不是干这个的，这种体系要用x2top生成top文件，参见
amber与gromacs读入碳纳米管的方法
http://sobereva.com/39

作者
Author: ruanyang 时间: 2014-11-18 18:00
好的Sob老师，那请问VMD的top和Gromacs的top有什么区别？？？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-19 03:28
VMD本来就不能生成gromacs的top文件。VMD生成输入文件是给NAMD用的

作者
Author: ruanyang 时间: 2014-11-19 07:33
了解了，谢谢Sob老师，他们的top文件的格式不同.VMD利用的好像是CHARMM力场的形式

作者
Author: xialaxiu 时间: 2015-10-29 05:35

sobereva 发表于 2014-11-19 03:28
VMD本来就不能生成gromacs的top文件。VMD生成输入文件是给NAMD用的

VMD能生成CHARMM的top文件吗？具体如何进行？

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