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标题: 求助FeCl4-的charm 力场文件 [打印本页]

作者
Author: ZHTao 时间: 2022-3-18 09:46
标题: 求助FeCl4-的charm 力场文件
搜索文献没有找到FeCl4-的力场参数求大神帮助

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-18 16:10
没有叫charm的力场
以描述生物大分子为主的CHARMM力场根本就不能支持这种体系

如果对力场没有特殊要求，应当用Sobtop创建兼容GAFF/AMBER力场的这个体系的拓扑文件，轻而易举，仔细看主页http://sobereva.com/soft/Sobtop里面的例子

作者
Author: smutao 时间: 2022-3-20 01:34
其实利用sobtop产生gromacs格式的拓扑等文件后
可以用ParmEd轻松转换为其他程序兼容的文件格式（比如charmm/namd amber等）
一个amber转charmm的例子：
=== https://github.com/ParmEd/ParmEd/issues/631 ==
import parmed as pmd

amber = pmd.load_file('prmtop', 'inpcrd')

# Save a GROMACS topology and GRO file
amber.save('gromacs.top')
amber.save('gromacs.gro')

# Save a CHARMM PSF and crd file
amber.save('charmm.psf')
amber.save('charmm.crd')
===
gromacs转charmm/namd 应该不难

作者
Author: ZHTao 时间: 2022-3-24 11:09

sobereva 发表于 2022-3-18 16:10
没有叫charm的力场
以描述生物大分子为主的CHARMM力场根本就不能支持这种体系

好的感谢

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