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标题: VMD里怎么移动体系单个分子位置 [打印本页]

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2022-3-18 09:55
标题: VMD里怎么移动体系单个分子位置
VMD新手小白请教各位大神，怎么才能在建模好的pdb文件中，由于位置不合理，需要在体系里调整一下其中单个分子的位置，试来试去只能平移和旋转整个体系，印象中有方法是各科在VMD中通过鼠标改变的，先提前谢谢大家解答了

作者
Author: agent99 时间: 2022-3-18 12:14
VMD只能看结构不能修改，用GaussView

作者
Author: 丁越 时间: 2022-3-18 12:48
本帖最后由丁越于 2022-3-18 12:49 编辑

恰当语法选择要移动的分子 sel，然后按照下面transoffset所示的产生平移变换矩阵 trans_matrix，然后$sel move $trans_matrix
或者更简单点用Multiwfn的强大几何变换功能去弄

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2022-3-18 15:31

agent99 发表于 2022-3-18 12:14
VMD只能看结构不能修改，用GaussView

可是用高view就没有了我的盒子尺寸，跑动力学会失败

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2022-3-18 15:32

丁越发表于 2022-3-18 12:48
恰当语法选择要移动的分子 sel，然后按照下面transoffset所示的产生平移变换矩阵 trans_matrix，然后$sel m ...

感谢回答，可是不太理解什么是变换矩阵，我就是想移动一个甲醇分子的微信hi

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-18 16:17
VMD里可以修改结构，我的分子动力学与GROMACS培训班里的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 76)

只不过结构修改不是VMD的长项。而且没有撤销键，修改时需谨慎。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-19 06:34

雨雨xt 发表于 2022-3-18 15:32
感谢回答，可是不太理解什么是变换矩阵，我就是想移动一个甲醇分子的微信hi

直接在图形窗口里移动不牵扯到变换矩阵
只有你像手术机器人一样精细操作，移动的距离和角度要量化到具体数值时，才会牵扯到

作者
Author: CruiseBend 时间: 2022-3-19 11:32
mouse-move先移动，然后transoffset 移动，trans center $sel axis y 90进行旋转，能解决90%问题

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2022-3-19 12:26

sobereva 发表于 2022-3-18 16:17
VMD里可以修改结构，我的分子动力学与GROMACS培训班里的ppt：

谢谢sob老师！万分感谢！

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2022-3-19 12:29

sobereva 发表于 2022-3-19 06:34
直接在图形窗口里移动不牵扯到变换矩阵
只有你像手术机器人一样精细操作，移动的距离和角度要量化到具体 ...

嗯嗯，明白啦sob老师

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2022-3-19 12:42

CruiseBend 发表于 2022-3-19 11:32
mouse-move先移动，然后transoffset 移动，trans center $sel axis y 90进行旋转，能解决90%问题

嗯嗯，谢谢你呀

作者
Author: 许豪铭 时间: 2023-12-22 14:26

sobereva 发表于 2022-3-18 16:17
VMD里可以修改结构，我的分子动力学与GROMACS培训班里的ppt：

卢老师您好，请问move后按shift旋转相应部分，怎么旋转90°这种想要的度数，手动转只能靠感觉判断转了多少

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-22 15:55

许豪铭发表于 2023-12-22 14:26
卢老师您好，请问move后按shift旋转相应部分，怎么旋转90°这种想要的度数，手动转只能靠感觉判断转了多 ...

需要对atomselect对象用命令行来实现精确的旋转

(, 下载次数 Times of downloads: 48)

如果不是非得用VMD实现的话，也可以用下文Multiwfn里的功能，更容易

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

作者
Author: 许豪铭 时间: 2023-12-25 14:11

sobereva 发表于 2023-12-22 15:55
需要对atomselect对象用命令行来实现精确的旋转

谢谢老师

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