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标题: 请问体系溶剂化可以使用除Gromacs自带的水模型之外的溶剂吗？ [打印本页]

作者
Author: yee 时间: 2022-3-18 11:21
标题: 请问体系溶剂化可以使用除Gromacs自带的水模型之外的溶剂吗？
我想将一个制冷剂分子放到有机溶液里面，好像不能直接用gmx solvate 来实现，但是如果直接将制冷剂分子置于盒子中间，再将其坐标复制到充满溶剂分子的盒子的gro文件中，好像分子之间会重叠，在实现最小化时会出现Maximum force很大的，然后lincs warning的错误，请问该如何解决？

作者
Author: 妙角不脆 时间: 2022-3-18 15:46
可以考虑用packmol建模，社长之前有类似的博文。

作者
Author: mol 时间: 2022-3-18 21:36
当然可以，看一下gmx solvate的help文件即可

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-19 06:51
如果你已经有溶剂的经过NPT模拟后的gro文件，用gmx solvate是最佳选择，加入的溶剂最为致密
如果没有，用packmol
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

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