计算化学公社

标题: 粗糙二氧化硅水驱油体系使用牵引力推动时，不固定表面基团跑不起来，显示lincs错误 [打印本页]

作者
Author: lucky-girl 时间: 2022-3-18 11:30
标题: 粗糙二氧化硅水驱油体系使用牵引力推动时，不固定表面基团跑不起来，显示lincs错误
各位老师们好，这个体系我跑npt时可以跑起来，但是使用牵引力推动跑pull时，就必须固定表面基团羟基才能跑起来，我想做的是不固定表面羟基基团，请问有什么方法可以解决出现的lincs错误吗？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-19 06:53
上传完整的mdp文件

作者
Author: lucky-girl 时间: 2022-3-19 09:44
谢谢老师，这是mdp文件。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-20 14:03
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-3-20 18:12 编辑

constraints = all-bonds
这个设置把所有键长都固定了，如果这是不必要的，可以改成h-bonds试试

关于constraint：
通常C-H键的振动会消耗大量资源，但是通常不包含有意义的信息，所以在分子动力学模拟中引入constraint，固定C-H的长度，这样可以减少计算量而不损失有价值的信息。
同理，在确定不会损失有价值的信息的情况下，可以固定各种键的键长键角以减小计算量。

在施加外力的情况下，溶剂与溶质的相互作用变强，因此键长会在合理范围内变化，而设置constraints=all-bonds时要求所有键长和C-H的键角保持不变，因此会产生警告。
改为只固定C-H键长后，警告应该会减少，但是计算速度也会下降。

作者
Author: lucky-girl 时间: 2022-3-21 10:07

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-20 14:03
constraints = all-bonds
这个设置把所有键长都固定了，如果这是不必要的，可以改成h- ...

谢谢老师的回答，改成h-bonds之后，再将固定的表面羟基放开以后，还是跑不起来，还是出现lincs错误。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-21 14:29

lucky-girl 发表于 2022-3-21 10:07
谢谢老师的回答，改成h-bonds之后，再将固定的表面羟基放开以后，还是跑不起来，还是出现lincs错误。

更多关于lincs警告的问题可以看sob老师的回答
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=36081 (出处: 计算化学公社)[/url]

作者
Author: lucky-girl 时间: 2022-3-21 15:58

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-21 14:29
更多关于lincs警告的问题可以看sob老师的回答
求助在运行gromacs时出现Too many LINCS warnings (13188) ...

谢谢您的回答,这个体系我已经逐一检查了一个多月了，就是一直出现这个问题，您发的那个网址我之前早就看过了。

作者
Author: lucky-girl 时间: 2022-3-21 15:59

sobereva 发表于 2022-3-19 06:53
上传完整的mdp文件

老师您好，我已经将mdp文件上传至您的回答的下方，麻烦老师给看一下，谢谢老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-22 08:34
不要用gen_vel = yes直接产生对应不是很低温情况的初速度，容易崩
一定不要用constraints = all-bonds
反复尝试不同的pull设置，诸如把推的速度设得极度缓慢。既然NPT都能跑，反复对比测试总能找到原因

作者
Author: lucky-girl 时间: 2022-3-22 09:24

sobereva 发表于 2022-3-22 08:34
不要用gen_vel = yes直接产生对应不是很低温情况的初速度，容易崩
一定不要用constraints ...

好的，谢谢老师的回答。

作者
Author: LWF 时间: 2023-3-22 17:17
您这个粗糙度参考的哪一篇文献啊，想学习一下

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)