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标题: gromacs2022+CP2k 安装问题 [打印本页]

作者
Author: wangyiwen 时间: 2022-3-18 15:56
标题: gromacs2022+CP2k 安装问题
各位老师好，我最近在安装gromacs2022版与cp2k8.2 联用，CP2k已经安装完成，在安装gromacs的cmake 步骤时出现了两个错误，我不能解决，还请老师们指点一下。
configure GROMACS with cmake 按照https://manual.gromacs.org/docum ... -cp2k-qm-mm-support官方教程操作：

cmake .. -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMXAPI=OFF -DGMX_INSTALL_NBLIB_API=OFF -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_CP2K=ON -DCP2K_DIR=home/wangyiwen/program/cp2k-8.2/lib/local/psmp -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY=/home/wangyiwen/program/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/fftw-3.3.8/lib -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/home/wangyiwen/program/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/fftw-3.3.8/include -DGMX_BLAS_USER=/home/wangyiwen/program/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/openblas-0.3.10 -DGMX_LAPACK_USER=/home/wangyiwen/software/cp2k/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/scalapack-2.1.0 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/wangyiwen/program/gromacs-cp2k -DGMX_MPI=on -DCP2K_LINKER_FLAGS="-Wl,--enable-new-dtags -pthread -L'/home/wangyiwen/program/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/fftw-3.3.8/lib' -L'/home/wangyiwen/program/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/lib' -L'/home/wangyiwen/program/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/libxc-5.1.4/lib' -L'/home/wangyiwen/program/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/libxsmm-1.16.1/lib' -L'/home/wangyiwen/program/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/scalapack-2.1.0/lib' -L'/home/wangyiwen/program/cp2k-8.2/tools/toolchain/install/elpa-2020.11.001/lib' -lelpa_openmp -lscalapack -lxsmmf -lxsmm -ldl -lpthread -lxcf03 -lxc -lint2 -lfftw3_mpi -lfftw3 -lfftw3_omp -lmpi -lopenblas -lstdc++ "

出现的错误如下：
/home/wangyiwen/program/gromacs-2022/src/gromacs/applied_forces/qmmm/qmmmforceprovider.cpp:56:10: fatal error: libcp2k.h: No such file or directory
#include <libcp2k.h>
^~~~~~~~~~~
compilation terminated.
src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/build.make:8486: recipe for target 'src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/applied_forces/qmmm/qmmmforceprovider.cpp.o' failed
make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/applied_forces/qmmm/qmmmforceprovider.cpp.o] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:4500: recipe for target 'src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all' failed
make[1]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] Error 2
Makefile:181: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

作者
Author: yjb 时间: 2022-3-19 22:50
我之前装了两个月，最后发现是版本的问题，我在Centos8上装的CP2k8.1+gromacs-2021-beta。

作者
Author: wangyiwen 时间: 2022-3-20 16:37

yjb 发表于 2022-3-19 22:50
我之前装了两个月，最后发现是版本的问题，我在Centos8上装的CP2k8.1+gromacs-2021-beta。

嗯嗯，这个找到问题出在哪了，这个问题可能出在cp2k的安装上， cp /home/wangyiwen/software/gromacs-cp2k/gromacs-2022/build/src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/applied_forces/qmmm/qmmm* /home/wangyiwen/program/gromacs-2022/build/src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/applied_forces/qmmm
cp一下这个就行了。建议是检查一下cp2k的安装是否成功。如果安装成功是不会出现这个问题的。这是我这几天找到的结果。

作者
Author: yjb 时间: 2022-4-26 16:22

wangyiwen 发表于 2022-3-20 16:37
嗯嗯，这个找到问题出在哪了，这个问题可能出在cp2k的安装上， cp /home/wangyiwen/software/gromacs-cp2 ...

您好，我在安装的过程中也遇到了类似的情况，在make -j的过程中，报错。
/home/test/soft/gromacs-2022/src/gromacs/applied_forces/qmmm/qmmmforceprovider.cpp:56:10: fatal error: libcp2k.h: No such file or directory
56 | #include <libcp2k.h>
| ^~~~~~~~~~~
compilation terminated.
make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/build.make:9127: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/applied_forces/qmmm/qmmmforceprovider.cpp.o] Error 1
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:4102: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:166: all] Error 2

请问这个问题如何能够解决呢，搞了好久了。

作者
Author: wangyiwen 时间: 2022-6-1 10:16

yjb 发表于 2022-4-26 16:22
您好，我在安装的过程中也遇到了类似的情况，在make -j的过程中，报错。
/home/test/soft/gromacs-2022/ ...

请问问题解决了吗，这个错误就是出在/home/test/soft/gromacs-2022/src/gromacs/applied_forces/qmmm 文件夹是空的，我是之前安装过一遍，就把之前的这个文件夹里的东西cp到这个空的文件夹里。就没有出现错误了

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