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标题: 一种二面角扫描出错的解决办法 [打印本页]

作者
Author: stevenabing 时间: 2022-3-19 10:34
标题: 一种二面角扫描出错的解决办法
本帖最后由 stevenabing 于 2022-3-19 10:48 编辑

最近，进行二面角扫描，总是出现下面的错误，找了很久没有解决，最后，仔细分析问题，得出如下解决方法，与大家讨论。
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle    3 - 12 - 14
Tors failed for dihedral    2 -    3 - 12 - 14
Tors failed for dihedral    4 -    3 - 12 - 14
Tors failed for dihedral    3 - 12 - 14 - 15
Tors failed for dihedral    3 - 12 - 14 - 16
FormBX had a problem.

高斯扫描二面角会出现以上问题而中断，具体原因是什么了？

先看看问题，Bend failed for angle    3 - 12 - 14，这一句是核心，就是说3-12-14这三个原子在一条直线上了，此时，无法判断二面角了，也就是紧接着的四个错误Tors failed for dihedral。如果大家对二面角的定义熟悉，也就觉得此时这个问题确实是存在的，软件不知道何去何从，所以软件就报错。如何避免次问题？我的思路是，我们把起始结构别搞的那么标准，一般都是优化的最优结构，比如双键的反式共平面，-180度，此时，我们把这个起始角度稍微调节一下，别让这么标准，变为0.1258度，或者-179.9684度等，这样扫描过程中出现共线的情况就避免了。

作者
Author: granvia 时间: 2022-3-19 11:42
Gaussian的这个问题很多很多年前就知道了，比较好奇Gaussian为啥不解决一下？也就添加一两行代码的事情

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-19 12:30
Gaussian官方要是加入适时自动重新构建冗余内坐标的步骤就能直接解决

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