计算化学公社

标题: 进行grompp，提示OWT4找不到怎么办？ [打印本页]

作者
Author: Riddermark 时间: 2016-3-14 14:13
标题: 进行grompp，提示OWT4找不到怎么办？
  请教一下，在我的盒子里加了tip4p的水分子，在进行grompp时系统提示OWT4找不到，按照网上的方法添加了
###ffnonbond.itp###

OWT3 8    0.000    0.000    A 0.24889E-02 0.24352E-05
OWT4 8    0.000    0.000    A 0.25519e-02 0.25104e-05
   HW 1    0.000    0.000    A 0.00000E+00 0.00000E+00

###atomtypes.atp###

OWT3  15.99940 ;    TIP3P WATER OXYGEN
OWT4  15.99940 ;    TIP4P WATER OXYGEN
   HW 1.00800 ;    WATER HYDROGEN
结果又提示IW找不到，怎么办？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-14 20:31
你用TIP4P的时候最好用Amber或OPLS力场，这样的话不用做什么修改，nonbonded里面直接就有对应的原子类型。用GROMOS一般都用SPC/E水模型，此时要用TIP3P或TIP4P还得手动往nonbonded里面添加。

作者
Author: Riddermark 时间: 2016-3-14 21:59

sobereva 发表于 2016-3-14 20:31
你用TIP4P的时候最好用Amber或OPLS力场，这样的话不用做什么修改，nonbonded里面直接就有对应的原子类型。 ...

谢谢老师回复，那我可以在同一个盒子里用不同力场里的原子和水混合么？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-14 23:39

Riddermark 发表于 2016-3-14 21:59
谢谢老师回复，那我可以在同一个盒子里用不同力场里的原子和水混合么？

不建议这样

作者
Author: Riddermark 时间: 2016-3-15 10:56

sobereva 发表于 2016-3-14 23:39
不建议这样

好的，谢谢老师

作者
Author: Riddermark 时间: 2016-3-15 15:18

sobereva 发表于 2016-3-14 23:39
不建议这样

对了，老师我想问，要是我把tip4p里对应的原子类型的名字换成spec对应的原子类型，可以么？在实际的模拟中会有影响么？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-15 18:11

Riddermark 发表于 2016-3-15 15:18
对了，老师我想问，要是我把tip4p里对应的原子类型的名字换成spec对应的原子类型，可以么？在实际的模拟 ...

你看看tip4p和spce里对应的原子对应的范德华参数是否一样，一样的话还成

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