计算化学公社

标题: 求助g_mmpbsa得出的静电力和范德华力异常 [打印本页]

作者
Author: Tyzhang 时间: 2022-3-20 18:08
标题: 求助g_mmpbsa得出的静电力和范德华力异常
目的：计算两种蛋白在某阶段的结合能变化
出现的问题：g_mmpbsa得到的静电力和范德华力的文件中，两种蛋白单独的静电力和范德华力都是零，这是哪里出了问题？
希望得到各位老师的解答！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-21 06:58
尝试用https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/这个做MMPBSA

作者
Author: Tyzhang 时间: 2022-3-21 10:25

sobereva 发表于 2022-3-21 06:58
尝试用https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/这个做MMPBSA

好的。麻烦再请问sob老师一个问题，我图上最后两列不同时间点的静电力彼此差异很大，这种情况属于正常吗？是不是跟我的轨迹处理有关系？我是正十二面体盒子对轨迹进行了-pbc mol -center处理

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)