计算化学公社

标题: mmpbsa计算结果为0 [打印本页]

作者
Author: benwei12138 时间: 2022-3-20 20:10
标题: mmpbsa计算结果为0
各位老师同学大家好，程序运行结果如图：

用的gromacs2020.6，APBS3.0
脚本是gmx_mmpbsa的bash文件https://link.zhihu.com/?target=h ... e/master/gmx_mmpbsa
使用windows的installer版本就能够正常运行，但是用linux预编译的版本（直接解压）就会出现以上情况
APBS路径是没问题的，但是看情况好像是APBS没有被引用

作者
Author: benwei12138 时间: 2022-3-20 20:11
查看了.qrv文件，是正常的

作者
Author: benwei12138 时间: 2022-3-21 00:33
以下为err文件和qrv文件

作者
Author: benwei12138 时间: 2022-3-21 00:42
This executable compiled on Jan 8 2016 at 17:11:27

Parsing input file _pid~0ns.apbs...
read
Parsed input file.
Got paths for 3 molecules
Reading PQR-format atom data from _pid~0ns_com.pqr.
Vio_ctor2: some error occurred.
Vio_ctor: Vio_ctor2() failed.
Problem opening virtual socket _pid~0ns_pro.pqr!
Error reading molecules!

这是0ns.out中的输出，我认为可能报错的地方

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-21 06:56

benwei12138 发表于 2022-3-21 00:42
This executable compiled on Jan 8 2016 at 17:11:27

Parsing input file _pid~0ns.apbs...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

下次再看到删帖扣分处理

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-21 06:56
最推荐用这个结合GROMACS做MMPBSA，最强大最可靠：https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

作者
Author: benwei12138 时间: 2022-3-21 13:09

sobereva 发表于 2022-3-21 06:56
最推荐用这个结合GROMACS做MMPBSA，最强大最可靠：https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

感谢sob老师，但是我使用了云服务器的gmx_MMPBSA总是会出现如下报错
[ERROR  ] MMPBSA_Error /home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/bin.AVX2_256/gmx trjconv failed when querying md_0_6.xtc.
         Check the gmx_MMPBSA.log file to report the problem.
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/bin/gmx_MMPBSA", line 8, in <module>
sys.exit(gmxmmpbsa())
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/app.py", line 101, in gmxmmpbsa
app.make_prmtops()
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/main.py", line 533, in make_prmtops
self.FILES.mutant_receptor_prmtop, self.FILES.mutant_ligand_prmtop) = maketop.buildTopology()
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/make_top.py", line 116, in buildTopology
self.gmx2pdb()
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/make_top.py", line 259, in gmx2pdb
GMXMMPBSA_ERROR('%s failed when querying %s' % (' '.join(comprog), self.FILES.complex_trajs[0]))
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/exceptions.py", line 169, in __init__
raise exc(msg + '\nCheck the gmx_MMPBSA.log file to report the problem.')
MMPBSA_Error: /home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/bin.AVX2_256/gmx trjconv failed when querying md_0_6.xtc
Check the gmx_MMPBSA.log file to report the problem.
Exiting. All files have been retained.

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-3-21 19:15

benwei12138 发表于 2022-3-21 13:09
感谢sob老师，但是我使用了云服务器的gmx_MMPBSA总是会出现如下报错
[ERROR ] MMPBSA_Error /home/aist ...

检查一下集群上的gromacs版本和你跑MD用的版本是否一致

作者
Author: benwei12138 时间: 2022-3-22 17:31

溪临昭煌发表于 2022-3-21 19:15
检查一下集群上的gromacs版本和你跑MD用的版本是否一致

感谢老师，已经确定问题了，是index文件的问题

作者
Author: whitemouse 时间: 2022-4-28 14:44

benwei12138 发表于 2022-3-22 17:31
感谢老师，已经确定问题了，是index文件的问题

请问楼主你是怎么解决的，我也是分析能量和MD都是2020.6，也遇到了这个情况

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