计算化学公社

标题: 求助通过gromacs中do_dssp模块计算蛋白二级结构随时间变化的问题 [打印本页]

作者
Author: 2116302004 时间: 2022-3-21 14:20
标题: 求助通过gromacs中do_dssp模块计算蛋白二级结构随时间变化的问题
各位大神您们好，本人是分子动力学的小白，最近本人从amber转到学习gromacs软件，系统用的是ubuntu20.4。昨天本人已经用gromacs跑完了一个卵清蛋白亚基（PDBID:1OVA）的动力学，然后想对轨迹结合拓扑结构文件去调用do_dssp命令去计算这个亚基的二级结构随时间的变化情况（想得到.xpm文件）。但是却出现了没报错却又没有读取进度的情况，具体如下：
本人输入的代码指令是：
#得到体系坐标平移，让蛋白质在盒子中间，而且没有出现跨盒子的情况
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
#调用do_dssp
gmx do_dssp -f md_0_1_center.xtc -s md_0_1.tpr -o dssp.xpm -tu ns

然后本人选择了Group 1的蛋白。本以为可以顺利得到结果，但是却一直卡在reading frame这里，reading读取没有任何进展，但是却也没有报错的情况出现，个人感觉疑惑不知道发生了什么错误。请各位老师指点。谢谢！
(, 下载次数 Times of downloads: 14) 左图1为输入的命令。
(, 下载次数 Times of downloads: 30) 左图2为一直没有反应的终端页面，没报错也没任何进度，放置了一晚上也没有结果。
希望可以得到大家指导，谢谢大家。

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2022-3-21 19:21
用top命令查看程序有没有在运行，是不是你一不小心按到暂停了

作者
Author: mol 时间: 2022-3-22 08:30
建议lz加上-b 从最后几帧构象开始分析，看看短时间内是否有结果输出。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-22 08:46
考虑前面的回复。如果还不行，而且你的ubuntu是直接从软件源里安装的，改成自己编译再试，还不行换个gmx版本再试，还不行就用VMD自带的timeline工具算二级结构变化，能得到和dssp基本一样的图

(, 下载次数 Times of downloads: 24)

作者
Author: 2116302004 时间: 2022-3-22 12:08

sobereva 发表于 2022-3-22 08:46
考虑前面的回复。如果还不行，而且你的ubuntu是直接从软件源里安装的，改成自己编译再试，还不行换个gmx版 ...

谢谢老师，我试试

作者
Author: zwy123 时间: 2023-6-22 12:01

2116302004 发表于 2022-3-22 12:08
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你好，试成功了吗，我也遇到了这个问题

作者
Author: Acee 时间: 2023-6-22 21:24
用gmx2018的进行分析

作者
Author: Moly 时间: 2023-6-26 21:27

zwy123 发表于 2023-6-22 12:01
你好，试成功了吗，我也遇到了这个问题

你好，你解决了吗？

作者
Author: charlay 时间: 2024-6-8 20:38
你好，请问你的问题解决了吗？

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