计算化学公社

标题: 请教有关ZIF在GROMACS的模拟 [打印本页]

作者
Author: gaoruichen 时间: 2022-3-22 10:19
标题: 请教有关ZIF在GROMACS的模拟
我使用CCDC网站下载的ZIF-8 cif文件，用discovery studio转化为PDB格式，随后使用GROMACS进行模拟，在选择力场后报错Residue ' ' not found in residue topology database，这里的residue为啥是个空格呀

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-3-22 11:36
这种配合物你先找找有什么力场

gromacs也没法直接生成这种东西的拓扑文件，不过可以参考生成石墨烯拓扑文件的方法

作者
Author: gaoruichen 时间: 2022-3-22 14:57
谢谢您的回复！我是看到文献中使用Gromos96 43a1进行的模拟，才这样进行。不知道是否需要按照非标准残基的模拟流程进行呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-23 14:45
这种体系根本就不是靠pdb2gmx来产生拓扑文件的
用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）可以容易地产生拓扑文件
根本就不可能纯粹靠43a1力场来模拟，里面根本就没Zn涉及的bonded参数

作者
Author: gaoruichen 时间: 2022-3-24 10:15

sobereva 发表于 2022-3-23 14:45
这种体系根本就不是靠pdb2gmx来产生拓扑文件的
用Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）可以容易地产 ...

嗯嗯，谢谢sob老师的回复。我后来采用了Sobtop来生成top、itp等文件，但是在GROMACS中进行到添加离子操作时，提示fetal error：SOL没有moleculartype，请问这里是不是要在sobtop生成的top文件中增加water topology呀

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-24 10:23

gaoruichen 发表于 2022-3-24 10:15
嗯嗯，谢谢sob老师的回复。我后来采用了Sobtop来生成top、itp等文件，但是在GROMACS中进行到添加离子操作 ...

加溶剂的时候要用-p选项指定top文件，如果少了这一步top文件里就没有溶剂信息

作者
Author: gaoruichen 时间: 2022-3-24 10:36

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-24 10:23
加溶剂的时候要用-p选项指定top文件，如果少了这一步top文件里就没有溶剂信息

嗯嗯，这里都是按照教程语句直接进行的。只是最开始的top里没有water topology是不是会影响后面加水加离子呀？因为它提示的报错是“没有SOL的moleculetype”，这在我之前做蛋白-配体模拟没出现这种情况

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-24 10:45
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-3-24 10:48 编辑

gaoruichen 发表于 2022-3-24 10:36
嗯嗯，这里都是按照教程语句直接进行的。只是最开始的top里没有water topology是不是会影响后面加水加离 ...

会影响的，需要在top文件中加入水模型和离子的itp

作者
Author: xiang 时间: 2023-7-5 10:10
我用discovery studio分别打开了cif和pdb，这两个的结构不一样，请问这是正常的吗

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-7-6 09:12
ZIF这种MOF材料有专门的力场，比如ZIF-FF，UFF4MOF，UFF4MOFII，VMOF，直接在AuToFF的MOF模块中上传晶体的cif文件，选择合适的力场就能搞定一切了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)