计算化学公社

标题: 求助：用CP2K计算热分解时生成很多游离的H和O [打印本页]

作者
Author: LLYYTT 时间: 2022-3-22 13:37
标题: 求助：用CP2K计算热分解时生成很多游离的H和O
如题，在用cp2k跑了15ps的动力学之后，发现有很多游离的的O原子和H原子存在，基本上没有生成H2O和H2，请问大家有没有遇到过这种问题，是哪里设置错了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-23 14:40
把体系特征描述清楚，输入文件直接给出来
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: LLYYTT 时间: 2022-3-23 15:21
老师，我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理，下边是输入文件。总共有24个分子，264个原子，跑了15ps之后，出现了很多游离的O和H，如下图那样（是用vmd看的），请问这可能是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-12 01:31

LLYYTT 发表于 2022-3-23 15:21
老师，我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理，下边是输入文件。总共有24个分子，264个原子，跑 ...

先在低一些的温度，诸如1000K、1500K、2000K跑跑看是什么情况。输入文件倒是没显著问题
以后针对某人回帖时记得点帖子下方的回复按钮，否则对方收不到通知。

作者
Author: nusiew 时间: 2022-4-12 09:25

LLYYTT 发表于 2022-3-23 15:21
老师，我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理，下边是输入文件。总共有24个分子，264个原子，跑 ...

你这应该是跑完后的真实原子运动轨迹，没有经过周期性处理吧
在VMD中
pbc set {a b c alpha beta gama} -all
pbc wrap -all
就可以了
参考：https://www.cp2k.org/exercises:2021_uzh_acpc2:installation

作者
Author: 吞木木 时间: 2022-4-12 22:04

LLYYTT 发表于 2022-3-23 15:21
老师，我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理，下边是输入文件。总共有24个分子，264个原子，跑 ...

总感觉看你的这张图，整个体系已经是不收敛的状态了，你确定至今你的out文件中都没有报错吗？
你用

grep WARNING ***.out

复制代码

检查一下你的输出文件，或许已经在某些步之后就开始报错了

作者
Author: LLYYTT 时间: 2022-4-13 15:44

nusiew 发表于 2022-4-12 09:25
你这应该是跑完后的真实原子运动轨迹，没有经过周期性处理吧
在VMD中
pbc set {a b c alpha beta gama} ...

之前已经加过周期性试过了，还是这个样子

作者
Author: LLYYTT 时间: 2022-4-13 15:45

吞木木发表于 2022-4-12 22:04
总感觉看你的这张图，整个体系已经是不收敛的状态了，你确定至今你的out文件中都没有报错吗？
你用检查 ...

out文件里确实有一个WARNING，写的是WARNING in qs_scf.F:576 :: SCF run NOT converged

作者
Author: LLYYTT 时间: 2022-4-13 15:52

sobereva 发表于 2022-4-12 01:31
先在低一些的温度，诸如1000K、1500K、2000K跑跑看是什么情况。输入文件倒是没显著问题
以后针对某人回 ...

好的老师，但是在out文件里发现了WARNING in qs_scf.F:576 :: SCF run NOT converged显示SCF不收敛

作者
Author: LLYYTT 时间: 2022-4-13 15:54

sobereva 发表于 2022-4-12 01:31
先在低一些的温度，诸如1000K、1500K、2000K跑跑看是什么情况。输入文件倒是没显著问题
以后针对某人回 ...

并且在能量最小化的输出文件里也显示WARNING in dbcsr_mm.F:294 :: Using a non-square number of MPI ranks

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-14 15:04

LLYYTT 发表于 2022-4-13 15:54
并且在能量最小化的输出文件里也显示WARNING in dbcsr_mm.F:294 :: Using a non-square number of MPI ra ...

这个提示不用管

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