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标题: 求助：gmx跑em时emtol无法达到100KJ/(mol*nm) [打印本页]

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Author: confidence 时间: 2022-3-22 15:16
标题: 求助：gmx跑em时emtol无法达到100KJ/(mol*nm)
本帖最后由 confidence 于 2022-4-19 16:58 编辑

为模拟水包油乳液在氨基化碳纳米管和亲水型二氧化硅中的分离情况，构建了如图所示模型。 (, 下载次数 Times of downloads: 22)

其中1是树脂，2是表面接-Si(OCH3)3的二氧化硅，3是水包油乳液，乳液所用油为异辛烷，表面活性剂为十二烷基硫酸钠，4是表面接-NH3的碳纳米管。

异辛烷、十二烷基硫酸钠、树脂的itp文件从LigParGen网站获取，二氧化硅、碳纳米管的top文件使用x2top获取，采用力场皆为OPLS-AA。

跑能量最小化采用的mdp文件如下图所示：
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

跑em时不论固定二氧化硅+碳纳米管与否，都无法达到收敛标准，看过sob老师发的帖子，感觉应该是模型不合理或者其他因素，但本人尝试其他模型搭建也未能成功。

希望各位老师能给我提点意见，看看究竟是哪里出了问题，谢谢各位老师
(, 下载次数 Times of downloads: 12) 这是模型用到的所有itp，mdp，top及结构文件。

在跑em时用的是冻结，后跑npt时改为位置限制。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-23 14:44
MD能跑就行，没必要强求达到当前的最大受力收敛标准

作者
Author: confidence 时间: 2022-3-23 16:13

sobereva 发表于 2022-3-23 14:44
MD能跑就行，没必要强求达到当前的最大受力收敛标准

感谢sob老师的回答，目前我这建模emol连5000都收敛不了，跑npt时会出现很多的LINCS提示，然后就停止跑了。看过您给的原因估计是建模不合理，但本人看不出究竟是哪里出的问题，能麻烦sob老师看一下可能是哪里有问题么

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-12 01:29

confidence 发表于 2022-3-23 16:13
感谢sob老师的回答，目前我这建模emol连5000都收敛不了，跑npt时会出现很多的LINCS提示，然后就停止跑了 ...

把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细看了
当前这模型很怪，水都朝着一个方向

作者
Author: confidence 时间: 2022-4-15 16:22

sobereva 发表于 2022-4-12 01:29
把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细看了
当前这模型很怪，水都朝着一个方向

谢谢sob老师的回答，这两天我把模型各部分拆开跑发现。乳液+水能跑npt，二氧化硅在真空条件下也能跑npt。但一旦二氧化硅+水/二氧化硅+树脂就跑不了npt了，请问老师这有可能是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 19:33

confidence 发表于 2022-4-15 16:22
谢谢sob老师的回答，这两天我把模型各部分拆开跑发现。乳液+水能跑npt，二氧化硅在真空条件下也能跑npt。 ...

检查拓扑文件和结构文件对应关系，检查top文件字段顺序，检查初始结构合理性等等

作者
Author: confidence 时间: 2022-4-18 18:51

sobereva 发表于 2022-4-15 19:33
检查拓扑文件和结构文件对应关系，检查top文件字段顺序，检查初始结构合理性等等

嗯嗯谢谢sob老师，字段顺序和对应关系应该是没有问题的，有仔细检查过。但是这个初始结构合理性我不知道怎么确认，老师您有什么标准么？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-19 00:56

confidence 发表于 2022-4-18 18:51
嗯嗯谢谢sob老师，字段顺序和对应关系应该是没有问题的，有仔细检查过。但是这个初始结构合理性我不知道 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里已经说了，主要检查是否有不合理接触等

作者
Author: confidence 时间: 2022-4-19 15:23

sobereva 发表于 2022-4-19 00:56
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里已经说了，主要检查是否有不合理接触等

嗯嗯，谢谢sob老师，我对着您的链接中所提出的方法自己检查对照了，但是还是未能找出究竟问题出在哪里。我把所用到的所有文件都上传了，能否麻烦老师您帮忙看看是哪里有问题呢？

作者
Author: doh88330 时间: 2024-3-29 19:44
您好楼主，想请教一个问题，我看您水包油乳液这部分，是用油球做为油滴放在水相中间了，但是一般水包油乳液中的油滴直径在微米级别，而这里的油球直径在纳米级别，请问这部分尺度换算应该怎么考虑呢？可以用这个模型来代表水包油乳液吗？

作者
Author: confidence 时间: 2024-3-30 14:50

doh88330 发表于 2024-3-29 19:44
您好楼主，想请教一个问题，我看您水包油乳液这部分，是用油球做为油滴放在水相中间了，但是一般水包油乳液 ...

我这里油球的直径是几纳米，主要是由我整个盒子的大小决定，而且在这个尺度下就已经能模拟出油滴的分离情况了。

作者
Author: doh88330 时间: 2024-3-31 10:41

confidence 发表于 2024-3-30 14:50
我这里油球的直径是几纳米，主要是由我整个盒子的大小决定，而且在这个尺度下就已经能模拟出油滴的分离情 ...

但和实际的体系中油滴的大小尺寸数量级相差较大呀，这个尺度上的换算需要考虑吗？我现在模拟也遇到这个问题

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