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标题: 求助：做非标准残基体系模拟时，在生成ion.tpr这一步报错 [打印本页]

作者
Author: wad 时间: 2022-3-22 17:19
标题: 求助：做非标准残基体系模拟时，在生成ion.tpr这一步报错
本帖最后由 wad 于 2022-3-22 17:19 编辑

  首先我自己是做了一个含有非标准残基的系统，系统有82个残基，把其中的TYR羟基化修饰为DYR(Dopa)，使用的是CHARMM36力场、TIP3P的水模型。
之前的修改rtp文件等一切正常，但在生成ion.tpr文件的时候，出现了错误（使用命令：gmx grompp -f ions.mdp -c pvfp-5b_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 1）
首先排除不是抗衡离子的问题，因为正常而言这一步-maxwarn 1之后下一步直接加离子平衡即可。
  出现了如图报错：  经过初步查看，发现报错的残基都是DYR（即我体系的非标准残基）相关的。
  这些错误总结出来，共有三种类型：
  No default Bond types
  No default U-B types
  No default Proper Dih.types

  其中的Bondtype貌似与CZ1 OH2、OH2-HH2、CZ-OH1、CZ-CE2等相关，但我不太清楚是什么意思，请教大佬。。

作者
Author: jyli 时间: 2022-3-22 17:37
打开你的top文件找到对应行看看哪错了。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-22 22:31
错误原因应该是top中有一些化学键缺少参数。
解决方法：生成一个包含DYR所有参数的itp文件，然后在top文件中合适的位置#include这个itp文件，或者把这个itp文件放到力场目录下，然后重新产生top文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-23 14:16
在[ bondedtypes ]等字段里把缺的参数补进去

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