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标题: 关于Dimer算法算过渡态 [打印本页]

作者
Author: yarlane 时间: 2014-11-18 18:16
标题: 关于Dimer算法算过渡态
对Dimer算法一直有些疑问，想请教一下大家。
第一，dimer是取两个点，这两个点是怎么取的？我们不是只给出了一个初始结构么？
第二，给定的初始结构一定要是反应的初态么？
第三，指定方向的MODECAR一般如何得到？
第四，是我在运行Dimer程序中出现的问题，我每次从A开始优化，总是会在B停止，但是很明显B不是过渡态，能量还比A低，但是以B为初始构型优化的话，还是会回到A，不知道是因为什么。
感谢大家的回答~

作者
Author: yarlane 时间: 2014-11-18 18:22
如果大家有关于Dimer的资料也请贴上来不甚感激

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-19 03:11
Dimer算法在这里2.1.5节有介绍：《过渡态、反应路径的计算方法及相关问题》（http://sobereva.com/44）
这里有原文：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... typeid%26typeid%3D7

作者
Author: yarlane 时间: 2014-11-19 09:12

sobereva 发表于 2014-11-19 03:11
Dimer算法在这里2.1.5节有介绍：《过渡态、反应路径的计算方法及相关问题》（http://hi.baidu.com/sobereva ...

感谢Sob老师，我去看看，有问题再请教您。

作者
Author: yarlane 时间: 2014-11-21 19:51

sobereva 发表于 2014-11-19 03:11
Dimer算法在这里2.1.5节有介绍：《过渡态、反应路径的计算方法及相关问题》（http://sobereva.com/44）

sob老师，我已经明白了dimer的原理，现在想请教一下具体运算的时候是先旋转Dimer还是先平移Dimer？然后我对我之前说的第四个问题还是不明白，为什么Dimer算法会得到一个比我的初态A能量还低的结构B，而且结构B是不稳定的，对B进行结构优化，还会回到A？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-22 07:11
旋转和平移是交替进行的，先后无所谓。
第四个问题不好说，和程序、实际体系都有关。既然B的能量比A低，从B优化按理说不会回到A。

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