计算化学公社

标题: Gromacs可以对单链小蛋白进行拉伸吗？ [打印本页]

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作者
Author: jiangshenda    时间: 2022-3-23 14:59
标题: Gromacs可以对单链小蛋白进行拉伸吗？
请问一下大家Gromacs可以对单链小蛋白进行拉伸吗？mdp文件该怎么设置呀，有好哥哥能分享一下吗

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作者
Author: Frozen-Penguin    时间: 2022-3-23 15:15


找一个mdp模版
把pull部分改成以下内容

1. ; Pull code
   
2. ; Copy from http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/05_pull.html
   
3. pull                    = yes
   
4. pull_ncoords            = 1         ; only one reaction coordinate
   
5. pull_ngroups            = 2         ; two groups defining one reaction coordinate
   
6. pull_group1_name        = Group_A
   
7. pull_group2_name        = Group_B
   
8. pull_coord1_type        = umbrella  ; harmonic potential
   
9. pull_coord1_geometry    = distance  ; simple distance increase
   
10. pull_coord1_dim         = Y Y Y     ; pull along x y z
    
11. pull_coord1_groups      = 1 2       ; groups 1 and 2 define the reaction coordinate
    
12. pull_coord1_start       = yes       ; define initial COM distance > 0
    
13. pull_coord1_rate        = 0.01      ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns
    
14. pull_coord1_k           = 1000      ; kJ mol^-1 nm^-2

复制代码

然后创建一个ndx文件，在ndx里设置Group_A和Group_B，两个group分别包含N端残基和C端残基，然后grompp的-n选择这个ndx文件。
模拟过程中，蛋白的两端会被越拉越远，拉伸以后蛋白会变长，所以盒子尺寸要设置大一些。

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作者
Author: sobereva    时间: 2022-3-24 09:51
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“对小蛋白进行拉伸分子动力学”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

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作者
Author: jiangshenda    时间: 2022-3-25 21:47

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-23 15:15
找一个mdp模版
把pull部分改成以下内容

太感谢了

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作者
Author: jiangshenda    时间: 2022-3-25 21:47

sobereva 发表于 2022-3-24 09:51
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的好的

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