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标题: 求助：gromacs分子动力学模拟盐酸溶液 [打印本页]

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-3-24 09:11
标题: 求助：gromacs分子动力学模拟盐酸溶液
本帖最后由 yangjunfang 于 2022-3-24 09:19 编辑

各位老师同学，大家好，我想做一个有机小分子在盐酸溶液中的模拟，想法是：先加小分子，再加HCl和水，进行模拟，请问这样可以吗，或者直接在小分子的基础上加HCl分子可以吗？

还有一个问题是HCl的力场建立可以直接用GAFF力场吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-24 09:19
本帖最后由牧生于 2022-3-24 09:21 编辑

我觉得你应该加入水合氢离子，氯离子
而不是HCL分子

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-24 09:23
还要注意溶质是否有可能在酸性环境下处于被质子化状态

Cl-的参数GAFF直接有，H3O+的拓扑文件可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）很容易地建立

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-3-24 09:24

牧生发表于 2022-3-24 09:19
我觉得你应该加入水合氢离子，氯离子
而不是HCL分子

请问这个水合氢离子和氯离子应该怎么加啊

作者
Author: yangjunfang 时间: 2022-3-24 09:26

sobereva 发表于 2022-3-24 09:23
还要注意溶质是否有可能在酸性环境下处于被质子化状态

Cl-的参数GAFF直接有，H3O+的拓扑文件可以用sobto ...

好的，明白，谢谢您

作者
Author: 实验室小灰鼠 时间: 2022-3-30 17:08

sobereva 发表于 2022-3-24 09:23
还要注意溶质是否有可能在酸性环境下处于被质子化状态

Cl-的参数GAFF直接有，H3O+的拓扑文件可以用sobto ...

老师您好，通过加入氯离子和H3O+的量不同，能达到控制pH的目的进行模拟吗

作者
Author: bobosiji 时间: 2022-3-30 17:43

sobereva 发表于 2022-3-24 09:23
还要注意溶质是否有可能在酸性环境下处于被质子化状态

Cl-的参数GAFF直接有，H3O+的拓扑文件可以用sobto ...

好奇问问，真有用classical MD模拟H3O+的么？另外，溶液中H3O+的浓度得和pH一致，pH2或以上的时候，H3O+的个数的是水分子个数除以5500，已经是相当的少，很难sample了吧

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 01:02

实验室小灰鼠发表于 2022-3-30 17:08
老师您好，通过加入氯离子和H3O+的量不同，能达到控制pH的目的进行模拟吗

看具体体系
有的分子，比如酚酞，在不同pH环境下结构都不一样，就显然不可能光靠H3O+的数量来描述pH效应

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 01:04

bobosiji 发表于 2022-3-30 17:43
好奇问问，真有用classical MD模拟H3O+的么？另外，溶液中H3O+的浓度得和pH一致，pH2或以上的时候，H3O+ ...

100%有人这么干过，但我看没特意搜索过，看过的文章里也没见到这么做的
用H3O+来模拟，原理上其实是很别扭的，毕竟实际水中的质子是不断转移的，而不是一直绑在某个水上的

作者
Author: zdworld 时间: 2023-8-7 20:40
楼主最后是怎么做的？

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