计算化学公社

标题: 求助，在构建多个相同的有机小分子复合物体系时，小分子坐标相同 [打印本页]

作者
Author: YMHXY 时间: 2022-3-24 10:40
标题: 求助，在构建多个相同的有机小分子复合物体系时，小分子坐标相同
本帖最后由 YMHXY 于 2022-3-24 15:02 编辑

我先使用了社长的ORCA结合Multiwfn计算RESP脚本计算了有机分子的电荷，之后使用tleap同时导入了14个该分子构建复合物，后续正常进行溶剂化和添加抗衡离子。
发现好像这14个小分子是坐标是完全相同，完全叠在一起
想咨询一下，如何构建拓扑才能使这14个化合物处于不同的位置

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-24 14:36
问题莫名其妙，拓扑文件里又不体现原子坐标

构建复合物结构和antechamber毫无关系，那是建模程序的事

作者
Author: YMHXY 时间: 2022-3-24 14:56

sobereva 发表于 2022-3-24 14:36
问题莫名其妙，拓扑文件里又不体现原子坐标

构建复合物结构和antechamber毫无关系，那是建模程序的事

抱歉，问题描述不清。那请问如何生成多个位置不同，但结构相同的配体文件，并完成拓扑构建呢

作者
Author: hdmd 时间: 2022-3-24 14:58

YMHXY 发表于 2022-3-24 14:56
抱歉，问题描述不清。那请问如何生成多个位置不同，但结构相同的配体文件，并完成拓扑构建呢

推荐用Packmol软件生成

作者
Author: YMHXY 时间: 2022-3-24 15:05

hdmd 发表于 2022-3-24 14:58
推荐用Packmol软件生成

您好！您的意思是我可以使用packmol软件，利用计算好电荷的小分子mol2文件，构建含有14个该化合物的体系么

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-24 15:08

YMHXY 发表于 2022-3-24 14:56
抱歉，问题描述不清。那请问如何生成多个位置不同，但结构相同的配体文件，并完成拓扑构建呢

拓扑文件的构建是对于单个分子而言的

建模和拓扑文件是两码事，产生含有14个分子的盒子可以用packmol或者GROMACS自带的gmx insert-molecules甚至自己手动摆
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: YMHXY 时间: 2022-3-24 15:18

sobereva 发表于 2022-3-24 15:08
拓扑文件的构建是对于单个分子而言的

建模和拓扑文件是两码事，产生含有14个分子的盒子可以用packmol ...

谢谢sob老师！

作者
Author: YMHXY 时间: 2022-3-24 17:08

sobereva 发表于 2022-3-24 15:08
拓扑文件的构建是对于单个分子而言的

建模和拓扑文件是两码事，产生含有14个分子的盒子可以用packmol ...

想再请教一下，对于我这个体系使用packmol完成建模后，若想后续要进行模拟，是不是应该再对体系中各个原子的电荷重新进行拟合呢？如果是的话，通过何种方式会比较棒呢？能否将我原本计算的单个小分子的电荷，复制给全部14个分子呢，谢谢老师

作者
Author: hdmd 时间: 2022-3-24 18:23

YMHXY 发表于 2022-3-24 15:05
您好！您的意思是我可以使用packmol软件，利用计算好电荷的小分子mol2文件，构建含有14个该化合物的体系 ...

其实这个好多种办法都可以搞定，这里写一种哈
1.利用vmd把mol转成PDB（读入mol，右键导出）
2.下载安装packmol，写packmol in文件（linux vi，windows可以新建个txt写在里面就行）
3.在某个不含中文的路径下把in文件和pdb文件放到一起
4.打开terminal或者windows的cmd（或者powershell win10的话），并进入该文件夹
5.运行命令packmol< [in文件名]

这里附个in文件格式（linux输入vi粘入，windows直接粘到txt里就可以运行）：
tolerance 2.0
filetype pdb
output system.pdb

structure [pdb文件名]
number 14
inside box 0. 0. 0. 200. 200. 200.0
end structure

作者
Author: YMHXY 时间: 2022-3-24 19:43
本帖最后由 YMHXY 于 2022-3-24 22:07 编辑

hdmd 发表于 2022-3-24 18:23
其实这个好多种办法都可以搞定，这里写一种哈
1.利用vmd把mol转成PDB（读入mol，右键导出）
2.下载安装 ...

谢谢您！这部分内容我已经搞定了，我发现这样子导出来的pdb，已经没有原子所携带的电荷数据了，是否再需要手动添加呢以及我如何通过导出的复合物pdb文件去构建gromacs需要的top和gro文件呢

我晚上使用sob老师的sobtop软件试了一下
我的单个化合物是可以成果构建top和gro的
但是这个复合物构建的时候，就一直失败，也有可能是我哪里操作不当，第一次做这种体系，不太了解，麻烦您了，谢谢！

作者
Author: YMHXY 时间: 2022-3-24 21:36

sobereva 发表于 2022-3-24 15:08
拓扑文件的构建是对于单个分子而言的

建模和拓扑文件是两码事，产生含有14个分子的盒子可以用packmol ...

老师好，想在问一下，您的意思是我建模之后，只需要构建单个分子的拓扑文件，和整个体系的gro文件即可么，构建完gro了的话，拓扑是否还需要更改呢

作者
Author: hdmd 时间: 2022-3-24 22:56

YMHXY 发表于 2022-3-24 19:43
谢谢您！这部分内容我已经搞定了，我发现这样子导出来的pdb，已经没有原子所携带的电荷数据了，是否再需 ...

top不用变吧，把生成的pdb转gro，只要gro里面的原子类型和top对应就行，办法还是挺多的，我是自己写的程序。。。强推python

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-25 08:22

YMHXY 发表于 2022-3-24 21:36
老师好，想在问一下，您的意思是我建模之后，只需要构建单个分子的拓扑文件，和整个体系的gro文件即可么 ...

前面我就已经明确说过了，产生的itp是对于单个分子而言的，而不是整个复合物

sobtop主页上也明确写了

再顺带一说，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-25 08:24

YMHXY 发表于 2022-3-24 19:43
谢谢您！这部分内容我已经搞定了，我发现这样子导出来的pdb，已经没有原子所携带的电荷数据了，是否再需 ...

搞清楚什么文件记录什么信息
pdb里根本就不记录原子电荷
原子电荷是在[moleculetype]里的[atoms]里记录的

你极度缺乏GROMACS基本使用常识

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