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标题: 使用freeze冻结分子后模拟报错 [打印本页]

作者
Author: xryao 时间: 2022-3-24 10:59
标题: 使用freeze冻结分子后模拟报错
老师好，在模拟萃取过程中，我冻结了中心原子准备跑MDs，但出现如下报错，但取消freeze后就能正常运行，应该如何解决呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 14)
这是我的.mdp文件设置：

作者
Author: nianbin 时间: 2022-3-24 11:11
freeze不要和npt联用

作者
Author: xryao 时间: 2022-3-24 12:41

nianbin 发表于 2022-3-24 11:11
freeze不要和npt联用

好的，谢谢你，我重新设置一下看看。

作者
Author: xryao 时间: 2022-3-24 13:03

nianbin 发表于 2022-3-24 11:11
freeze不要和npt联用

去掉控压可以运行了，谢谢你

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-24 14:37
NPT时，要用冻结的情况通常建议用位置限制代替

作者
Author: xryao 时间: 2022-3-24 14:55

sobereva 发表于 2022-3-24 14:37
NPT时，要用冻结的情况通常建议用位置限制代替

谢谢sob老师，只做平衡相NPT模拟用位置限制可以正常跑，但用位置限制做产生相的NPT模拟也是出现以上错误（这里产生相做NPT是为了保证控压），现在做产生相的NVT模拟是能正常跑的，像2楼老师说的freeze和NPT不能联用。这个问题可以在平衡相NPT模拟增加时长保证控压，然后做产生相只用NVT模拟解决是嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-24 15:07

xryao 发表于 2022-3-24 14:55
谢谢sob老师，只做平衡相NPT模拟用位置限制可以正常跑，但用位置限制做产生相的NPT模拟也是出现以上错误 ...

没有理由平衡相能跑而产生相不能跑，续跑的时候本身产生相的第一帧状态就是平衡相最后一帧。确保没有犯低级错误，并且确认续跑方式合理

作者
Author: xryao 时间: 2022-3-24 15:21

sobereva 发表于 2022-3-24 15:07
没有理由平衡相能跑而产生相不能跑，续跑的时候本身产生相的第一帧状态就是平衡相最后一帧。确保没有犯低 ...

好的老师，我检查了之前的.mdp文件设置，先前产生相做NPT模拟用位置限制忘记取消冻结了，产生相做NPT模拟加位置限制是可以正常跑的，确实是低级错误了，谢谢sob老师。

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