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标题: 求助：1bar的压力npt过程 6ns，盒子被压缩的又细又长 [打印本页]

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Author: AiYuqing22 时间: 2022-3-25 09:46
标题: 求助：1bar的压力npt过程 6ns，盒子被压缩的又细又长
各位老师，我的体系是水和二丁胺溶剂，长方形盒子，依次是10000个水、800个二丁胺、1000个水。前面各进行了100ps的NPT、NVT，盒子未见异常。压力1bar，温度323k。在进行10ns的NPT过程中，第6ns时出错，盒子变得又细又长。npt前后的体系VMD图和npt.mdp信息如下，为什么会出现这样的情况呢？请问该如何解决？我对gromacs的学习尚浅，请各位老师帮忙指导一二，或者提示相关学习路径，不胜感激。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-26 10:44
1.mdp文件中的-DPOSRES是用来对原子施加位置约束的，不过好像没有生效，否则体系不太可能变成长条形。如果这个参数没有生效，建议将其删除，因为没有用到的参数会导致grompp过程中出现混淆视听的警告。
2.使用这个mdp文件产生tpr文件时，可能会有警告信息说Parrinello-Rahman不适合用于不稳定体系的压力平衡，建议换成Berendson，如果出现这个警告，可以尝试按照警告中的提示做。
3.压强平衡在xy和z上是分开进行的，如果长条形的长边是z方向，有可能是这个压力平衡设置不态合适导致的。以下是一些可能不靠谱的分析：在xy平面上，每个分子周围都是同类分子，压强比较稳定，而在z方向的界面上，二丁胺在水中溶解性不好，可以理解成有排斥作用（可能不太准确），压强偏大。压强平衡的过程中z方向盒子变长，分子之间空隙增大，分子填充进z方向上的空隙，导致从xy平面上看，分子的密度减小，所以压强平衡时盒子的zy尺寸变小。

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