公社群聊Q&A整理：2016.03.08 11 ~ 2016.03.15 09 - 计算化学公社

2016.03.08 11:47:37
Q:
sob老师，暑假还有高斯方面的培训吗？
A:
最近一次是5月，在北京，下半年还有一次，可能在外地
Q:
遥远的外地啊，/惊讶
培训在哪里报的呀，sob老师
A:
还没开始报名
报名开始后每天在群里都会发通知，肯定看得到
Q:
sob老师，培训几天？在周末培训吗
A:
5天，5月7号开始，科音主页上有时间信息
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2016.03.08 15:20:28
Q:
请问下gaussian和linda是什么关系？怎么查看自己的gaussian是不是？
节点间并行就是linda
A:
看这里的简介
Gaussian03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群
http://sobereva.com/47
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2016.03.08 15:22:24
Q:
老师：您好！请问Multwfn进行AIM分析后的，这样的[图片]数据在哪提取呢？谢谢！
A:
选项7，然后输入临界点标号，此文说了
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
[图片]
Q:
[图片]请问老师，图中的孤立电子对怎样可以做出来啊？多谢
P的？
Multiwfn 可以做出来吗
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
ELF、LOL都可以展现出孤对电子
Q:
[图片] 还有这种3D
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
谢谢sob老师
A:
Multiwfn里用mesh模式
gview、VMD等程序也都行
Q:
[图片] 这个线的颜色是P的吧
A:
Multiwfn里能直接设等值线颜色
Q:
好吧初学者多谢 /玫瑰
A:
[图片]
违规一次，已记录
Q:
/大哭/大哭这口头禅
A:
莫名其妙，意义不明
Q:
恩找到了，谢谢老师，请问[图片]这个势能密度和能量密度那个是用来表示离子键或者是公价键的呢？谢谢！[图片]
A:
energy density
Q:
老师：您好！对于临界点的选取，在判断键的性质时，我们是取（3，-1）呢？还是（3，-3）呢？谢谢！
A:
显然是（3，-1）
（3，-3）一般都在原子核处，和键的特征无关
Q:
恩，好的，看来我还没正确理解到他们的意思，谢谢老师！/抱拳
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2016.03.08 15:22:24
Q:
老师：您好通过AIM分析，发现Co-Co两个原子之间有4条键经，是否可初步判断是4重键呢？谢谢！[图片]
A:
最好结合键级来考察
也算算mayer键级，并且可以看看Co-Co间的ELF等值面，逐渐增大isovalue，看是否最后对应四重键有四个等值面
Q:
之前通过比较键长（已知的Co-Co四重键键长），初步判断是4重键，做了WBI分析，发现其值为0.8几。老师您怎样看呢？是否还需要用mayer键级来算算，还是用其他判断标准如果是其他判断标准，请问您的推荐是？谢谢！@Sobereva
对Co用的是SDD基组，方法是B3LYP@Sobereva
抱歉，我还没看它的分子轨道，所以我还不是很清楚，我现在看看，
A:
A和B中间是什么原子？赝原子？
键径显然是两条
Q:
老师：您好！中间的原子是找出的（3，-3）临界点@Sobereva
A:
这什么体系？
Q:
是Co和N之间出现的
A:
用的什么基组？
你那个图里A和B是Co和N？
Q:
N用的是6-311++G**,Co用的是SDD[图片]
这个是我的体[图片]系，最初给老师您看的[图片]是你您博文中的
A:
博文里分析的是ELF临界点，你当前考察的是电子密度临界点，是两码事
你分析电子密度临界点的时候若Co和N之间还有一个(3,-3)，改用全电子基组或者用.wfx文件重新分析，看还有没有
有可能是用了赝势造成的
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2016.03.08 16:06:19
Q:
老师您好，今年的gromacs班还有吗？
A:
预计在7月
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2016.03.08 16:48:39
Q:
请教：我用multiwfn做甲醛电子密度差值图的时候，S6-gs与S7-gs图是一样的，做了好多遍都一样，求大神帮助，下附文件
A:
不会一样的。你把产生S6和S7的.wfn文件对应的高斯输入文件发上来
仔细对照产生出来的S6和S7的.wfn文件，比较差异，计算二者的密度差，绝对不一样
Q:
算别的态的时候都是好的，和文献上也是基本相符，只是到这两个与文献差距就大了
我试一下哈，多谢
[图片]老师，还是不行@Sobereva
上面是计算了两者密度差S6-S7
A:
你看Multiwfn里计算完密度差格点数据时显示的格点数据最大值、最小值是多少
这样做没意义
Q:
[图片]老师是这个吗?
A:
y
Q:
[图片][图片]这是文献上面的S6-gs,S7-gs密度差值图
A:
你把nstates设大点，比如15，就能做出来了
[图片]
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2016.03.08 17:08:48
Q:
老师，在计算具有对称性的体系的freq时，可以加nosymm同时价symm=loose
谢谢老师
A:
这样做没意义
Q:
那就不要symm=loose？
加nosymm，会增加计算时间和计算量是吗
A:
y
Q:
我的分子确实是有对称性
就是由对称性，加nosymm会增加计算量，没有对称性不会影响是这个理解？
这样提交计算可以吗？#p PBE1PBE/6-31G* TD=(NStates=5,Root=1) freq=HPModes nosymm int=ultrafine
A:
可以
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2016.03.08 17:22:03
Q:
sub老师您好！请教一下，我是用orca算tddft，完成后想用multiwfn绘制吸收光谱图，请问如何将.gbw文件转换成.wfn文件？查过手册说输入命令，不知这个命令在哪里输？在服务器上试了，没转成。刚刚接触orca，请多指教！谢谢老师！
A:
绘制光谱跟波函数文件没关系，直接用orca的输出文件作为输入文件，手册3.13.2节写了
[图片]
有问题先看手册，极尽详细
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2016.03.08 18:58:25
Q:
老师，我有问题请教。我想对AB复合物进行CDA分析，我用Gaussian进行了NPA电荷计算得到A片断的电荷为-0.14，B片断的电荷为+0.14，我的问题是，我对A片进行计算时输入文件中A片断的电荷设为什么较合适？是0，还是-1？直接设为-0.14是否合适？
A:
都设0。计算片段时电荷只能设整数
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2016.03.08 19:44:14
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
忘了，试吧
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2016.03.08 19:50:03
Q:
Frisch, M. J. et al. Gaussian 09, Revision D01, Gaussian, Inc, Wallingford CT, 2013.
这样引用可以吗
A:
这里有引用规范
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_citation.htm
就算人名不写全，也别只留一个
Q:
一般留几个人呢
A:
六个左右为宜
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2016.03.08 21:20:33
Q:
sob老师，我的高斯每次最后一个link死掉后电脑桌面会出现这个东西，请问是什么原因[图片]
怎么才能解决
@Sobereva
A:
你看看scratch path设在哪了
[图片]
Q:
哦哦，我看看，谢谢老师
[图片]老师是这样，不过以前桌面没有那个小程序
Link死了就在桌面出现那个
A:
临时文件目录别设桌面啊
计算失败时自然会把垃圾留在桌面上
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2016.03.09 21:21:13
Q:
@Sobereva老师您好，二级反应速率常数的单位cm-3molecular-1s-1中的molecular和能量单位kcal/mol中的mol有联系吗？问题太简单老师勿怪。
A:
1mol=6.02E23 molecule
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2016.03.09 21:21:13
Q:
请问大家做构象搜索的时候用的是什么软件啊？
比如说有10 - 20 个原子的团簇，可以用这些软件搜索出可能的能量较低的所有结构吗？
找到简介了
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
非常感谢！
A:
你要想找能量最低结构用这个
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
没法说“可能性”
极小点数目本身也难以统计，链之间的相互作用会造成一堆极小点
搜索这样的原子团簇用molclus没问题。
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2016.03.09 21:21:13
Q:
老师，相互作用能可不可以写成
E_int=E_A+E_B-E_AB-E_BSSE?
A:
可
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2016.03.09 21:21:13
Q:
请教一下，高斯计算需要温度的反应，有效果吗？也就是温度的那个关键词的设置。
可以计算。我想知道这个温度是否真的算得准
A:
不同温度下高斯给出的吉布斯自由能不同。是按照理想气体处理的。
Q:
[图片]
这个室温肯定不行啊
一般是加催化剂吧
Q:
谢谢，一定反应温度下的反应，如果计算的话，加上这个温度计算出来的能量是否就会更准确呢？
A:
要看你具体算什么量
以及温度对你的体系的影响从原理上是否能这么简单地考虑
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2016.03.09 21:29:25
Q:
老师：您好！，CDA分析时数据出现这样的情况，请问是怎么回事呢？谢谢！[图片]@Sobereva
A:
下午回答过
Q:
恩，才看到，抱歉，谢谢老师！我用的版本是3.3.9,的，我马上去看看输入文件，但是出现这种错误，输入文件可能是什么原因呢？
@Sobereva
A:
坐标、计算级别是否对应，片段、基组的设定是否合理之类
Q:
[图片][图片][图片]
老师：您好！您说可能是坐标的问题，可是如果是坐标，它会一开始就提示说原子不对应之类的，这问题是出现在ECDA的分析时候。这个？[表情]@Sobereva
A:
去掉弥散函数。确保基组统一
你用6-311++G**怎么还结合赝势，明显不对
Q:
老师：刚刚大意了，我的复合物是金属和非金属组成的所以用了匽示基组，我把我非金属片段的那个“pseudo那个去掉后还是出现了这个问题，[表情]
赝这个字读啥？
A:
去了弥散再说
CDA/ECDA分析不要用弥散
A:
一部分原子用6-311++G**一部分原子用赝势基组可以，但用了6-311++G**的原子不能同时给它用赝势
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2016.03.09 21:30:04
Q:
在做了个 O-Ti-O 团簇的NBO分析，发现成键BD如下，是说明Ti分别与两个O各成了3个键吗？
1. BD ( 1)Ti 1 - O 2 1.93846
2. BD ( 2)Ti 1 - O 2 1.96362
3. BD ( 3)Ti 1 - O 2 1.89176
4. BD ( 1)Ti 1 - O 3 1.93846
5. BD ( 2)Ti 1 - O 3 1.96362
6. BD ( 3)Ti 1 - O 3 1.89176
但是O成3重键，Ti成6个键，不是不大合理吗？
A:
姑且可以这么说，建议结合NBO轨道图形看看是否结论有意义
1.89那个有点可疑，看看轨道
作图看看
NBO这东西搜索轨道任意性强，占据数低的轨道物理意义就没那么好了
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2016.03.09 21:55:14
Q:
[图片]老师的过渡态计算反应速率常数的Excel中标黄的两个量相同吧？还有，比如虚频为-100，在Excel中输入100吧？
A:
右下角那个是wigner方法算的kappa，用不用由你决定，如果用的话就把其数值添到左上角的计算参数里的kappa中
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2016.03.10 08:19:31
Q:
请问Multiwfn能做Mulliken orbital populations吗？
Mulliken orbital populations的含义是？
A:
你用主功能8里的选项1用Mulliken方法计算轨道成份，乘上轨道占据数，就得到了基函数、壳层、原子对轨道布居数的贡献了。
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2016.03.10 08:20:25
Q:
sob老师，看到公社的帖子里面[图片]，我搜索了下，没找到说的您关于PLUMED安装的帖子，您是写过这个方面的么？
A:
没写过PLUMED安装帖子，图中说的是我写的gromacs安装帖子
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2016.03.10 08:21:28
Q:
各位，想请教一个问题：[图片]，该结构对称性为Cs，其电子态呈A'对称性。现在我先找A''对称性的电子态和其对应的结构。请问有什么技巧？
不好意思打错字了，应该是：现在我想找A''对称性的电子态和其对应的结构，请问有什么技巧？
该结构对应的A'电子态为[图片]
A:
你图中是单个轨道的图形，电子态则是对体系波函数而言的，是两码事
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2016.03.10 09:03:04
Q:
Sob老师，我想问一下您，非共价相互作用包括弱相互作用吗？例如氢键
A:
包括。
非共价相互作用除去离子键、电荷转移键后就都是弱相互作用
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2016.03.10 09:00:32
Q:
请问分子的态确定了，是不是电子组态就是确定的?
A:
否。
分子电子态的不可约表示是轨道不可约表示的直积，可以有多种轨道占据方式对应于同一个电子态不可约表示
Q:
老师，你好！“但对克里奇中间体双自由基特征的确定，应增加电子自旋密度、电子组态等方面的电子结构信息。”
A:
如果是指极小点附近势能面拟合成解析函数求解，那得到的是核波函数，能有解析解的情况也就诸如谐振势这种简单的情况，复杂的势函数只能数值解
Q:
这是审稿人写的，对于基态分子，电子组态是确定的吗？
我不太清楚这个概念
A:
是
Q:
也就是说一个态对应一个电子组态？
那如果是做基态分子，就没必要分析“电子组态”了
A:
否。前面已经说了。
你可以给出基态电子态下轨道占据方式
Q:
还是求解电子的波函数，只不过其中的V部分用可以求解的比如多项式，而不是1/r的形式。这样的思路不知道是否可以。
A:
如果先做1/r的拟合再求解，本身已经算是数值解了
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2016.03.10 09:03:55
Q:
sob老师，MOPAC的输入模板中，
MNDO precise
molecule
All coordinates are Cartesian
[GEOMETRY]
如果是原子团簇，molecule这个词要修改么？
A:
不用改
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2016.03.10 09:16:30
Q:
老师，请问离子键和电荷转移键有什么区别？离子键不就是发生了电荷转移了吗？这方面不太懂，问题比较白。还有，ELF是不是不太适合分析这两类键？
A:
ELF都能分析
电荷转移键的讨论见Chem. Eur. J. 2005, 11, 6358 – 6371、doi: 10.1038/nchem.327
电荷转移键不要光看它的字面意思，不是指成键后两原子间电荷发生了转移
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2016.03.10 09:47:03
Q:
sob老师，溶剂的动态和静态介电常数表，您那有吗
三氟甲苯不在这里面
咱群里这个也只有一个介电常数[图片]
我想查三氟甲苯的动态介电常数和静态介电常数你告诉
A:
那是gromacs程序里的
Q:
sob老师，溶剂的动态和静态介电常数表，您那有吗，咱群里有一个介电常数表，但是里面只有一个介电常数。
A:
动态的没有
Q:
那对于高斯官网里面没列出来的那些溶剂，算溶剂效应的时候，只写静态介电常数就可以了吗？
[表情]
A:
看你算什么，有的依赖动态介电常数有的不依赖
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2016.03.10 10:20:28
Q:
sob老师，GROMACS五月的培训什么时候能报名呢
A:
推迟了
预计七月办
Q:
好，谢谢您，能报名的时候咱群里会发消息吧
[表情]谢谢老师的解答
A:
显然会在群里发消息
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2016.03.10 10:20:56
Q:
[图片]老师，这个单位不应该是频率的吗
A:
频率和波数这两个词可以互换使用
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2016.03.10 10:30:48
Q:
sob老师，做 CDA的目标分子必须是复合物吗？可不可以任意一个大的染料分子拆成两个片段组分析呢？
A:
可以，博文里有共价键连接的例子
Q:
嗯还有一个疑问，就是算片段单点能得到fch时，自旋多重度和电荷都保持和原始的母分子一样吗？
A:
母分子指什么？
Q:
就是两个片段分子组成的最原始的大分子
可能我表达有点问题
A:
没这个要求
Q:
就比如 AB 设0 1； A 和B 片段必须也要 0 1 吗？
A:
Sobereva(190258442) 10:33:13
没这个要求
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2016.03.10 10:34:14
Q:
请问，Molclus 改版之后还叫 Molclus么？
A:
叫，从未改名
Q:
Molclus又有新版出来了？
A:
没
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2016.03.10 11:38:41
Q:
请教AIM理论应该叫“分子中的原子理论”还是叫“原子在分子中的理论”
A:
皆可
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2016.03.10 11:38:57
Q:
请教一下，在做轨道相互作用图的时候，定义片段时出现了[图片]是什么原因呢，该怎么处理呢？
我知道了是原子顺序不一致，怎么调整呢
A:
调整输入文件里原子顺序
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2016.03.10 11:38:57
Q:
老师好，我在将cube文件导入到VMD做电子密度差时，cpos可以做出来，cneg时，遇到问题了：窗口灰体了，图片附上，请老师指点，多谢！
[图片]
A:
重启VMD，就做Cneg看是否能显示
调整输入文件里原子顺序，屏幕上提示很清楚
片段里原子顺序必须和复合物里一致
Q:
好的老师，一下@Sobereva
A:
要么就是你载入片段的顺序和复合物里的片段顺序不一样，否则没有别的可能
examples\CDA\COBH3里都已经把例子文件给你了，和那个对比
先载入CO再载入BH3
Q:
[图片]
老师，我刚试过，分别做可以做出来
A:
还是操作问题。格点数据无问题
Q:
那为什么按照手册里，不能一起做出来？
A:
手册里过程没问题
远程说不清楚
多play就明白了
Q:
还有一个疑问，sob老师以上两个cube文件，在高斯想看等值面，怎么显示不出来
A:
gview就是做不到
灵活度和VMD比是小儿科
Q:
好吧，谢谢老师[表情]
好吧，谢谢老师/呲牙
A:
[图片]
扣4分，已记录
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2016.03.10 12:28:31
Q:
sob老师，您好，请问inter集成显卡绘制VMD表面顶点出现边缘背景色该如何处理？
我调节了半天这个背景色还是没有消除，谢谢
A:
驱动里调整调整抗锯齿设置看能否解决
手头没intel集显机子具体我也不好说
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2016.03.10 13:39:51
Q:
[图片] 老师，这几张关于电子密度差的推导过程可否再贴出来学习一下？谢谢~[图片]
A:
可能是这个图，我记不清了
[图片]
[图片]
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2016.03.10 13:46:52
Q:
[表情]NICS（1）-zz扫描，sob老师，我群里问了，到现在还没有人回复。麻烦指点一下输入文件的命令该怎么写？谢谢
/抱拳NICS（1）-zz扫描，sob老师，我群里问了，到现在还没有人回复。麻烦指点一下输入文件的命令该怎么写？谢谢
A:
自己写个高斯NMR输入文件，把每个要扫描的点写成Bq原子，算完之后就会输出这些位置上的磁屏蔽值，然后批量提取就完了
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2016.03.10 15:50:11
Q:
请问gaussian09 D.01 Linux版的安装和其他版本是一样的吗？
A:
一样
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2016.03.10 15:51:02
Q:
请问用CPHF=rdfreq进行含频计算时，需要在分子说明后空一行加频率，如589.3nm对吗？
我现在是调用chk文件，那没有了分子说明，直接在分子说明里空一行加589.3nm，报错，该怎么办？[表情][表情][表情]
A:
输入文件传上来
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2016.03.10 15:52:09
Q:
sob老师， sob老师，您的《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中[图片]spce.itp文件如果是gromacs程序里的，那如果我算得不是H原子和O原子，我应该怎么命名呢
A:
那你得自己用ATB、prodrg等程序产生你的小分子的itp文件
如果不熟悉gromacs就用genmer，免得用动力学程序了
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2016.03.10 15:52:29
Q:
[图片] 老师您提出的广义CDA 怎么引用呢？
A:
就引文中提到的那个文献啊
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2016.03.10 16:28:31
Q:
第二局也赢了
A:
nice
Q:
感觉人脑干不过αGo
表示，恭请守望者干掉阿尔法狗
不知道人机对战的目的是什么？这场比赛有什么意义么，还是宣扬αGo多么牛？
A:
αGo vs αGo会比较有意思
什么程序都可能爆出来
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2016.03.10 16:34:02
Q:
请问，segmentation violation错误是不是只有高斯能爆出来啊？
我python报一个错，不知道是python报的还是高斯报的
[图片]
A:
高斯
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2016.03.10 16:51:24
Q:
[图片] 请教一下，为什么算原子周围附近的静电势时会少了第12号的原子呢
A:
说明11号原子附近静电势为负，没有为正的地方
Q:
老师您的意思是12号原子周围既没有正的区域也没有负的区域是吗
A:
有负啊，所以负值项有结果
不可能既没正也没负
Q:
我的12号原子没显示它的周围的静电势 11号原子是有的就是不知道为啥12号会消失了麻烦老师详细解释一下吧
A:
你看分子表面静电势填色图，一目了然
我看错了，把11看成12了
你看上头输出的12对应的表面积是多大
Q:
我看下哈
[图片]
老师好，12号对应的表面积也没有
[图片]我计算的分子构型是这样的
A:
大抵是C12被周围原子淹没了，所以没有它对应的范德华表面
Q:
那还有什么办法能算出具体的数值吗？
A:
没有对应的范德华表面，自然也就没法输出数值
因为根本没法算
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2016.03.10 17:19:15
Q:
Sob老师，我还有个问题：[图片]对应有三列值我们是不是应该取all对应列的数值作为原子周围的静电势啊
A:
是
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2016.03.10 17:57:18
Q:
我想问一下各位高手很傻的问题，对于各种计算软件来说，对映异构体在计算的时候，一样的方法的情况下，能量计算的结果是否是严格一致的，而ECD和旋光计算是严格相反的？
A:
是
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2016.03.10 18:07:17
Q:
# polar=OptRot CPHF=RdFreq B3LYP/6-311++G(2d,p) geom=check guess=read scrf=(pcm,solvent=methanol) 请问怎么办？
在[图片]
A:
老老实实把坐标写进去，甭geom=check
Q:
那chk文件是优化过的，怎么输入
输入优化过的笛卡尔坐标嘛？
A:
你拿gview打开chk或之前的输出文件，重新保存个新的输入文件不就有坐标了
Q:
我的意思是，首先6-31 G优化，然后6-311++G计算，如果现在输入gview打开优化的文件笛卡尔坐标，相当于优化过了？
A:
gview默认读取优化任务的最后一步的坐标
显然
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2016.03.10 18:33:06
Q:
求助，机器重装了，有赝势基组的那个网站链接丢了，求助。。。
A:
在线基组和赝势数据库一览
http://sobereva.com/309
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2016.03.11 06:28:17
Q:
MCATquestion: an atomic orbital basis function is to a moleular orbital as a Slater determinant is to a configuration interaction wave funtion?有谁知道吗？
A:
你想问什么？
原子轨道基函数->MO
slater行列式->多组态波函数
二者都是线性组合的关系，原子轨道基函数相当于单电子基函数，slater行列式相当于多电子基函数
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2016.03.11 07:18:52
Q:
上边那个提交是用来重排提交的pdb 文件，下面的提交是用来生成 top文件的么？我提交好进去，没有生成 top文件。
A:
提交个pdb就完了
看提示
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2016.03.11 07:20:06
Q:
是说为什么原子轨道基函数和单电子基函数的关系为什么能类比成slater行列式和多组态波函数的关系？因为它们都是线性关系吗？还是什么
A:
你说得不对
原子轨道基函数线性组合成MO，slater行列式线性组合成多组态波函数
都是线性组合的关系
----------------------------------------------------
2016.03.11 08:00:50
Q:
老师，gromacs软件的力场是否适合模拟分子筛体系？硅铝酸盐和铜离子的。
A:
有合适的力场就能模拟
----------------------------------------------------
2016.03.11 09:02:05
Q:
大家好，最近看了一篇JMCC的文章，有个图不太明白，请问大家右边NHE坐标是怎么得到的？
[图片]
能具体解释一下吗？
对啊
这个我就很好奇
我觉得JMCC文章不会有错吧
Eev=-4.5-EV NHE
嗯，好像都是样计算的
可以问问sob确定一下
但这个图不是这个规律
这个式子计算结果和文献对不上
我看过这个计算
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=5034850
这个算法和我看过的文献能对上
A:
你计算体系的出氧化还原势，然后跟NHE相减就完了
gap跟这无关
Q:
请问是回答我的问题吗
A:
[图片]
显然
Q:
那这个图是NHE纵坐标的单位eV是正确的了？
[图片]
A:
然
[图片]
Q:
我想一下
A:
用分子轨道能量只是极度近似的，何不直接准确算出自由能变？
Q:
文章没有说的很清楚，我觉得左侧是G09计算得到的值
右侧我就不知道了
右侧是以NHE为参比电极，实验测得的值吗？
A:
NHE就是-4.44eV
Q:
我还是不太明白右侧NHE eV怎么来的，麻烦您详细解释一下
/委屈
A:
看Phys. Chem. Chem. Phys., 2, 1231 (2000)的例子
Q:
那Sob老师，“用分子轨道能量只是极度近似的，何不直接准确算出自由能变？”这里的自由能变是什么状态和什么状态之间的自由能变化？优化的基态和电荷是+（-）的状态吗
A:
对
----------------------------------------------------
2016.03.11 09:26:55
Q:
对于含有钠、C、N、H和S的体系是不是先用6-31+G(d，p)优化然后再用LANL2DZ去优化呢，看了高斯指南感觉说的不是很明朗，请您解答一下，谢谢！
A:
否
这么做完全没意义，白费时间
直接用6-311G*优化为宜
后者
过渡金属才需要
Q:
哦，好的，学习了，谢谢
A:
>=第四周期的一般也用，Na完全用不着
----------------------------------------------------
2016.03.11 09:27:29
Q:
,你好！CASSCF和CASPT2的计算一般用什么程序较好？
A:
molpro
Q:
一般写MOLPRO还是Molpro？我看文献两种都有
A:
后者
Q:
好的，谢谢！
GAMESS还是Gamess？
A:
去官网看
Q:
看了，GAMESS，谢谢！
MOLPRO没找到官网，貌似也是全大写？
但是好多论文上是Molpro，你确定全大写吗，@sanjin
[图片]
您是说Molpro?
第二个图？
对，这个是他们发布molpro的论文呢
A:
Molpro
GAMESS-US
Multiwfn
怎么会查不到http://www.molpro.net/
不注意大小写的都是不讲究的作者
----------------------------------------------------
2016.03.11 09:45:26
Q:
我理解大致是这样的，GAMESS里面每个字母都是一个单词的缩写，所以需要都大写。而Molpro，Mol是一个词，pro是一个词，所以就不用都大写了。
A:
对
----------------------------------------------------
2016.03.11 09:59:57
Q:
Multiwfn，应该是这样吗？
首字母大写，其他都小写，请问标准的写法是这样吗
A:
以手册、官网为准，一看便知
----------------------------------------------------
2016.03.11 10:43:42
Q:
求能用的google链接，谢谢。论坛上的那个google搜索也打不开
A:
http://www.itechzero.com/google-mirror-sites-collect.html
【链接】Google镜像站搜集-Techzero
----------------------------------------------------
2016.03.11 10:57:12
Q:
gamess的TDDFT也能找conical point？TDDFT不是单行列式吗？
A:
TDDFT不是单行列式，是单参考
Q:
单参考找conical point的原理是什么啊
A:
[图片]
[图片]
Q:
单参考态的计算在cnical point附近不是很不靠谱吗？
A:
只要两个态能量间隔够大就行
Q:
能量间隔够大是什么意思？在conical point不是应该能量差为0 吗？
A:
看是交叉还是避免交叉，即两个态之间有没有相互作用
Q:
交叉
A:
交叉就不能TDDFT了
Q:
哦
This group governs a search for the lowest energy on the
3N-7 dimensional "seam" of intersection of two electronic
potential energy surfaces of the same spin and space
symmetry. Such Conical Intersections (CI) are important in
photochemistry, where they serve as "funnels" for the
transfer from an excited state to a lower state. See
RUNTYP=MEX and the $MEX input for the simpler case where
the two surfaces differ by either space or spin symmetry.
Three search procedures are given, one of which requires
the non-adiabatic coupling matrix element (NACME), and two
others which do not require NACME information. The conical
intersection search is available only for MCSCF (for which
NACME are available) or for TD-DFT potential surfaces
(where NACME are not available). The TD-DFT must be used
in the Tamm/Dancoff approximation (see TAMMD in $TDDFT),
but can be either conventional or spin-flip.
This group governs a search for the lowest energy on the
3N-7 dimensional "seam" of intersection of two electronic
potential energy surfaces of the same spin and space
symmetry. Such Conical Intersections (CI) are important in
photochemistry, where they serve as "funnels" for the
transfer from an excited state to a lower state. See
RUNTYP=MEX and the $MEX input for the simpler case where
the two surfaces differ by either space or spin symmetry.
Three search procedures are given, one of which requires
the non-adiabatic coupling matrix element (NACME), and two
others which do not require NACME information. The conical
intersection search is available only for MCSCF (for which
NACME are availa
ble) or for TD-DFT potential surfaces
(where NACME are not available). The TD-DFT must be used
in the Tamm/Dancoff approximation (see TAMMD in $TDDFT),
but can be either conventional or spin-flip.
manual说的conical intersction不是交叉的情况吗？
A:
不同地方用词的倾向性不一样
canical本身只是说交叉或避免交叉附近的PES形状，并没有说到底交叉了没有。
这段话说了用于两个态自旋相同且对称性相同的情况，所以必然有相互作用，故为避免交叉。而MEX用于交叉，习惯称为MECP
Q:
sob:昨天说到TDDFT对cnical intersection的交叉点情况不适用？那如果是相同对称性的势能面的交叉情况适用吗？
A:
能否交叉上看当前所用哈密顿下两个态之间是否有相互作用，即<1|H|2>是否为0，为0则能够交叉。
两个态不可约表示相同，且自旋多重度相同的情况，是可以发生相互作用导致避免交叉的，当最低交叉点能量分裂较大时TDDFT往往还可以用的。
Q:
这里的能量分离大有没有一个最低数量级
A:
没有确切标准，只能说分离越大单参考方法越适合
Q:
也就说，最本质区别就是两种方法的参考态不一样吧
A:
y
Q:
然后这两种波函数都是基于参考态的线性叠加咯？
A:
表述不确切
Q:
HF只有一个行列式，没法线性叠加。TDHF叠加的是对参考态波函数施加微扰后产生的激发态行列式。不知道这么说对不对？
TDHF是CI方法，叠加的是对参考态HF波函数进行轨道交换后产生的激发态行列式。这样
A:
简单来说，单参考方法、多参考方法的波函数都是一大堆行列式的线性组合。TDHF/TDDFT波函数也是如此，构成它的行列式是基于HF/DFT基态轨道以不同占据方式来构建的。
Q:
还是Jacquemin的benchmark文章的INTRODUCTION部分，[图片]GS和ES之间conical intersection，是不是属于静态相关强？
另外，还是有疑问，如果激发能较高，但是S1和S2间能量接近（如HOMO-->LUMO，HOMO-1-->LUMO+1）这种情况有什么需要注意的吗？
A:
属于
没有什么要注意的
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2016.03.11 07:19:08
Q:
老师：您好！优化的时候出现[图片]，[图片]而且之前用另外一种方法已经成功优化，可是换一种，就出现这种问题，而该方法下的构型和另外一种的比较差别较大，我尝试着减小步长和晶格点数。可还是出现这种问题。请问老师该怎么改合适呢？谢谢！
老师：您好！优化的时候出现[图片]，[图片]而且之前用另外一种方法已经成功优化，可是换一种，就出现这种问题，而该方法下的构型和另外一种的比较差别较大，我尝试着减小步长和晶格点数。可还是出现这种问题。
请问老师该怎么改合适呢？谢谢！
A:
opt=cartesian
Q:
老师：您好！按照您上午您说的加上[图片]这个关键词，目前还是出现了这个问题。请问，还有其它办法吗？谢谢！[图片]
A:
你把你目前用的关键词贴出来
cartesian一定能解决这个问题
Q:
[图片] 老师：这个是我关键词。谢谢！
A:
opt任务别降低SCF收敛限
Q:
恩，好的。我马上试试，谢谢老师！@Sobereva
请问老师：这次是为什么不能降低收敛限呢？[表情]
请问老师：这次是为什么不能降低收敛限呢？/疑问
A:
会导致受力计算不准，影响几何优化收敛精度和收敛顺利程度
----------------------------------------------------
2016.03.11 14:42:59
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
你先检查是否有那个文件
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2016.03.11 14:46:27
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
显然lanl2TZ好
----------------------------------------------------
2016.03.11 14:46:27
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
教授，小弟真的有可怕的结构要请教您小弟得到一个结构，想拿来做几何优化，没想到老是报错l502，我知道这样很幼稚，不过我还是把错误帖出来[图片]
不过老师说qc方法更精确，是用牛顿法找自洽场的最低点
啥时候说过qc更精确了？只影响收敛过程不影响结果，在收敛限范围内应该是一样的
倒是直接说过qc不影响结果
Xqc影响结果吗
xqc和qc是一回事
xqc只不过是先跑常规方法，步数内不收敛就用qc
[表情]
[表情]
先用半经验法初步优化一下
好像不行
[图片]
我觉得半经验就可以简单地优化一下就可以勒
A:
qc方法结果有时候反倒不如默认情况，因为可能陷入参数空间极小点。
----------------------------------------------------
2016.03.11 14:46:52
Q:
老师，有没有能算分子弯曲率的软件或者方法
A:
先定义清楚什么叫做弯曲率
Q:
就是一个分子的弯曲程度，相对于平面分子。
A:
不同结构有不同合适的定义方式，先找个合适的定义，然后手算或写程序计算
Q:
老师，我想问一下用NBO方法计算分子中各个片段对HOMO和LUMO能级的贡献。使用multiwfn软件，手册主要看哪部分
A:
这种问题用不着NBO
用Hirshfeld或becke方式计算片段成份最简单且可靠，手册4.8.3节有例子
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2016.03.11 14:53:07
Q:
[图片]
请问这种不收敛怎么解决？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.03.11 14:57:39
Q:
老师，请问算130个原子的氨基酸聚合物的弱相互作用，在M062X泛函下加上EmpiricalDispersion=GD3，应在什么基组下做opt合适？
A:
6-311G*
----------------------------------------------------
2016.03.11 15:16:51
Q:
老师，我想问一下，我做激发态的Miliken电荷布局分析得用哪个软件呢，MS的dmol3不行是吧
A:
Gaussian行
Mulliken拼错了
Q:
嗯嗯，谢谢老师。我想计算分子某一部分的电荷量。用高斯的话得分析nbo是吧
A:
没必然关系
把原子电荷加和成片段电荷就完了，什么计算原子电荷的方法都一样
Q:
恩，老师。高斯计算结果里有Mulliken电荷选项，我把某个片段的原子电荷加起来就行了对吗
A:
y
----------------------------------------------------
2016.03.11 15:54:45
Q:
有人听过 deMon这个软件么
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.03.11 15:57:22
Q:
请问，为什么我把xftp中scartch文件中的比如不用的rwf文件等删掉后，我的gaussian又交不上作业了？[图片]
以前都是可以的呀
A:
确保那个目录有可读写权限，并且运行中途别删
Q:
中途没删过，删的都是计算过的
不是的，没有作业呢
那现在应该怎样操作呢？可不可以教我一下，对这种问题一点都不懂
我的是64G的内存
A:
不是内存的事，是高斯没法在你的scratch目录下创建.inp临时文件
Q:
我也这样认为
删了scratch目录下的东西就这样了
gaussian 09 可不可以让它输出primitive gaussian function 的a指数？
A:
gfinput打印基组信息就行了
Q:
接下来我应该怎样在xshell下操作让gaussian可以在scratch目录下创建.inp临时文件呢？
自己一个人在摸索，很多不懂的....
A:
原理上那个目录有读写权限、有足够硬盘空间就能创建
----------------------------------------------------
2016.03.11 16:23:12
Q:
[图片]老师，这个个盆分析怎么这么丑呢？
A:
这不是盆分析，这是盆间面
显示多了自然就乱了
----------------------------------------------------
2016.03.11 16:32:31
Q:
[图片]请问下生不成.fchk怎么回事
请问下该怎么改下呀？
A:
要么输入formchk的绝对路径，要么把formchk所在的高斯目录加入到PATH环境变量里
----------------------------------------------------
2016.03.11 16:45:11
Q:
老师：您看这这张图，整体一点都不协调，还可以怎样调呢？[图片]
A:
延展距离加大点，ps一下
----------------------------------------------------
2016.03.11 17:10:31
Q:
请问一下要研究first bond dissociation energy for Mo(CO)6, 分别用PM6， HF， MP2， CCSD（T）， B3LYP， PBE，怎么能选择合适的basis sets呢？
A:
Mo：lanl2TZ，其它TZVP
Q:
Mo：lanl2TZ？？？没看懂。。。
A:
just google google google
Q:
不是应该对应每个方法，都有个basis－set嘛？
我google了，可能是有点笨
A:
谁告诉你的？
Q:
这个不是这个意思？？？[表情]你的意思是它研究Mo－C的时候用lanl2TZ，C-O的时候用TZVP？
这个不是这个意思？？？/惊恐你的意思是它研究Mo－C的时候用lanl2TZ，C-O的时候用TZVP？
A:
混合基组啊
Q:
嗯，你是说不管对于PM6还是HF。。。都是这样混合基组的？
A:
PM6这样半经验方法没法设定基组，其所用基函数是理论方法本身就定义的
从头算、DFT方法都要定义基组
Q:
请问溶剂化SCRF=(SMD,solvent=water,externalIteration,dovacuum)。中的externalIteration,dovacuum是什么用处呀
那要是研究取代苯基的相对稳定性，和研究first bond dissociated energy， basis set的选择要改成其他的嘛？还是同样的混合基组也适用？
A:
看手册，不知道干什么就别用
Q:
好的，我去看看，谢谢老师
A:
我说的同时适用于这两种问题的研究
Q:
好的，那研究糖氨基酸的构象分布也适用嘛？
A:
[图片]
基组的选择是艺术
要结合计算能力、要求的精度、用的理论方法、体系特征、计算的任务综合判断
如果用DFT计算，
最低6-31G*
较好TZVP
最佳def2-TZVP
Q:
我想请问一下，要是研究研究糖氨基酸的构象分布， CCSD（T）选什么basis set比较好呢
A:
体系多少原子？
Q:
17
A:
算结合能是普适的，类型差别大也一样用
Q:
好吧。。。
A:
用CCSD(T)最低不能低于cc-pVTZ，此时对此体系计算量很大。
你算这个还是用热力学组合方法更划算，比如CBS-QB3
而且直接给你自由能，省得你再折腾
描述不确切
本来就不能说level，应该说泛函的不同类型
Q:
要是用MP2方法，你觉得6－31G＊＊可行吗？
A:
完全不行
后HF必须有高角动量极化函数才能充分描述电子相关作用
你用这个结果一定比B3LYP/6-31G**更糟
Q:
那你觉得用什么basis set可行呢？
A:
MP2本身精度就<=B3LYP，热力学计算精度更是被M06-2X完虐，所以没事别用MP2，用得动MP2就用双杂化泛函
MP2早就out了
没直接关系
Q:
那用PBE或者MP2能有合适的basis set可以选择吗？
A:
还是先要明确前面那5条，没这些条件没法说
光说理论方法信息量不足
Q:
17个原子，C，O，H，N，还有个R基团不确定有什么。。。
A:
都说啦，忘记MP2
PBE算这个太烂，PBE本身对热力学数据计算精度就不高。
算热力学量M06-2X是首选。
Q:
okay，就是MP2，PBE都不建议用。谢谢老师，学到了很多！
A:
[图片]
泛函的选择看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
不知道什么是混合基组看这个
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2016.03.11 17:30:06
Q:
sob老师，dovacuum这个关键词呢，没有找到，可以解释下吗
A:
甭用这个关键词
----------------------------------------------------
2016.03.11 17:31:09
Q:
想比较两种阴离子配体与金属离子结合的强弱，如何做？
简单分成两部分算结合能，是不是不合适？
A:
没什么问题
----------------------------------------------------
2016.03.11 18:53:44
Q:
老师：您好！在优化的时候，用一种方法能优化成功，可是用另外一种方法进行优化时，结构发生了突变，请问怎样才能是两种方法的结构优化的构型是一致的呢？我尝试着减小步长和增加晶格点数。还是不行，。谢谢！
A:
用第一种方法优化成功的结构作为初猜，再用第二种方法优化
Q:
恩，我是按照您说的那样做的，可还是结构发生了变化@Sobereva
A:
减小步长上限
降到10
还不行再用calcall，还不行就很可能说明那个级别在这个结构下没有极小点
----------------------------------------------------
2016.03.11 19:43:49
Q:
高斯计算casscf,关键词是#p casscf(8,8)/6-31g*
出错信息是
[图片]
问怎样加大MaxIt ？
A:
IOp(5/7=x)设为MCSCF最多迭代x次
----------------------------------------------------
2016.03.11 20:16:33
Q:
老师，这个位置能算是spike么？可以表示有弱相互作用么？
[图片]
A:
算
Q:
老师，第二个峰也算么？那RDG_maxrho数值是不是选择0.09比较好，或者还应该设置的更大一些？
A:
都算
设得太大强相互作用就会出现在等值面上了
Q:
好的，谢谢老师。RDG_maxrho数值应该是对应的纵坐标吧，我刚刚以为是横坐标了。懂了。
A:
对应横坐标
Q:
那也就是说，我要显示出第一个峰的弱相互作用的话，RDG_maxrho数值设置的应该是大于0.070，看图上的横坐标的数值的话，我应该设置在0.9了吧
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.03.11 21:06:27
Q:
请问谐势近似（harmonic potential approximation）基础上计算频率指的是？也就是简谐近似？
这个需要加什么关键词？适用于什么体系呢？
A:
默认就是计算谐振频率，就是这个
Q:
非谐振近似就是加anharmonic了？
A:
非谐振就是非谐振，没有近似
Q:
在计算中这两种适合的情况是？
我指的是非谐振计算就得加关键字freq=anharmonic了吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.03.11 21:12:41
Q:
sob 老师，我想在gauss 输出结果中看自选多重度，应该用什么命令查找啊@Sobereva
A:
你设多少就是多少
Q:
用TDDFT方法计算，三重态激发态的自旋多重度也不会发生变化？
A:
什么叫发生变化？
你基态若是闭壳层，TD里若写了triplet就只给你算出来三重态激发态
Q:
哦，是不是只是三重态激发态的构型，但电子自旋并没有翻转？
A:
你算三重态，当然相对于基态有个电子自旋翻转了
Q:
那我输入文件中自旋多重度是1，结果文件中自旋多重度应该是3？
但我不知道怎么在结果文件中用什么命令查看
谢谢大神
A:
看这个
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2016.03.11 21:14:52
Q:
sob老师，我爬来见您了...我拜读了您关于l502不收敛错误的帖子，使用了这样一串命令：#p b3lyp/genecp opt scf=(noincfock,novaracc) int=ultrafine，结果虽然是不收敛，但是这个能量趋势感觉还可以[图片]您觉得学生想收敛的话，还需要怎么做呢？
A:
继续算
Q:
老师，可学生该如何继续算...直接取最后一步的结构出来，继续用这串命令算么
A:
opt=loose标准要是满足了就当收敛了
尝试其它帮助SCF收敛的做法，或者尝试其它基组
----------------------------------------------------
2016.03.11 21:28:32
Q:
老师，如果分子内有氢键，一般推荐什么泛函优化比较好呢？ M06-2X-D3， wB97XD 可以吗？基组 6-31++G（d）可否？
A:
这里写了
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
M06-2X/6-311G**通常足够了
Q:
基组不加弥散吗？
A:
3-zeta比加弥散划算得多
氢的弥散毫无用处
对于几何优化，先上3-zeta，再谈弥散
Q:
好的。。原来我一直以为弱相互作用和氢键必须要至少非氢原子加弥散，是不是在优化时3-zeta 比加弥散的影响要大很多呢？
A:
然
而且上3-zeta比加弥散省时省得多
----------------------------------------------------
2016.03.11 22:23:42
Q:
老师：您好！请问这种图是按照您的额那个帖子做的呢？[图片]谢谢！
A:
手册4.4节一堆例子
Q:
[图片]
冒昧的问一句您说的”那就是CASCI或RASCI，具体看你用的程序的手册“是什么意思呢？我在Multiwfn手册中，没找到这个？[表情]@Sobereva
A:
不是跟你说的，让你看的是Multiwfn手册4.4节
Q:
谢谢！
老师：您好！这个是我刚刚做的图可是N和Co没有连在一起，是说没成键吗？可是Co和Co之间明明就有一个关键点为什么没有连在一起呢？之前的密度分析表明，Co和N之间是有键径的，在这个图里没有显示出来，是设置的原因吗？还是？，[图片]
A:
那叫临界点，不叫关键点
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
你若用了赝势，必然连不到一起
Q:
因为有金属所以在优化的时候用了赝势。所以，老师那是否是要去掉赝势，重新优化？@Sobereva
A:
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
先看这个
----------------------------------------------------
2016.03.11 22:23:42
Q:
sob老师，mcscf算的太慢了，有没有只做ci不做mcscf的选项？
A:
那就是CASCI或RASCI，具体看你用的程序的手册
Q:
就是高斯
A:
IOp(5/7=-1)
Q:
[图片]
-1 代表啥意思？
A:
[图片]
Q:
为啥咱两的IOP手册不同啊，我这个可是高斯官网的
sob老师指的是高斯手册，或者 MOlcas手册等等
A:
IOP2006手册
新的里头没了
----------------------------------------------------
2016.03.12 08:53:36
Q:
关于前线轨道分析有什么好的文章帖子推荐吗？
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.03.12 08:54:03
Q:
对于C10H19O6PS2, 基底函數數目和初始函数怎么算的？
以6-31G＊为方法
A:
幻灯片的例子看懂了自然就明白了
----------------------------------------------------
2016.03.12 08:56:29
Q:
关于前线轨道分析有什么好的文章帖子推荐吗？
A:
看福井谦一的《图解量子化学》，或者其他人写的
ORBITAL INTERACTION THEORY OF ORGANIC CHEMISTRY 2ed
Orbital Interactions In Chemistry(Albright,1985)
Orbitals in Chemistry(Satoshi Inagaki)
Orbitals in Chemistry-A Modern Guide for Students
Molecular orbitals and organic chemical reactions Reference Edition(2010,Ian Fleming)
Frontier Orbitals-A Practical Manual(2007)
都有电子版
----------------------------------------------------
2016.03.12 08:57:39
Q:
请问做结构优化，已经优化了108步，卡在
L1103，是什么情况呀？
我加了在直角坐标下优化的啊
是的
# opt=cartesian b3lyp/6-31G*
[图片]
恩恩
跑了108个循环，也就几个小时
但这个循环卡在这里了
没有报错，就是卡在这里了
A:
用最后的结构继续优化
----------------------------------------------------
2016.03.12 08:58:55
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
这个链接好害人啊
http://platinhom.github.io/2015/09/05/GaussianError/
多半都是错的
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2016.03.12 09:00:25
Q:
请问这个怎么解决？ Number of steps in this run= 1056 maximum allowed number of steps= 1056.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Leave Link 103 at Sat Mar 12 08:33:09 2016, MaxMem= 4026531840 cpu: 0.4
(Enter /opt/g09.d01/g09/l202.exe)
A:
看你具体是什么任务，列出关键词
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2016.03.12 09:01:21
Q:
用Multiwfn 和 Gaussian 计算的hirshfeld 有明显的差异？
gaussian 中计算Hirshfeld charge时，用的关键词是pop=hirshfeld
multiwfn中计算hirshfeld charge 时，是在gaussian中将chk文件转化为fchk文件，然后在multiwfn中做hirshfeld 计算。
A:
用的自由状态的原子密度不同，Hirshfeld结果也会有所不同。高斯都没说清楚自由原子密度是怎么来的，而Multiwfn里写得清清楚楚，可信度明显更高
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2016.03.12 09:05:58
Q:
咨询一下，如果一个跃迁过程，是HOMO-LUMO跃迁，通过图像可以看到，这里面有CT成分也有LE成分，如何衡量这个LE或者CT的成分的大小？谢谢指点。
A:
可以用Multiwfn计算各种衡量电子-空穴间质心距离、重叠程度的指标，以衡量CT特征的大小
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2016.03.12 09:18:29
Q:
各位老师好，如何从Gaussian中获取双电子积分？
A:
*IOp(3/33=1) 输出单电子积分、核哈密顿、势能、多极矩/重叠积分矩阵(overlap那项)。=3用标准格式输出双电子积分，=4用debug格式输出双电子积分（对半经验无效）。=5相当于1、3联用，=6相当于1、4联用。（注，要想输出双电子积分，光写这IOp是没用的，还得写extralinks(L316) scf=conventional noraff）
Q:
谢谢Sob老师
关键词
# hf/sto-3g pop=full gfinput iop(3/33=5) geom=connectivity extralinks(L316) scf=conventional noraff
输出到int文件是二进制的，如何转换成文本文件？
A:
gview载入log，重新保存成新的输入文件，还用这些关键词继续跑
Q:
[图片]
[图片]
A:
显示在log文件里
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2016.03.12 09:20:32
Q:
我的关键词是#p opt freq PBEPBE/6-31G* SCF=IntRep symm=veryloose
A:
输出文件直接传上来
[图片]
Q:
已上传
A:
就是文本文件，在输出文件里
gview载入log，重新保存成新的输入文件，还用这些关键词继续跑
Q:
是log文件么？我上传的是log
A:
SCF=IntRep symm=veryloose去了再试
Q:
可上次出错了，让加上SCF=IntRep
A:
起码去了 symm=veryloose
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2016.03.12 10:08:46
Q:
[图片]谁用过sobMECP寻找交叉点的，用里面的例子没报错，换成自己的东西在./runfirst.sh过程中就出错了，找了半天不知道是哪里出错了，求大神指教
A:
8成是你的高斯输入文件的问题
Q:
初始结构可以是T1的结构吗
A:
可以一试
Q:
我用的就是T1的结构出错了，我试试S0的结构
A:
你可以看运行中途产生的高斯输出文件来判断原因
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2016.03.12 13:22:16
Q:
The coordinate of the surface vertices has been outputted to cubegenpt.txt
Use for example "cubegen 0 potential CNT.fch result.cub -5 h < cubegenpt.txt" t
o get cubegen output file
Now input the file name of cubegen output file, e.g. d:\g09\result.cub
D:\Multiwfn_3.3.8(dev)_bin_Win\nwx-Au3AgAu3-ESP.cube
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 10, file D:\Multiwfn_3.3.8(de
v)_bin_Win\nwx-Au3AgAu3-ESP.cube
Image PC Routine Line Source
Multiwfn.exe 00860600 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00816216 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00800182 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007FF4C4 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007D4FB0 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 005EB62E Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 004D7E7F Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 008615C3 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00848219 Unknown Unknown Unknown
kernel32.dll 755A338A Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 77A89A02 Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 77A899D5 Unknown Unknown Unknown
做静电势分析时这个错误怎么解决？
The coordinate of the surface vertices has been outputted to cubegenpt.txt
Use for example "cubegen 0 potential CNT.fch result.cub -5 h < cubegenpt.txt" t
o get cubegen output file
Now input the file name of cubegen output file, e.g. d:\g09\result.cub
D:\Multiwfn_3.3.8(dev)_bin_Win\nwx-Au3AgAu3-ESP.cube
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 10, file D:\Multiwfn_3.3.8(de
v)_bin_Win\nwx-Au3AgAu3-ESP.cube
Image PC Routine Line Source
Multiwfn.exe 00860600 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00816216 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00800182 Unknown Unknown Unknown
Multi
wfn.exe 007FF4C4 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 007D4FB0 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 005EB62E Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 004D7E7F Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 008615C3 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00848219 Unknown Unknown Unknown
kernel32.dll 755A338A Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 77A89A02 Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 77A899D5 Unknown Unknown Unknown
做静电势分析时这个错误怎么解决？
A:
大抵是你产生这.cube文件的过程不对（按照上面的提示来得到）
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2016.03.12 14:28:43
Q:
极小值点全带正静电势。
因为模型本身是阳离子。
这样正常吗？
[图片]
A:
正常
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2016.03.12 14:41:28
Q:
Sob老师，multiwfn双电子积分的程序具体在哪个位置？
A:
Multiwfn不计算双电子积分
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2016.03.12 15:11:00
Q:
亲们你们好怎么用高斯生成wfn文件啊我是初学者求教
命令行加out=wfn
原子坐标后空一行加a.wfn，a指代文件名
如果用了混合基组，则a.wfn应在基组最后空一行加
然后，Multiwfn中需要用到wfn文件的场合，往往可以用fchk代替
最好用WFX
A:
用wfn文件的情况都可以用fch代替，除了后HF计算涉及到自然轨道的情况，需要在高斯中多做一步将自然轨道转存到fch里
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2016.03.12 16:15:07
Q:
请问在气态下算荧光和在溶剂中算荧光的方法步骤是否相似
A:
是
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
老师好，学生在您关于激发态计算（荧光）的帖子中看到您写的一个例子，在不含溶剂的情况下算的荧光是气态荧光，那请问固体荧光怎么计算呢？也是和气态荧光一样吗？
A:
如果你是指分子晶体，一般就当气态来算
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2016.03.12 17:14:17
Q:
老师：您好！对于一种物质的同分异构体，优化出来的结构所对应的能量大小，与其对应的热力学稳定性和化学稳定性是否有一定的关联呢？谢谢！@Sobereva
A:
热力学稳定性得考察解离路径的势垒，化学稳定性得考察与具体化学物质反应的势垒。
Q:
恩，看了老师推荐的稳定性博文，对稳定性的分析有了一个大概的了解。只是一般不是说能量越低越稳定吗？而且还是同分异构体。那一般说的能量越低越稳定指的是什么呢？谢谢@Sobereva
A:
就是热力学稳定性，但这是对于这几个异构体之间相互转化而言的。如果还把热分解算进去，那还得考虑热解反应的势垒
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2016.03.12 17:26:31
Q:
老师，如果我怀疑一个分子可能存在分子内氢键，从而影响光学性质，我是不是该做RDG来考察是否真的存在氢键呢？
A:
是
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2016.03.12 18:46:45
Q:
老师您好！我有个关于福井函数（反应位点）的问题要请教您一下。（1）就是我们重复您Multiwfn软件里面苯酚的例子，算出来的f-怎么是个负值？（2）我们应用f-=Pn-Pn-1(书上的公式)，里面Pn取得是[图片]before（这一列），取值对吗？
A:
手册里用的是Hirshfeld电荷算的，对应于图中的before
Q:
@Sobereva那我们取值就没问题，但是为什么我们重复苯酚得到的数据是负值，这个是怎么回事了？
A:
你用Hirshfeld电荷，重复手册的例子，会得到相同的结果
[图片]
原子电荷都给了，原子电荷对上了，condensed Fukui function自然也能对上
Q:
对我们就是用的Hirshfeld电荷算的，我把图片截给您看看。第一个张图是苯酚的[图片] 第二章是苯酚+1的[图片]请您帮我看看我们问题处在哪里？
A:
手册里的Hirshfeld电荷是用自带的原子波函数文件(examples\atomwfn)算的，而不是内建的球对称原子密度算的
即便用内建的球对称原子密度来计算，得到的condensed Fukui function依然是非常合理的
Q:
额，那就对了。但是老师我不知道该怎样算内建的球对称原子密度？我不懂，谢谢
A:
[图片]
1 用内建的球对称原子密度
2 用原子波函数文件
Q:
OK，谢谢老师，我下来再试试。
A:
这是我刚用内建的球对称原子密度算的，f-依然没有负值
[图片]
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2016.03.12 18:47:50
Q:
我想不妨这么理解，芳香稳定性就是超出正常共轭稳定能部分的稳定能
A:
芳香性越强一般热力学越稳定，但是也有可能反应活性更强
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2016.03.12 19:10:02
Q:
老师：CDA分析能最多支持几个片段呢？谢谢！@Sobereva
A:
无数个
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2016.03.12 19:42:50
Q:
[图片] Sob老师，这个差别在哪里呢？
[图片]Jacquemin的benchmark文章里讲TDDFT是基于单行列式，是表述错误还是另有所指？
A:
单参考方法用的是单行列式的HF波函数作为参考态，其波函数是多行列式波函数
多参考方法用的是多行列式的MCSCF波函数作为参考态
表述错误
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2016.03.12 19:50:10
Q:
Sobereva老师，您能发一下您刚才做的[图片]这个测试的结果吗？我们对这个十分感兴趣。
A:
你想要什么结果？
不是已经发了
Q:
不是就是您算的那个结构的输入文件
不好意思我表达错了刚才
我们重复一下
A:
输入Multiwfn的波函数文件就是自带的examples里的phenol、phenol+1.wfn、phenol-1.wfn
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2016.03.12 20:35:43
Q:
老师：[图片]这里的拉普拉斯函数的值是指的是[图片]这里的那个呢？我觉得应该是方框的，可是看文献，它又似乎是椭圆的那个，老师您怎么看？如果方框表示的是拉普拉斯的值，可以判断键的性质，那么椭圆的是能量密度，这表示什么呢？（意义是什么）谢谢！@Sobereva
A:
显然是方框的。手册2.6节有所有支持的实空间函数的介绍
能量密度看
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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2016.03.12 20:35:43
Q:
老师：如果用bp86优化出来的结构，在用bp86做单点计算，这样是否有意义？
A:
这和优化最后一步的能量相同，没必要单独再做单点
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2016.03.12 20:57:45
Q:
老师我现在计算反铁磁：优化出来的基态的能量比反铁磁单重态的能量要小，然后计算出来的耦合常数值是正值，而实验测出来的是负值，这种情况下怎么处理？但是从几何结构上来看，基态的几何结构跟反铁磁单重态的几何结构相似。下面是我的基态跟反铁磁单重态的几何参数和能量[图片][图片][图片]
A:
基态结构下，做波函数稳定性测试，波函数稳定否？
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2016.03.12 21:14:22
Q:
我做了振动频率的分析，没有发现虚频，还没有做波函数稳定性测试
老师做了振动频率分析之后是否还要测试波函数的稳定性
A:
这是两码事
Q:
基态和反铁磁单重态是否都要做波函数的稳定性测试
A:
只做基态
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2016.03.12 21:16:57
Q:
麻烦大家推荐一到两个容易中的SCI杂志（反应机理DFT），只要 SCI就行，多谢
A:
物化学报
Q:
多谢sob，求再推荐一个，多谢
A:
适合理论、计算化学投稿的期刊及其2014年影响因子（2015年公布）
http://sobereva.com/296
你就从IF低的往上看
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2016.03.12 21:36:06
Q:
老师：您看！这个是拓扑分析的结果，此处的拉普拉斯的值为正，表示，电子以发散为主，可是临界点的bcp为负，表示为共价键，也就是此处电子密度聚集，[图片]，这么看，我觉得又矛盾了。您怎么看呢？谢谢！
A:
bcp处电子密度拉普拉斯函数说明不了什么问题，尤其是极性键，博文里提到了
Q:
也就是说只有AIM分析的中BCP 才有判断键性的意义，是吗？谢谢！
A:
否
两个问题：
1 考察什么位置的函数
2 考察什么函数
光考察BCP这一个点往往不够，博文里强调了。光考察BCP的电子密度拉普拉斯函数更是很不可靠。
Q:
老师，您看看这两个公式是不是跟您今晚算出来的福井函数的公式(表格中算福井函数的公式)对应不上，都变成相反数了。
A:
又是这个问题，基于原子电荷怎么计算福井函数在手册里推导得很详细了
要搞清楚原理
[图片]
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2016.03.12 21:45:44
Q:
sob老师，我在linux系统下的gjf命令行写了out=wfn，坐标后空一格写上输入文件名：124.wfn，怎么结果输出的还是log 文件？
A:
输出文件当然照常输出，同时产生了你指定的那个wfn文件
Q:
产生了你指定的那个wfn文件？？？？位置在哪里？和我的gjf文件在一个文件夹里吗？
A:
目录是你自己制定的
不要用这么多问号！
Multiwfn手册第四章开头把wfn文件怎么生成写得很清楚，例子都给了
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2016.03.12 21:56:52
Q:
[图片]老师我在高斯计算算TS时遇到这个问题，如何处理呢？
A:
opt里加上cartesian
Q:
[图片]
老师是这样可以么？
A:
可
Q:
老师 Cartesian表示使用直角坐标进行计算，我之前加的[图片]这个关键词也能表示转换成直角坐标么？
[图片]
老师这是我之前的输入文件
A:
跟readfreeze是两码事
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2016.03.12 22:55:57
Q:
我的一台电脑出故障了，可不可以把里面chk文件拷到别的计算机上转换成fchk呢？我试过了但是那文件怎么还是打不开？
A:
必须那台机子的系统、高斯版本和这台机子一致才行
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2016.03.12 23:05:06
Q:
Slater-Condon规则，由于单电子算符会对轨道求导，也就是说最后是一个轨道与这个轨道的层数作用，我们无法知道它们的正交性（可能由于求导，破坏了正交性），所以单电子积分有两个及以上轨道不同就是0了，这个很容易理解，但对于双电子积分，只是在轨道上乘上个1/r12而已，轨道本身是正交的，那么，按理讲，只要有一个轨道不同，双电子积分就应该为0，但是，这不对，而且要3个及以上轨道不同时才为0，无法理解，求解释[表情]
Slater-Condon规则，由于单电子算符会对轨道求导，也就是说最后是一个轨道与这个轨道的层数作用，我们无法知道它们的正交性（可能由于求导，破坏了正交性），所以单电子积分有两个及以上轨道不同就是0了，这个很容易理解，但对于双电子积分，只是在轨道上乘上个1/r12而已，轨道本身是正交的，那么，按理讲，只要有一个轨道不同，双电子积分就应该为0，但是，这不对，而且要3个及以上轨道不同时才为0，无法理解，求解释/疑问
A:
你算<i|1/r12|j>积分的时候要带着1/r12，不能把1/r12提出来成为<i|j>，由于i、j是正交的于是就说<i|1/r12|j>为0
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2016.03.13 09:26:14
Q:
basis function number HF/6-31G＊，对于元素周期表第二行， 1s2s2px2py2pz2px'2py'2pz'3d3d3d3d3d应该是15个basis functions吗？因为6-31G＊是split valence double zeta basis。求解，对不对？
还有就是为什么有些人说应该是14个basis functions？
A:
1：一个基函数描述1s轨道
2*4：2s,2px,2py,2pz轨道各用两个基函数描述
6：XX,YY,ZZ,XY,YZ,XZ共6个笛卡尔d型极化函数
总计：15
说14个基函数的，是用了球谐型基函数，此时d壳层用5个基函数描述，见
谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识
http://sobereva.com/51
Q:
[图片]
[图片]刚才那张发错了
对于这个来说，它对于6-31G＊一共有294个basis function，化学式是C11H26NOPS
H是2 basis functions，元素周期表第二行的原子是15，第三行是19，问题是，加起来还是不等于294，是不是我哪里错了？
A:
搞不清楚的话，每个元素原子都算一次，记录下输出的基函数数目，一加和就知道了
Q:
问题是加和也不对，所以我在想是不是方法哪里不对，因为我才接触这个东西
A:
iPr是什么鬼？
Q:
isopropyl
https://en.wikipedia.org/wiki/VX_(nerve_agent)
A:
15*11+2*26+15*3+19*2=300
[图片]
何来294？
Q:
我也不知道它为什么294，我也算得是300，但这个ppt是我们教授的，好吧，没准他写错了
A:
就是写错了
尽信书不如无书
Q:
[图片]
用的是B3LYP／6-31G＊，其中有两个脂肪链是可以转动的，剩下3个链式固定的，请问怎么能决定locate global minimum的可能性（是一个数值％）大家都什么想法吗？
A:
6-31G>3-21G>STO-6G>STO-3G
看着＊就难受
Q:
哎，关键是我对它没有一点感觉
教授说是个数字，哈哈哈，我都快哭了，哎
A:
很多课上讲的东西和实际情况是完全脱节的
Q:
嗯，我也觉得是这样
[图片]
请问从这图里能读出每个原子的primitives number吗？
怎么知道它是几乘几HF secular matrix？
A:
每个primitive壳层，乘上其角动量对应的函数数目（比如p有px,py,pz共3个），加和就算出来了
HF矩阵的维度等于体系基函数数目
Q:
我算出来的是335个basis function，怎么判定他是几乘几的 matrix啊
A:
335*335
Q:
比如对于1s2s2s'2px2py2pz2px'2py'2pz'd(5)，怎么算primitives
A:
话没法这么说
要看基组定义，不是看这个
这个例子搞懂就自然懂了
[图片]
[图片]
Q:
我没太搞懂怎么算
GTF和primitives是一回事？
A:
是
Q:
谢谢老师，我研究下。。。
有关于6-31G＊的GTF链接或者ppt吗
Dear Tutor,我一下忘记关于基组大小的顺序了，请问在高斯中，基组大小怎样排的？比如在结构优化的时候，我应该先用小基组去优化，大小应该是相对的，请问相对于6-31G这个基组来说，比它更小的基组是什么呢？[表情]
A:
基组入门资料看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2190
Q:
对于cc-pVDZ, 要算元素周期表第三行的元素的basis function，是多少，第二行元素是19个basis function，请问第三行的元素是多少个啊
A:
你测试一下不就知道了
Q:
27个，你觉得对嘛？
请问：为什么加入diffuse basis function和polarization basis function 对于geometry 优化是必要的？
A:
极化必要，弥散不需要加的时候甭加，看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
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2016.03.13 09:26:14
Q:
请问老师，使用冗余坐标来约束原子，是不是比使用-1来冻结原子，计算量要大？
这个我知道，是不是意味着，使用冗余坐标，和使用-1，计算量都是一样的？
A:
一样
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2016.03.13 09:33:20
Q:
老师：您好！衡量多重键的时候，您建议了一个拉普拉斯键级，请问您的这个键级的单键，双键的标准和是和韦伯格指数是一样的吗？还是有区别的呢？您说还可以衡量极性，请问是怎样判断的呢？谢谢！
A:
看拉普拉斯键级原文就明白了，群共享里Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space
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2016.03.13 15:49:17
Q:
如果研究ES complex，哪种方法好？AmBER force field还是AM1
A:
ES comple指什么？
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2016.03.13 15:49:32
Q:
请问对于一个已经优化完成结构的分子怎样用高斯查看某个化学键的键能数据？
A:
键能得自己额外计算
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2016.03.13 15:49:57
Q:
激发态结构优化完成后，在GV里面就有荧光光谱图，这个和在此结构基础上再做单点能计算得出的光谱有何不同吗？
A:
一样
Q:
嗯嗯，谢谢sob老师，我试着算了下，确实一样
A:
得确认关键词什么的一样
除了opt以外
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2016.03.13 16:25:36
Q:
怎么将Multiwfn的数据快速做成Table？ [图片]
A:
按手册5.4节，把屏幕上一列数据往excel里一粘
----------------------------------------------------
2016.03.13 16:27:21
Q:
目前构象搜索的话，conflex的MMFF94立场可以，但是收费软件/冷汗
A:
免费的构象搜索软件
gentor：molclus的组件之一，使用简单，非常灵活，精度随意可控 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
VeraChem公司的vconf，学术用户免费，需要发邮件索取 http://www.verachem.com/products/vconf/
openeye公司的omega是很好的构象搜索软件，学术用户免费 http://www.eyesopen.com/omega （申请条件比较苛刻）
FRODA
openbabel (http://open-babel.readthedocs.org/en/latest/3DStructureGen/multipleconformers.html)
Frog2，在线免费用：http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/Frog2
Balloon http://users.abo.fi/mivainio/balloon/
虽然收费但也行
Chemaxon
Cresset公司的xedex也很不错，可以免费使用1个月。申请lic很快。
Amber的LMOD
收费的
MS的conformer模块、Spartan、MacroModel、Sybyl、MOE、Hyperchem、conflex、Discovery Studio
Q:
求助:请老师们帮忙推荐搜索团簇构型的程序?
A:
用molclus，超方便超灵活的团簇结构搜索程序，极为好用！
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
构象异构体可以用frog2来找
很方便。而且生成的构象质量比较高。
哪有下载
在线的
把你的结构的mol2格式文件上传就好了
算好后你可以下载
很方便，不需要安装。
A:
http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/Frog2
Q:
http://mobyle.rpbs.univ-paris-diderot.fr/cgi-bin/portal.py#forms::Frog2
需要注意它的局限性，它不能同时转动两个以上的键。所以有些构象之间不能相互转换。
比如环己烷的椅式构象和船式构象不能相互转换
所以用在大环化合物的时候要小心一些
目前构象搜索的话，conflex的MMFF94立场可以，但是收费软件[表情]
构象搜索其实DS很好用
如果只关注能量，不关注构象，那么可以了。
A:
无所谓，lewis式是
[图片]
非要选一种就后者吧
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2016.03.13 20:46:20
Q:
用gaussian计算的hirshfeld charge，在gv中不好直接看；用multiwfn计算的hirshfeld charge, 保存成的chg文件文件中，数据很不清晰，因为数据前面没有标题（虽然我知道最后一列是charge数据），难道是我操作错误吗？
最好是让电荷直接显示在分子上，这样可以很清晰地看到
A:
chg格式明明很清晰
想在gv里直接标在图上就把Hirshfeld电荷替换掉高斯输出文件里Mulliken电荷部分
然后results-distribution界面里把mulliken电荷显示出来
Q:
明白，非常感谢。
我是想说，若chg格式中有想下图中绿色方框的一样的信息，就非常好了[图片]。
这样，可以很清楚地知道每一列对应的数据是什么
A:
这只会让格式定义变得冗余
而且输出chg文件后屏幕上也有确切的提示
[图片]
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2016.03.14 19:08:48
Q:
因为我做的是三线态的优化，所以多重度应该是3啊，为什么他会报错说多重度为1呢
A:
你肯定方法前边写了R，去掉之
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2016.03.14 19:08:48
Q:
请问对于闭壳层有机分子，TDDFT三重态不稳定triplet-instability的问题，能否使用Unstricted方法解决？之前看到实验室某前辈计算激发能的时候写上了guess=mix（但是他用了Restricted方法....），不知道是不是出于这一目的。
A:
guess=mix和这个完全不是一码事
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2016.03.14 19:08:48
Q:
话说 VMD能输出高分辨率的图像吗？
A:
通过Tachyon渲染出高分辨率图像的方法：进入File-render，选择Tachyon，点Start Rendering渲染一下，在VMD目录下就得到了Tachyon渲染器的输入文件vmdscene.dat。然后在VMD目录下建立一个文本文件，后缀为.bat，内容为
tachyon_WIN32.exe vmdscene.dat -aasamples 24 -mediumshade -trans_vmd -res 1024 768 -format BMP -o vmdscene.bmp
运行此bat文件就重新渲染得到了vmdscene.bmp。Tachyon命令行参数中-res控制分辨率。-aasamples越大锯齿越不明显。若想调节图像内体系的尺寸，修改vmdscene.dat里的zoom，越大则图像里的物体越大。
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2016.03.14 18:48:41
Q:
请问下有有A,B,C三种物质，其中A可以与M物质自发发生反应，B,C却不反应，从量化角度该从哪几个方面说B,C不反应的机理呢？求老师们指点谢谢。
算他们的吉布斯自由能，活化能吗？
查文献感觉就像大海捞针不知道怎么查阅相关文献，还请指导，谢谢
A:
最直接的做法是算自由能垒，然后根据TST计算反应速率常数。也可以尝试计算分子的软度，即1/(IP-EA)，对同类分子软度越大反应活性往往越大
Q:
有参考的文献吗
A:
这么直白的事有什么好参考的？
Q:
sob老师就是计算软度和tst反应速率的相关文献
A:
讲TST的书和文章google一搜一大把
软度的看各种概念密度泛函的综述http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384
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2016.03.14 18:48:41
Q:
sob老师您好，请问调用libxc很不会很耗时，fftw我试了挺快，libxc不太清楚
好像是内存或者数组分割赋值问题
google，我也在学习中
A:
看具体怎么用，算多大体系
Q:
sob老师您好，大概是几十个分子的体系
A:
还是可以用的，Octopus，Abinit、CP2K、BigDFT、GAPW、Atomistix ToolKit、AtomPAW都用那个库，不会太慢
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2016.03.14 18:48:41
Q:
请问各位老师，这个问题应该怎么解决？
[图片]
谢谢，但是不知道应该怎么解决呢？
好的，没有Google到，谢谢。
A:
moment 增加可读写权限
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2016.03.14 18:48:41
Q:
请问老师，体系带正电荷，需要加弥散吗？
老师好，请教一个问题，精氨酸上的胍基。让它质子化。。那么，它的结构式是
[图片]
还是
[图片]
？
A:
不需要
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2016.03.14 18:48:41
Q:
请问Sob老师，在LINUX下进行高斯计算，计算结果出现./6H-OPT-PBE0-V.lsf: line 23: ./6H-OPT-PBE0-V.gjf: Permission denied是什么原因？应该怎么解决？谢谢
恩，不知道该怎么解决
A:
moment 不知道你这是什么程序。如果程序是别人编译好的，而且你能获得源代码，在你机子上重新编译一遍
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2016.03.14 19:11:43
Q:
老师，苯醌加氢离子加电子生成半醌自由基的还原电势如何计算？
A:
算这个过程的自由能变，折算成eV就完了
Q:
老师，不是要设计一个自由能变循环么？因为要考虑溶剂的影响。还要考虑和氢电极的对比。结果算出来数值很大。
A:
溶液下肯定要考虑溶解自由能
Q:
反应的自由能变是不是就是分别计算产物和反应物的自由能再相减，溶解自由能是用考虑溶剂模型前后的能量差。和氢电极的对比是减去4.44v
氢离子和电子的自由能都为零
A:
质子有溶解自由能，必须考虑进去
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2016.03.14 19:11:43
Q:
请教大家一下，做单点能的时候出现了[图片]，这种情况是什么原因呢，怎么解决呀
A:
甭用二次收敛方法
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2016.03.14 19:12:27
Q:
[图片]这三个N，都是N2类型。
原子类型不一样，导致力场参数也不一样。
所以我想弄个明白。
多谢多谢多谢Sob前辈.
A:
你看自带的库利用的什么原子类型你就用什么就完了
还是这种合适，区分不同的原子类型
[图片]
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2016.03.14 19:35:44
Q:
自带库里有N2-CA参数，但是没有N3-CA参数。
A:
这是小问题，键长差一点不影响模拟结果
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2016.03.14 20:05:29
Q:
谢谢老师~那理论上能否使用Unstricted 0 1甚至0 3方法产生参考态波函数，来解决TDDFT计算时triplet instability问题？后来查到了这个帖子，您只回复了一句话，并没有解释原因。实在是不明就里，请老师指教~ http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=7733637
A:
用TDA可以缓解这个问题
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2016.03.14 20:49:19
Q:
请教sob老师，我在照着这个帖子http://sobereva.com/190学习计算分子的半径，利用第四种方法进行计算分子的半径的，但是每次都要计算分子表面的静电势，计算速度很慢，该怎么提高计算速度呢？按照博文中的说法[图片]，好像在选择主功能12之后，-1是代表的返回主菜单，并不是用户自定义函数，这个地方该怎么解决呢？ @Sobereva
A:
应该是进12后，先选2，再选择-1
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2016.03.14 20:57:07
Q:
请问……用Multiwfn打开一个非常大的fchk文件，然后似乎由于太大自动退出了，应该怎么解决呢？
A:
用linux版
Q:
老师，win下Multiwfn 最多能处理多少个原子的体系？@Sobereva
A:
没有限制
Q:
好的，我有一个180原子的正在优化结构，准备用Multiwfn做RDG
处理速度来看linux版是不是比win快？
A:
一样
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2016.03.14 21:20:32
Q:
[图片]
我想知道N28跟C7直接到底是氢键连接还是说N28把这个H夺走了从而形成卡宾这个我通过做什么可以确认呢
两个的键长都差不多 C28-H7 有1.6 H7-C7 1.4 我用multiwfn做了拓扑分析 ▽2ρ的值大于0 在氢键范围内而ρ的值都不在氢键范围要大一些
A:
显然没夺走，距离还远着
很强氢键的情况rho会大于那个标准，此时已经有一定共价成份了
可以作个ELF图看看
Q:
啊那就跟实验有点儿冲突了[表情] 我看了一篇文献做实验的他做谱图说形成了卡宾什么的
A:
这种问题量化研究明显可靠得多
很多问题量化研究比实验的人臆测准得多
而且很多问题实验测定的误差远高于量化计算
Q:
那我做个ELF图看看先还不太会分析这个图
谢谢你
我作图了再自己学着分析分析
A:
可参看
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
ELF综述和重要文献小合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2100
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2016.03.14 21:36:48
Q:
老师好。我有两个酶，来自不同物种，同源性不高，但催化同一种反应，同一个底物。催化效率不一样。从结合自由能和过渡态能垒两个方面做计算，找到它们为什么催化效率不一样的原因。这样一个故事，说得通吗？能发一篇文章吗？
A:
能
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2016.03.14 21:51:26
Q:
sob 老师请问一下[图片] 我用高斯计算了个I.wfn 放在examples的atomwfn文件夹里面虽然可以继续下一步但是还是无法得到变形密度线的图谢谢
A:
你得把原子波函数文件放在Multiwfn.exe所在目录下的atomwfn里，而不是examples\atomwfn里。examples里面的全是示例文件，不是程序直接会利用的
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2016.03.14 22:02:13
Q:
老师好，我想做一个C3对称性的配合物体系作为gaussian的输入文件，但是现在按网上gaussview关于更改点群的教程做的，最后还是只有一个C1选项，现在该怎么办，刚接触高斯不久，望各位老师指点迷津
A:
你先把结构反复调节，调得尽可能像C3，然后在edit-point group里把tolerance设成do you feel luck，如果看到认出来了C3，选symmetrize把结构对称化一次
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2016.03.14 22:17:17
Q:
sob老师，您好，审稿人给我提了这个意见，被难住了The net charge on M and N can be a result of two “processes”, bonding and back-bonding. Have the authors considered this possibility? The so called “Atoms in molecules” / QTAIM model can be used to detect effects of this type.
请问，用AIM怎么分析是否有反馈键作用？
十分感谢
A:
这个问题用CDA分析更适合
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
Q:
我在文章中已经做过AIM了，所以...
A:
看CDA原文里配合物的讨论例子，博文里提了
Q:
能否指导一下，谢谢
A:
可以
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2016.03.14 22:35:28
Q:
把wfn文件放到atomwfn文件夹中还是无法计算 [图片]
请问sob老师是不是对I.wfn 的机组有要求
A:
看提示，提示中已经说明了当前atomwfn目录下没有把所有要用原子波函数文件给全，所以才让你输入关键词调用高斯计算。
仔细看此文关于原子波函数文件的说明
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.03.14 23:22:49
Q:
请问老师，在对比两个野生酶-复合物结合自由能的时候，是不是要用高精度的方法，比如热力学积分或自由能微扰方法，而不能用mmgbsa这类方法？
A:
MMPBSA可以。TI用起来麻烦耗时
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2016.03.15 09:26:47
Q:
[图片][图片]~这确定不是群里某位大神做的吗。。。
A:
就是本群里的钟成
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2016.03.15 09:26:47
Q:
请问一个关于激发态偶极矩的问题。按照Sob老师之前的帖子，我输入文件中的格式是“#p td=(root=1,nstates=10) b3lyp/6-31g(d,p) density=rhoci"
输出文件最后得到的偶极矩就是激发态（S1）偶极矩吗？
“Dipole moment (field-independent basis, Debye):
X= 0.0241 Y= 6.9676 Z= -1.2471 Tot= 7.0783”
在Sob 老师的帖子上看到的写法，可以输出激发态偶级距。我就照搬照用了，呵呵。
A:
理解得不对。要得到准确的激发态偶极矩不要写rhoci，否则精度会下降
最后输出的就是root指定的态的偶极矩
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2016.03.15 09:38:10
Q:
[图片]
谁遇到过这种情况，gaussview里面电荷分布看不到
A:
如果是g09 D.01算的，Mulliken电荷输出格式变了，gview不认
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2016.03.14 19:08:48
Q:
请问采用了BJ 色散导致出现了消不掉的小虚频，是不是只能在E01版本上重算呀？结构会变化吗？有没有人测试过？
可是我之前全部用的BJ，总体上来说BJ还是好一点吧
没想到竟然出了这么个bug！
嗯，我在思想家帖子里也看到了
哎，悔不该当初没先调查清楚啊
可是现在改不太可能了
据高斯说对结构没影响，只是能量有问题？
那是不是不用优化，重新算个频率就可以了呐？
你有试过E01吗？
我们实验室因为这个问题，正在筹备买E
也有人说加nosymm可以解决问题
A:
nosymm不可能解决
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2016.03.14 19:08:48
Q:
Sob前辈，您好..
我用下边的公式计算了一个分子的跃迁偶极矩:
<s0|r|s1>，s0是基态波函数，s1是激发态波函数...
这里的激发态的波函数是tddft里边的输出，比如：
143a -> 147a : 0.016720 (c= 0.12930728)
144a -> 147a : 0.191779 (c= -0.43792544)
145a -> 148a : 0.217974 (c= 0.46687639)
146a -> 147a : 0.535205 (c= 0.73157678)
我想请问前辈，我这样计算出来的<s0|r|s1>需不需要乘以2呢？
因为这里的激发态波函数是基于alpha轨道的，所以我自己瞎猜是不是需要将beta的激发也考虑进去。
但是，如果将beta考虑进去，那么激发态波函数就不是归一化的。
请So
A:
当前情况alpha和beta轨道计算结果一样，所以只给出了alpha部分系数，你算跃迁属性时还得把beta部分算进去（和alpha一样）
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2016.03.14 19:08:48
Q:
老师：您好！根据昨天老师提到的问题：[图片]想请问一下，这个公式的变形是否可以求能量密度呢？变形公式为：E/V，谢谢！
A:
可以
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2016.03.14 19:08:48
Q:
[图片] sob 老师 wfn 在处理deformation property 的时候不能计算原子系数36以上的吗多谢
A:
不是原子系数，是原子序号。只是Multiwfn自己没法调用高斯产生原子序号>36的原子波函数文件，自己提供就完了，此文后几节有详述
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.03.14 19:08:48
Q:
请教一个问题啊，就是构型优化和电子结构计算是一回事么？
A:
不是一回事，电子结构计算这个词很含糊，没有具体指代。PS：如群规所示，字号请勿超过12号
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2016.03.14 19:09:17
Q:
老师，关于NCI，文献中提到可以用来区分共价键和非共价键，但是看到基本都是使用NCI分析非共价键。想问一下老师使用NCI如何区分共价键和非共价键
A:
不建议用RDG，用ELF合适得多
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2016.03.14 19:11:43
Q:
SAPT哪位用过，这个软件算200多原子的体系怎么样快吗
A:
对200多原子做SAPT基本没戏
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2016.03.14 19:11:43
Q:
请教，如何使用multiwfn软件修改等值面，就是将默认的0.001a.u.改为0.002a.u.?
A:
画等值面的GUI右侧就有输入isovalue的框，输入完了回车
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2016.03.15 09:57:59
Q:
我在gaussian计算过渡态的时候遇到了这样的问题：运算正常结束，并没有出现error l 19999之类的，但是一个虚频都没有，其中四个收敛标准只有前两个是yes。这个要怎么解决呢？谢谢啦！
A:
不用解决
Q:
但是，这个不是过渡态啊？
A:
当然不是
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