计算化学公社

标题: 疑似使用了 Multiwfn 而没有引用的论文（JACS） [打印本页]

作者
Author: 乐平 时间: 2022-3-25 15:23
标题: 疑似使用了 Multiwfn 而没有引用的论文（JACS）
本帖最后由乐平于 2022-3-25 09:25 编辑

最近看到一篇 JACS，其中的计算部分疑似使用了 Multiwfn，但是正文和 SI 中均没有引用 Sob 老师的论文 T. Lu, F. Chen,Multiwfn: a multifunctional wavefunction analyzer, J. Comput. Chem., 33 (5) (2012), pp. 580-592

JACS 的链接是 https://pubs.acs.org/doi/10.1021 ... 1ec8c5b1077c388b6c9

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麻烦 Sob 老师鉴别一下

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-25 15:35
没法下定论，我只能说图3用Multiwfn能做出来一模一样的图，按照下文操作，在主功能4后处理菜单中把着色方式改成BWR，把等值线显示出来，就能得到那样的图
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://sobereva.com/216

作者
Author: 乐平 时间: 2022-3-25 15:45

sobereva 发表于 2022-3-25 09:35
没法下定论，我只能说图3用Multiwfn能做出来一模一样的图，按照下文操作，在主功能4后处理菜单中把着色方式 ...

嗯…… 也只能是疑似了

另外，对于 PDI 这类的共轭体系，是不是 B3LYP 泛函不太合适，用 M06-2X 或者 wB97XD 会更好一些呢（按照 http://sobereva.com/557 里提到的）？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-25 16:01

乐平发表于 2022-3-25 15:45
嗯…… 也只能是疑似了

另外，对于 PDI 这类的共轭体系，是不是 B3LYP 泛函不太合适，用 M06-2X 或者 ...

这种程度的共轭用B3LYP没问题

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-3-25 19:02
惊现裴成环

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-26 13:26
顺带一提，今天发现下文应该是用了Multiwfn绘制的RDG图，但是居然没提，而引用的竟然是molclus网页，可molclus在文中也没明确提
Xin Song, Kai Zhang, Renjun Guo, et al., Process-aid solid engineering triggers delicately modulation of Y-series non-fullerene acceptor for efficient organic solar cells, Adv. Mater. (2022) https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/adma.202200907
胡引瞎引的问题在国人的文章里太严重了！尤其是实验为主的人的涉及计算的文章！

作者
Author: 乐平 时间: 2022-3-26 16:17
本帖最后由乐平于 2022-3-26 10:27 编辑

惊了！这篇 JACS （链接 https://pubs.acs.org/doi/10.1021 ... 1ec8c5b1077c388b6c9）里的几何优化结果居然都错了！

我把 SI 中第 S20 页至 S26 页的所谓 “优化后的结构” 在相同的计算水平下重复计算（文献报道的计算水平是 B3LYP/6-311G(d,p) ），发现文献里的 B2N2-PDI 的结构全错了。

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下面我把文献的结构和我优化的结构进行对比，左侧是从文献 SI 里给的坐标呈现的结构，右侧是我用 SI 的坐标按相同计算水平进行优化得到的结构。

对比1： B2N2-PDI-ME
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对比2： B2N2-PDI-CH
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对比3： B2N2-PDI-DIPP
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可以看到，文献 SI 中的结构 B2N2-PDI 主体是平面或接近平面的（左图），但是在相同计算水平 B3LYP/6-311G(d,p) 优化下，得到的却是略带扭转的结构（右图）。

真不知道作者是粗心大意把结构的坐标贴错了？还是根本乱算的……

审稿人也没有仔细检查一下，哪怕用一个结构重复算一算，几个小时的事情。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-26 16:24
或许这就是一场赌局。作者赌没人真的会去认真看，作者赢了，但也输了。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-3-26 16:41

牧生发表于 2022-3-26 16:24
或许这就是一场赌局。作者赌没人真的会去认真看，作者赢了，但也输了。

这是Jieyu Wang和裴成环的文章，他们经常每发一篇就会出现在各大公众号上，肯定会有不少人看的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-26 16:45

乐平发表于 2022-3-26 16:17
惊了！这篇 JACS （链接 https://pubs.acs.org/doi/10.1021 ... 1ec8c5b1077c388b6c9）里的几何优化结果 ...

这可得comment一下。如果不是故意的，或者不小心搞错了数据，那就是不知道优化完了要做振动分析的重要性。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-3-26 16:48

sobereva 发表于 2022-3-26 16:45
这可得comment一下。如果不是故意的，或者不小心搞错了数据，那就是不知道优化完了要做振动分析的重要性 ...

我刚刚给裴老师发微信了（这些作者里面只有他的联系方式…），等等他的回复

作者
Author: granvia 时间: 2022-3-26 20:45

sobereva 发表于 2022-3-26 16:45
这可得comment一下。如果不是故意的，或者不小心搞错了数据，那就是不知道优化完了要做振动分析的重要性 ...

如果这种几何构型的偏差不影响文章的基本结论，也没必要comment了

作者
Author: 小曾同学 时间: 2022-3-26 21:53

乐平发表于 2022-3-26 16:17
惊了！这篇 JACS （链接 https://pubs.acs.org/doi/10.1021 ... 1ec8c5b1077c388b6c9）里的几何优化结果 ...

你这个结论下的太早了，如果作者是提取的晶体结构，固定碳骨架进行优化，那就是平的了。

作者
Author: 乐平 时间: 2022-3-26 22:12

小曾同学发表于 2022-3-26 15:53
你这个结论下的太早了，如果作者是提取的晶体结构，固定碳骨架进行优化，那就是平的了。

也许吧，不过文章里关于计算细节的描述只有 SI 里（第 S18 页）的两句话，没有提到固定碳骨架优化。

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作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-3-26 22:17

乐平发表于 2022-3-26 22:12
也许吧，不过文章里关于计算细节的描述只有 SI 里（第 S18 页）的两句话，没有提到固定碳骨架优化。

...

作者说是根据晶体结构数据固定骨架优化的

作者
Author: corei70715 时间: 2022-3-27 14:38
本帖最后由 corei70715 于 2022-3-27 15:18 编辑

感谢论坛上各位老师同学对我们工作的关注和讨论，我是本论文的作者之一。我和本文全体作者进行了沟通，并代表本文全体作者在此回复（以下回复征求了所有作者的意见，并署名课题组PI裴坚老师）：
1. 这篇文章里的结构优化是在晶体结构的基础上进行的，而非直接进行优化。所以会出现文章的优化结果与楼主直接优化结果不符的情况。晶体结构是通过各个分子的X射线单晶衍射得到的。具体来说，我们将晶体结构的骨架（除H之外的原子）固定后使用了B3LYP/6-311G(d,p)进行优化。对于没有晶体结构的B2N2-PDI-Me，我们采用了受π-π作用影响最小的B2N2-PDI-DIPP分子的骨架，并将侧链替换为甲基后使用B3LYP/6-311G(d,p)进行优化。所以并不存在几何优化结果是错误的情况，也不影响对计算结果的分析。通常在小分子有机半导体已经具有晶体结构的情况下使用晶体结构骨架进行优化的情况是合理的。一来节约计算资源，二来晶体结构中的分子结构也更贴近实际应用的情景。我们在SI中对计算过程的说明过于简单，未进行详细说明是我们的工作失误。
2. 我们确认Figure3ef的计算和绘制中使用了Multiwfn，未对Multiwfn原文进行正确引用是我们的疏忽，给Multiwfn的创作人员带来了困扰，我们深感抱歉。对Multiwfn的创作人员致歉，我们将在未来工作正确地引用Multiwfn。同时，在我们组以往的工作中，我们多次使用并引用了Multiwfn，如Chem. Asian J. 2019, 14, 1686 –1691; J. Am. Chem. Soc. 2020, 142, 15340−15348等。我们在本论坛也学到了很多知识。我们在今后的工作中一定严谨遵守科学规范，感谢大家批评指正。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-27 20:20

corei70715 发表于 2022-3-27 07:38
感谢论坛上各位老师同学对我们工作的关注和讨论，我是本论文的作者之一。我和本文全体作者进行了沟通，并代 ...

请问你们优化完之后有没有做频率分析、检查虚频数目？固然以晶体结构为初始结构来做优化是合理的，也是常见做法，但是即便以晶体结构为初始结构，最后仍然要检查虚频，否则就可能出现这种情况，别人拿你们已经优化过的结构再做一次优化，刚好把你们的虚频消掉了，所以优化到了另一个结构。

作者
Author: corei70715 时间: 2022-3-28 00:15

wzkchem5 发表于 2022-3-27 20:20
请问你们优化完之后有没有做频率分析、检查虚频数目？固然以晶体结构为初始结构来做优化是合理的，也是常 ...

我们做了频率分析，并没有刻意去消除虚频。因为用的是晶体中的分子结构，只优化了H原子的位置，其它原子都取自晶体结构，通常都有虚频，并不是单个分子的能量极小点。您说的是初始结构取自晶体，所有原子都进行优化，理应优化到能量极小点。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-28 03:09

corei70715 发表于 2022-3-27 17:15
我们做了频率分析，并没有刻意去消除虚频。因为用的是晶体中的分子结构，只优化了H原子的位置，其它原子 ...

哦，那就没问题了。抱歉之前我看漏了，没看到你说你固定了晶体结构的骨架

作者
Author: corei70715 时间: 2022-3-28 03:33

wzkchem5 发表于 2022-3-28 03:09
哦，那就没问题了。抱歉之前我看漏了，没看到你说你固定了晶体结构的骨架

感谢讨论和指正！

作者
Author: 乐平 时间: 2022-3-28 09:45

corei70715 发表于 2022-3-27 08:38
感谢论坛上各位老师同学对我们工作的关注和讨论，我是本论文的作者之一。我和本文全体作者进行了沟通，并代 ...

谢谢您的回应，解答了我的疑惑。

作者
Author: corei70715 时间: 2022-3-28 12:28

乐平发表于 2022-3-28 09:45
谢谢您的回应，解答了我的疑惑。

谢谢您的批评指正！

作者
Author: beyond 时间: 2022-3-28 19:56
本帖最后由 beyond 于 2022-3-28 19:58 编辑

乐平发表于 2022-3-26 16:17
惊了！这篇 JACS （链接 https://pubs.acs.org/doi/10.1021 ... 1ec8c5b1077c388b6c9）里的几何优化结果 ...

我也发现一篇，结构全是乱的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-28 23:18

beyond 发表于 2022-3-28 12:56
我也发现一篇，结构全是乱的

看起来像是整理SI的时候原子坐标少贴了一位数字，不像是计算环节的问题

作者
Author: beyond 时间: 2022-3-29 21:39

wzkchem5 发表于 2022-3-28 23:18
看起来像是整理SI的时候原子坐标少贴了一位数字，不像是计算环节的问题

具体就不清楚了，找作者要结构，也没有回复我。。。

作者
Author: swordshine 时间: 2022-4-1 10:53

作者
Author: Michem_ai 时间: 2022-4-16 20:56
裴神的文章呀

作者
Author: suiyuan 时间: 2022-5-1 11:07

sobereva 发表于 2022-3-25 15:35
没法下定论，我只能说图3用Multiwfn能做出来一模一样的图，按照下文操作，在主功能4后处理菜单中把着色方式 ...

好奇如果确认了某篇文章使用了Multiwfn但文章又没有任何的引用，卢老师您会禁止对方以后再用Multiwfn发文章吗

作者
Author: ymeng 时间: 2022-5-1 11:35
国内的大神级别都这样，就更别提其他人了。很多国外小组连作图用vesta都会引用，国内我几乎没看到过。。。其实引用一下，一分钟的事情，真是让人一言难尽啊

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-1 14:34

suiyuan 发表于 2022-5-1 11:07
好奇如果确认了某篇文章使用了Multiwfn但文章又没有任何的引用，卢老师您会禁止对方以后再用Multiwfn发文 ...

看心情

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-1 14:39

ymeng 发表于 2022-5-1 11:35
国内的大神级别都这样，就更别提其他人了。很多国外小组连作图用vesta都会引用，国内我几乎没看到过。。。 ...

发达国家的研究者对引用普遍都很重视
说来，之前有个日本的Multiwfn用户，他偶然发现N多年前他发的一篇文章里没拼对Multiwfn程序名（文中对Multiwfn原文的引用并没错），就这么微不足道的小事，他竟然还特意在Multiwfn英文论坛上发个帖子向我致歉，令我感叹他的素质和严谨程度真是太高了。

作者
Author: 88166953 时间: 2022-5-6 01:51
在下载Multiwfn时就多次置顶提示了要引用。真不知道那些不引用的人咋想的，不就是多了一篇参考文献么？

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