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标题: 求助：小体系跑NPT系综的AIMD判断是否平衡拿捏不准 [打印本页]

作者
Author: 时光故事去学习 时间: 2022-3-26 08:01
标题: 求助：小体系跑NPT系综的AIMD判断是否平衡拿捏不准
老师、同学们大家好！
尝试用cp2k做AIMD有些问题向大家求助：
1、如果希望跑NPT系综的AIMD，模型的分子数一定要较大才可行吗？一般多大比较合适？
2、我也尝试做了一个NPT系综的模拟，100个N2分子。在判断体系是否平衡的时候拿捏不准。附图中是体系的压力、温度以及盒子体积，似乎一直存在波动，平衡得不太理想。请问这种波动幅度是否能接受？
3、我琢磨了一下，一方面可能是我MD Section的TIMECON参数不够合理？这两个参数我取得没有依据，请问是否有建议值或者是否需要测试、尝试？另一方面可能是我设置的MD温度太低。我理想化地采用了液氮的常压沸点77K，但似乎为了更快平衡，连常温的模拟都会人为地提高些温度，我在低温下模拟的轨迹导入VMD后发现N2分子动作很缓慢，请问我这样用很低的温度模拟是否不合理？

附MD Section：
&MD
ENSEMBLE NPT_I
STEPS 5000
TIMESTEP 1.0
TEMPERATURE 77
&THERMOSTAT
   TYPE CSVR
   &CSVR
      TIMECON 10
   &END CSVR
&END THERMOSTAT
&BAROSTAT
   PRESSURE 1.01325
   VIRIAL XYZ
   TIMECON 50
&END BAROSTAT
&END MD

谢谢老师和同学们的帮助！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-26 14:28
1 说清楚具体体系

2 看下文的讨论
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

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