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标题: 请问为什么用MS的build polymers功能创建的分子导入sobtop后会出现参数丢失的问题 [打印本页]

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Author: 高处裹棉被 时间: 2022-3-26 10:09
标题: 请问为什么用MS的build polymers功能创建的分子导入sobtop后会出现参数丢失的问题
各位老师好，我用MS的Build Polymers>Homopolymer>esters，ethylene_terepthalate创建了1个单元的PET并将末端氢手动换成羟基，随后导出成mol2文件并导入sobtop中，

在sobtop用GAFF力场简单生成拓扑文件后发现部分二面角参数丢失的情况，

对此我又在MS中手动画了一个对苯二甲酸乙二醇酯分子，再次导出mol2文件并导入sobtop中输出itp文件，结果参数一切正常，

两者对比后我发现用buld polymers功能画出来的分子输出的itp文件里，在atomstype里莫名多了一栏UF_O导致，想请问这是什么原因导致的？

以下文件中pet1为手动在MS绘制，1PET为build polymer功能创建，

谢谢各位老师

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-26 10:45
本帖最后由牧生于 2022-3-26 10:51 编辑

M$画聚合物，确实是我目前所用过的最方便快捷的工具，但它只能适应自家软件，自己识别自己画的聚合物，不会有错。

如果导为pdb或其他格式，用别的软件如VMD，或者gv来识别就不行了，极大概率会因为某些原子靠的太近而认为成键了，即使去优化结构，也可能会因为初始结构不合理，导致结果不一定正确。

比如http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html，第五楼。

自我认为可行的解决办法：手动把原子拖远一点，确保它们不会成键，但也不能太远。。对于聚合物，原子数太多，手动去操作，非常麻烦还容易搞错，我自己暂时也没太好的解决办法

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2022-3-26 11:01
本帖最后由高处裹棉被于 2022-3-26 11:17 编辑

牧生发表于 2022-3-26 10:45
M$画聚合物，确实是我目前所用过的最方便快捷的工具，但它只能适应自家软件，自己识别自己画的聚合物，不会 ...

感谢老师回答，这次我手动画了一个PET分子并把原子之间距离调整，

然后用repeat unit定义头尾原子后画了2个重复单元，再将其输出mol2文件导入sobtop中，

这次的itp文件出来没有参数丢失问题，随后用该功能build了50个重复单元也没问题。
另外我想问老师，在sobtop中的Hint：如何给聚合物算RESP电荷中为什么强调要用平直的寡聚物构象？构象不同算出来RESP电荷会不一样吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-26 11:12

高处裹棉被发表于 2022-3-26 11:01
感谢老师回答，这次我手动画了一个PET分子并把原子之间距离调整，

然后用repeat unit定义头尾原子后画 ...

算RESP电荷中为什么强调要用平直的寡聚物构象，还是相同的原因，避免柔性弯曲的聚合物中某些原子距离太近而被认为不合理的成键。优化后，结构就合理了。反复多读几遍，就能理解了。

正确得到聚合物RESP电荷的做法是构造一个寡聚物（至少三个单元，五个更好，一般没必要更多），两边进行饱和，并且要用平直的构象。用DFT做几何优化，用得到的波函数文件基于Multiwfn算RESP电荷。

复制代码

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2022-3-26 15:05

牧生发表于 2022-3-26 10:45
M$画聚合物，确实是我目前所用过的最方便快捷的工具，但它只能适应自家软件，自己识别自己画的聚合物，不会 ...

我瞎逼逼一下啊。用MS建模后，再用forcite跑个优化，然后再导出结构看看

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