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标题: 求助：使用autodock进行分子对接后对小分子加氢出错 [打印本页]

作者
Author: wangdafeixh 时间: 2022-3-26 11:03
标题: 求助：使用autodock进行分子对接后对小分子加氢出错
使用autodock vina进行分子对接，下载的小分子结构不带电，框中的氮原子只带一个氢原子，如下图所示：
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但是在对接后，因为要做分子动力学模拟，对小分子加氢，框中的氮原子就有带有两个氢原子，小分子也带一个正电荷了
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拜托各位老师帮我看看这是什么问题，十分感谢！

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-26 11:25
确保要或者不要那个氢原子，手动删除就可以了。

分子的整体电荷是获取itp文件时，手动指定的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-26 14:34
本来就是正常情况，N上被质子化了

作者
Author: liuaohua 时间: 2024-4-3 23:10
楼主您好，我也遇到了此类情况，请问您是加全氢后又把氢原子直接删了吗，是如何处理的呀？

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