计算化学公社

标题: Sobtop 1.0 (dev3)发布！ [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-26 17:47
标题: Sobtop 1.0 (dev3)发布！
产生GROMACS拓扑文件的程序Sobtop的1.0的第3个开发版发布，相较之前1.0 (dev2)版的主要变化如下。新版本已可以在http://sobereva.com/soft/Sobtop/下载。

支持了基于CP2K振动分析对周期性体系计算力常数（用fch/hess文件的地方现在可以用CP2K的freq的输出文件）
拓扑文件产生完之后会在屏幕上提示哪些bonded项是猜的或基于Hessian产生的，这个信息对于自己往bonded_param.dat里补参数非常有用
对于产生itp过程中自动基于Hessian产生的bonded项的参数，会自动在当前目录下生成FFderiv.txt，里面记录了每种类型项计算的次数和参数的最小值、最大值、平均值，便于自己往bonded_param.dat补充参数
用pdb作为输入文件的时候可以在bondcrit.dat里自定义各种元素判断成键的下限和上限，格式看里面的注释
itp里的原子名直接现在从输入的mol2/pdb里沿用过来，而不再自动生成
选项7里加入了把当前原子电荷导出成chg文件、手动设置原子电荷的功能
其它零七八碎的（想不起来了）

对主页进行了很多更新，特别是加入了以下两个例子
例10：产生金属有机框架化合物MOF-5的拓扑文件
例11：产生FeCl2二维材料的拓扑文件
还加入了
FAQ 8：为什么我基于Sobtop产生的拓扑文件，在动力学模拟过程中GROMACS报错/崩溃？

作者
Author: zsu007 时间: 2022-3-26 20:41
社长威武

作者
Author: tjuptz 时间: 2022-3-26 21:51
离正式发布又近一步！

作者
Author: tjuptz 时间: 2024-6-24 00:27
本帖最后由 tjuptz 于 2024-6-24 00:53 编辑

请问社长，可否在bondcrit.dat里对某个A 元素和所有元素的下限都设置一个大的数值（当然上限更大一点）从而令它不成任何键，排除sobtop根据半径猜测可能成键？
或者，社长可否考虑在sobtop.ini或bondcrit.dat里加入对特定元素避免自动猜成键的关键词？这对于如带离子的晶体材料体系比较有用

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-24 01:15

tjuptz 发表于 2024-6-24 00:27
请问社长，可否在bondcrit.dat里对某个A 元素和所有元素的下限都设置一个大的数值（当然上限更大一点）从 ...

可以这么设

作者
Author: tjuptz 时间: 2024-6-24 06:45
本帖最后由 tjuptz 于 2024-6-25 14:11 编辑

sobereva 发表于 2024-6-24 01:15
可以这么设

谢谢社长，我又想到其实设定很小的上限以及下限，甚至相等的0值应该也行
注：测试了上下限用0.0 0.0可以也很方便

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