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标题: CP2K跑AIMD后轨迹处理求助 [打印本页]

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-26 18:00
标题: CP2K跑AIMD后轨迹处理求助
cp2k跑AIMD之后的轨迹文件，除了处理常见的RDF，MSD和氢键之外，想要从上万行数据中抓取有效信息，统计其他数据，用python处理的话，需要学习哪些库函数呢？主要是不会删选提取关键数据，numpy，pandas，matplotlib这些库使用过；或者用哪些其他的语言来实现。纯MD小白，希望大家指导一个学习的方向，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-26 18:22
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“AIMD结果处理”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-26 18:24
说清楚你要提取什么数据

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-26 18:46

sobereva 发表于 2022-3-26 18:24
说清楚你要提取什么数据

好的，老师，主要是提取原子坐标和能量。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-26 22:24

予拥12138 发表于 2022-3-26 18:46
好的，老师，主要是提取原子坐标和能量。

轨迹的坐标在xyz文件里，格式非常简单，会编程而不会提取才奇怪
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

能量根本用不着Python，直接用Linux下的grep命令提取带有特定字符串的行就完了，简单至极，这属于shell脚本就能轻松实现的事。
一些shell脚本编写常识看下文
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: 予拥12138 时间: 2022-3-27 08:39

sobereva 发表于 2022-3-26 22:24
轨迹的坐标在xyz文件里，格式非常简单，会编程而不会提取才奇怪
谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http:/ ...

好的谢谢老师，我去学习学习

作者
Author: joke122 时间: 2023-4-3 20:53

sobereva 发表于 2022-3-26 18:24
说清楚你要提取什么数据

老师，如果想要分析产物演化，该如何提取

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-4 05:51

joke122 发表于 2023-4-3 20:53
老师，如果想要分析产物演化，该如何提取

VMD里写脚本，根据片段特征、连接关系判断有什么产物
如果复杂情况，可以借助一些专门的程序，如https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/

作者
Author: chen0201 时间: 2023-4-18 16:29
请问楼主，氢键是怎么处理的呢？可以分享下脚本吗？

作者
Author: goldNAN 时间: 2023-4-20 20:48
mdanalysis

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