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标题: 求助castep计算半水石膏表面吸附乙二酸离子，优化后离子结构变形严重问题 [打印本页]

作者
Author: f785386356 时间: 2022-3-26 21:47
标题: 求助castep计算半水石膏表面吸附乙二酸离子，优化后离子结构变形严重问题
各位老师好，采用MS2018中castep模块计算乙二酸离子在半水石膏表面的吸附，分别对构建的半水石膏表面和乙二酸进行了优化后，再将二者组合形成了需要优化的吸附体系。
吸附优化完成后乙二酸离子结构变形严重，C-C键拉长。想请教一下各位老师是哪里出现了问题？

计算参数设置如下：
task : GeometryOptimization
comment : CASTEP calculation from Materials Studio
xc_functional : PBESOL
spin_polarized : false
opt_strategy : Default
page_wvfns :       0
cut_off_energy :    450.000000000000000
grid_scale :       2.000000000000000
fine_grid_scale :       3.000000000000000
finite_basis_corr :       0
elec_energy_tol : 5.000000000000000e-007
max_scf_cycles :    1000
fix_occupancy : false
metals_method : dm
mixing_scheme : Pulay
mix_charge_amp :       0.500000000000000
mix_charge_gmax :       1.500000000000000
mix_history_length :    20
nextra_bands :    85
smearing_width :       0.200000000000000
num_dump_cycles : 0
geom_energy_tol : 2.000000000000000e-005
geom_force_tol :       0.050000000000000
geom_stress_tol :       0.100000000000000
geom_disp_tol :       0.002000000000000
geom_max_iter :    999
geom_method : BFGS
fixed_npw : false
calculate_ELF : false
calculate_stress : false
popn_calculate : true
calculate_hirshfeld : true
calculate_densdiff : false
popn_bond_cutoff :       3.000000000000000
pdos_calculate_weights : true

优化前结构：
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

优化后结构：
(, 下载次数 Times of downloads: 26)

优化曲线如图：
(, 下载次数 Times of downloads: 26)
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: f785386356 时间: 2022-3-31 22:52
请问有没有老师可以帮忙解答下，如果有其他未提到的关键细节我可以再补充，感激不尽！

作者
Author: hdmd 时间: 2022-3-31 23:22
Na离子离乙二酸根太远了，两个羧基都带负电肯定是这样的，而且这个帖子应该放到第一性里面

作者
Author: f785386356 时间: 2022-4-1 10:16

hdmd 发表于 2022-3-31 23:22
Na离子离乙二酸根太远了，两个羧基都带负电肯定是这样的，而且这个帖子应该放到第一性里面

哇，谢谢老师解答，我修改下钠离子的位置再试试，关于帖子分类我下次一定注意，再次感谢！

作者
Author: f785386356 时间: 2022-4-1 22:36

hdmd 发表于 2022-3-31 23:22
Na离子离乙二酸根太远了，两个羧基都带负电肯定是这样的，而且这个帖子应该放到第一性里面

您好老师，我按您的方法把Na离子的位置下调后，在未改变其他参数的条件下又进行了计算，计算结果如下图，还是出现了结构变形严重的情况，请问是我调的位置不对，还是可能是其他原因，麻烦您解答下

作者
Author: f785386356 时间: 2022-4-1 22:37
调整Na离子位置后优化结果如图 (, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-2 00:41

f785386356 发表于 2022-4-1 15:37
调整Na离子位置后优化结果如图

检查总电荷有没有设对，如果体系电子数比实际应该有的电子数少2个，那草酸根就自动变成两个二氧化碳了，也就导致了你看到的这种变形

作者
Author: f785386356 时间: 2022-4-2 08:41

wzkchem5 发表于 2022-4-2 00:41
检查总电荷有没有设对，如果体系电子数比实际应该有的电子数少2个，那草酸根就自动变成两个二氧化碳了， ...

好嘞，谢谢老师，我检查下总电荷是否为0

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