计算化学公社

标题: 重组能计算遇到的问题 [打印本页]
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Author: 静静子    时间: 2022-3-27 16:27
标题: 重组能计算遇到的问题
各位老师好，近期在用dushin计算重组能时，遇到如下问题：（1）刚开始dushin无法读取g16数据，后来改用g09计算频率，这次修改后可以读取数据，但计算突然中止了；我按照sob老师的帖子数据计算都能正常结束，不知是否是分子体系较大的缘故，麻烦老师们帮忙看一下；（2）此外，还有个问题想要请教大家，之前看到有帖子里说dushin是用来分解重组能的，也就是说看不同振动频率下的对重组能的贡献度，想知道计算结束后总的体系重组能是否有什么参考意义？感谢老师们的解答~
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Author: wzkchem5    时间: 2022-3-27 19:39
上传完整输入输出文件（如果stderr有输出的话，一并上传），这个图的信息量不足以唯一确定问题所在
作者
Author: 静静子    时间: 2022-3-27 20:51
链接：https://pan.baidu.com/s/1nWRu6gyqJGP9E57RYMGdXQ
提取码：t78p
老师，不好意思，因数据内存较大，已上传至百度网盘， 包括输入及输出文件
作者
Author: 让你变成回忆    时间: 2022-3-28 09:05
wzkchem5 发表于 2022-3-27 19:39
上传完整输入输出文件（如果stderr有输出的话，一并上传），这个图的信息量不足以唯一确定问题所在

ORCA的ESD (Excited State Dynamics)模块应该也是可以做重组能的分解的吧？ORCA可以算荧光和磷光的无辐射衰减速率，应该就需要做这么一个重组能的分解？大佬可以普及一下，要是ORCA能做，就完全能够告别DUSHIN了。我倒是知道另外一个软件可以对GAUSSIAN的freq文件做重组能分解，可惜是收费中巨坑的那个MMP。
作者
Author: Kalinite    时间: 2022-3-28 09:13
本帖最后由 Kalinite 于 2022-3-28 09:29 编辑

其实Gaussian本身就可以输出shift vector，几乎没什么耗时。对于G16 C.01：
  1. %oldchk=final.chk
  2. #p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)

  4. initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
  5. print=matrix=(huangrhys,JK)

  7. initial.chk
  8. final.chk
复制代码
然后自己写个脚本提取一下force constant和shift vector计算一下就可以了。多数情况这个任务会报错（比如low progression after class n之类），因为Gaussian会试图计算振动耦合的光谱，只想要这些数据不想要光谱的时候不管就行了。

注：
1. huangrhys/J/K分别控制输出Huang-Rhys因子、Duschinsky矩阵和shift vector；
2. spectroscopy默认是onephotonabsorption，根据实际来；
3. 没有跃迁偶极的情况，应该写freq(readfc,fc,readfcht)，不过即使写fcht也不会影响输出huangrhys和JK；
4. initial.chk和final.chk分别是初态和末态的chk，需要包含振动信息，用做freq的chk即可；
5. 一般是基于末态结构分解重组能（？），所以oldchk写final.chk。
作者
Author: sobereva    时间: 2022-3-28 10:46
本论坛里有人传了较新的dushin版本，搜论坛，看较新版本能不能直接用
原则上和体系大小无关。可能是版本兼容性问题。

没什么特别的意义。总的重组能直接用标准方法就能算出来，没必要用dushin给出的。但把各个模式的重组能加和和标准方法算出来的重组能对比，在一定程度上倒是能考察dushin做分解给出的准确度。
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-3-28 16:16
让你变成回忆 发表于 2022-3-28 02:05
ORCA的ESD (Excited State Dynamics)模块应该也是可以做重组能的分解的吧？ORCA可以算荧光和磷光的无辐射 ...

对，但是有可能没办法把重组能分解的中间结果输出来。可以考虑去orca论坛的feature request版面提一下，我觉得这个在已有代码框架的基础上不难做
作者
Author: 静静子    时间: 2022-3-28 21:20
sobereva 发表于 2022-3-28 10:46
本论坛里有人传了较新的dushin版本，搜论坛，看较新版本能不能直接用
原则上和体系大小无关。可能是版本兼 ...

好的老师，我去查看一下
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Author: Platan_cc    时间: 2023-3-11 10:14
Kalinite 发表于 2022-3-28 09:13
其实Gaussian本身就可以输出shift vector，几乎没什么耗时。对于G16 C.01：然后自己写个脚本提取一下force  ...

老师您好，按照上述方法计算黄里斯因子，遇到了问题如下
请问有解决方法么？
  1.      ==================================================
  2.             Parameters for vibronic calculations
  3.      ==================================================


  6. Using the following non-standard input for vibronic spectroscopy:
  7. initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
  8. print=matrix=(huangrhys)
  9. Unrecognized value for Spectra: (
  10. Error termination via Lnk1e in /software/g16/l718.exe at Sat Mar 11 10:03:41 2023.
  11. Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 10.6 seconds.
  12. Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.4 seconds.
  13. File lengths (MBytes):  RWF=     21 Int=      0 D2E=      0 Chk=    167 Scr=      1
复制代码
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Author: 任嘉人amber    时间: 2023-4-2 20:58
Kalinite 发表于 2022-3-28 09:13
其实Gaussian本身就可以输出shift vector，几乎没什么耗时。对于G16 C.01：然后自己写个脚本提取一下force  ...

老师，您好，我用S0和S1min去做黄昆因子的时候，是可以正常输出的，但是我换成T1min结构，按照您说的，将freq(readfc,fcht,readfcht)改为 freq(readfc,fc,readfcht)还是会报错，报错内容如下，我该如何解决呢，谢谢老师，因为我用dushin，连S1和S0的黄昆因子都得不到，谢谢各位老师了




Wr Pntr         42278       1973077         40478
Rd Pntr         42278       1973077         40478
Length        1289999        640000           200
Int.Num             7             8             9
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-40997 Len=          20 IPos=           0 Q=  140733465179008
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
作者
Author: Kalinite    时间: 2023-4-2 22:29
本帖最后由 Kalinite 于 2023-4-2 22:31 编辑
Platan_cc 发表于 2023-3-11 10:14
老师您好，按照上述方法计算黄里斯因子，遇到了问题如下
请问有解决方法么？

Print=(HuangRhys,Matrix=JK)
在脚本的帖子里已经纠正过，这里忘记改了

参考：http://bbs.keinsci.com/thread-28708-1-1.html
作者
Author: Kalinite    时间: 2023-4-2 22:30
任嘉人amber 发表于 2023-4-2 20:58
老师，您好，我用S0和S1min去做黄昆因子的时候，是可以正常输出的，但是我换成T1min结构，按照您说的，将 ...

与.chk文件有关，检查.chk有没有损坏，或.chk文件是否包含了相关信息，尤其是振动模式的信息
作者
Author: hege123    时间: 2024-4-19 15:46
静静子 发表于 2022-3-27 20:51
链接：https://pan.baidu.com/s/1nWRu6gyqJGP9E57RYMGdXQ
提取码：t78p
老师，不好意思，因数据内存较大 ...

请问您后来怎么解决的



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