计算化学公社

标题: 怎么计算不同水分子类型的密度分布函数 [打印本页]

作者
Author: ZHTao 时间: 2022-3-27 16:46
标题: 怎么计算不同水分子类型的密度分布函数
怎么计算这种不同水分子的密度分布

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-27 17:47
gmx density 可以计算某些原子沿某一坐标轴的密度分布，在ndx文件中分别选中不同的水分子即可。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-28 10:38
对于需要时间平均，且水的类型在模拟过程中会动态变化而需要借助实际环境来判断的过程，可以自己写VMD的tcl脚本实现，借助VMD的选择语句判断类型

作者
Author: ZHTao 时间: 2022-3-29 22:47

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-27 17:47
gmx density 可以计算某些原子沿某一坐标轴的密度分布，在ndx文件中分别选中不同的水分子即可。

谢谢，但这样水分子类型只有一种

作者
Author: ZHTao 时间: 2022-3-29 22:48

sobereva 发表于 2022-3-28 10:38
对于需要时间平均，且水的类型在模拟过程中会动态变化而需要借助实际环境来判断的过程，可以自己写VMD的tcl ...

谢谢老师，但这个VMd的TCl不是很懂

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 01:26

ZHTao 发表于 2022-3-29 22:48
谢谢老师，但这个VMd的TCl不是很懂

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