计算化学公社

标题: 求助请问Dmol3模块中进行过渡态的搜索，过渡态频率全为正值，请问大家怎么办 [打印本页]

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-28 09:15
标题: 求助请问Dmol3模块中进行过渡态的搜索，过渡态频率全为正值，请问大家怎么办
请问我在Materials studio中的Dmol3模块中进行过渡态的搜索，但是搜索的过渡态频率全为正值无虚频，请问大家这个怎么解决

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-3-28 17:43
可能是LST/QST过程太宽松，或者路径索性就是猜错的（例如根本就不是基元反应），可以从这两个点下手试试。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-28 19:17

卡开发发发表于 2022-3-28 17:43
可能是LST/QST过程太宽松，或者路径索性就是猜错的（例如根本就不是基元反应），可以从这两个点下手试试。

感谢请问LST/QST过程太宽松是什么意思是参数设置的精度太低的意思吗

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-28 19:39

卡开发发发表于 2022-3-28 17:43
可能是LST/QST过程太宽松，或者路径索性就是猜错的（例如根本就不是基元反应），可以从这两个点下手试试。

还有一个问题想请教您，我在算的另一个反应他有俩个反应物分子两个产物分子，请问两个反应物分子之间距离设置多少合适呢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-3-28 19:52

南晓发表于 2022-3-28 19:17
感谢请问LST/QST过程太宽松是什么意思是参数设置的精度太低的意思吗

感谢请问LST/QST过程太宽松是什么意思是参数设置的精度太低的意思吗

对。

我在算的另一个反应他有俩个反应物分子两个产物分子，请问两个反应物分子之间距离设置多少合适呢

这问题不好说，得看具体反应也比较看化学基础和直觉，计算并不是把两个分子摆一块程序就一定能给出一个合理结果的。

作者
Author: 南晓 时间: 2022-3-28 20:37

卡开发发发表于 2022-3-28 19:52
对。

这问题不好说，得看具体反应也比较看化学基础和直觉，计算并不是把两个分子摆一块程序就一定能 ...

好的十分感谢我再去研究研究

作者
Author: Hsuolin 时间: 2022-6-24 12:25

卡开发发发表于 2022-3-28 19:52
对。

这问题不好说，得看具体反应也比较看化学基础和直觉，计算并不是把两个分子摆一块程序就一定能 ...

老师你好，我想请问一下，TSsearch搜索出来的过渡态是我想要的，木质素上一个H原子供给CH3形成甲烷。但是对过渡态进行优化后，原子振动方向就从甲烷上供给到木质素上了。这种优化后的过渡态，原子振动方向相反有影响吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-24 14:12
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-6-24 14:17 编辑

Hsuolin 发表于 2022-6-24 12:25
老师你好，我想请问一下，TSsearch搜索出来的过渡态是我想要的，木质素上一个H原子供给CH3形成甲烷。但是 ...

“木质素上一个H原子供给CH3形成甲烷”与“从甲烷上供给到木质素上”对应的是同一个过渡态（客观事实），只要你做IRC验证两端是你要的反应物、产物即可。至于你认为的反应前、后向是主观想法，明天换个叫小明的人研究你的逆反应，他看的角度就跟你相反，但你俩找的是同一个过渡态，过渡态就在那里，怎么看是人的事。同理，IRC forward方向也未必对应你要的反应物。

作者
Author: Hsuolin 时间: 2022-6-24 16:39

zjxitcc 发表于 2022-6-24 14:12
“木质素上一个H原子供给CH3形成甲烷”与“从甲烷上供给到木质素上”对应的是同一个过渡态（客观事实）， ...

好的明白了，非常感谢

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