计算化学公社

标题: gromacs eq过程中的mdrun报错 [打印本页]

作者
Author: qq1020935287 时间: 2022-3-28 10:12
标题: gromacs eq过程中的mdrun报错
各位老师好，我定义了一个盒子，用packmol放了四种有机小分子，在能量极小化之后跑eq时，mdrun会报如下错误：
Fatal error:
There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 21 atoms. The longest distance involved in such interactions is
2.544 nm which is close to half the box length. Either you have excessively
large distances between atoms in bonded interactions or your system is
exploding.

查阅文献和结合以往报这个错误应该说TOP文件和gro文件或者PDB文件中的分子顺序有关，但是这次没找到错误顺序的地方，恳请老师们提出宝贵的意见。gro文件已压缩

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-28 10:58
你尝试一下以下的操作，

用packmol将有机分子放进盒子（不要放水）
用solvate去填充盒子，然后看一下.top文件是不是这样
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
#include "DMSO.itp"
#include "1-NAI.itp"
#include "c6.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"
[ system ]
DMSO+1-NAI+water+c6
[ molecules ]
; Compound       nmols
DMSO  700
1-NAI  160
c6  400
SOL    XXXXX （这个XXXX是水分子数量，不用自己去该，solvate会填充好的）

再进行eq

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-28 11:02
我没时间仔细看，先照着http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ8排查

如果没看出问题，虽然当前报错，但基于em最后的结构跑MD没问题的话，不用管当前error

作者
Author: qq1020935287 时间: 2022-3-28 16:34

牧生发表于 2022-3-28 10:58
你尝试一下以下的操作，

用packmol将有机分子放进盒子（不要放水）

谢谢您，我去尝试一下的

作者
Author: qq1020935287 时间: 2022-3-28 16:47

sobereva 发表于 2022-3-28 11:02
我没时间仔细看，先照着http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ8排查

如果没看出问题，虽然当前报错，但 ...

收到，谢谢社长！

作者
Author: qq1020935287 时间: 2022-3-28 21:49

牧生发表于 2022-3-28 10:58
你尝试一下以下的操作，

用packmol将有机分子放进盒子（不要放水）

非常感谢您的帮助，我已经解决问题！

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