计算化学公社

标题: Sobtop生成ZIF-8多晶胞体系的top文件，提示原子数超出最大 [打印本页]

作者
Author: gaoruichen 时间: 2022-3-28 20:16
标题: Sobtop生成ZIF-8多晶胞体系的top文件，提示原子数超出最大
本帖最后由 gaoruichen 于 2022-3-28 20:20 编辑

各位老师好，我使用Sobtop按照教程中的例10进行ZIF-8生成top等文件的的过程中，可能是我的mol2文件是多晶胞的，包含的原子个数过多，闪退的过程我录象看到了最后的提示：说体系太大需要耐心等待，随后又提示原子个数超出了MAXATOM，最后闪退。因此想请问各位老师，有什么方法可以生成多晶胞、多原子体系的top文件吗？还是说我可以先生成少一点晶胞的top文件，再自己复制粘贴扩成多晶胞的top文件呀

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-28 21:00
你的mol2文件是多帧的，Sobtop不支持多帧mol2文件
只保留一帧，有问题到时候再说
并且说清楚指认原子类型那一步你怎么选的。如果是自动指认GAFF原子类型，改成根据assign_AT.dat里自定义方式指认或其它方式指认。

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2022-3-31 01:06

sobereva 发表于 2022-3-28 21:00
你的mol2文件是多帧的，Sobtop不支持多帧mol2文件
只保留一帧，有问题到时候再说
并且说清楚指认原子类型 ...

社长好，我想请教一下，我把附件里面的ZIF-8.mol2作为sobtop输入文件,一直显示Generating angles and dihedrals according to connectivity...，这个是什么原因呀。我把附件里面的ZIF-8.cif文件放到gview里面打开再保存成mol2格式之后，再用givew把mol2文件打开显示地很乱，会是这个原因么。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 01:10

xjp1127721434 发表于 2022-3-31 01:06
社长好，我想请教一下，我把附件里面的ZIF-8.mol2作为sobtop输入文件,一直显示Generating angles and dih ...

你的mol2文件明显不是gview载入cif后直接保存出来的。连接关系都是错乱的

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2022-4-2 01:40

sobereva 发表于 2022-4-1 01:10
你的mol2文件明显不是gview载入cif后直接保存出来的。连接关系都是错乱的

嗯嗯谢谢老师，我用gview转换连键关系总是不对，换了openbabel转换之后就好了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)