计算化学公社

标题: 求助AIMD如何进行RDF计算 [打印本页]

作者
Author: 牛文文 时间: 2022-3-28 21:07
标题: 求助AIMD如何进行RDF计算
AIMD模拟过程中会不断进行成键和断键，比如Nat. Communication这篇文章算了磷酸的RDF，其中分析了H4PO4+、H2PO4-和中性的H3PO4分子上O-O的RDF。
但是因为整个模拟过程中两种离子是不断生成或者消失的，而且文章并没有具体说明计算方法；另外看了很多关于AIMD的文章都没有分析，所以想请问大家如何来计算这个的RDF？

感谢回复

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-28 21:34
自己写脚本计算rdf，循环粒子过程中根据具体当前结构判断磷酸的形态。这种高度体系专一性的分析大多没有现成程序，需要自己写脚本。

作者
Author: 牛文文 时间: 2022-3-29 08:55

sobereva 发表于 2022-3-28 21:34
自己写脚本计算rdf，循环粒子过程中根据具体当前结构判断磷酸的形态。这种高度体系专一性的分析大多没有现 ...

好的，谢谢sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)