计算化学公社

标题: 萘环优化后不在同一个平面，是力场错了吗，小白一个 [打印本页]

作者
Author: 樊子瑞 时间: 2022-3-29 08:58
标题: 萘环优化后不在同一个平面，是力场错了吗，小白一个
萘环优化后不在同一个平面，是力场错了吗，该怎么设置呢，小白一个

作者
Author: sylar 时间: 2022-3-29 09:25
什么体系？什么软件？什么输入？什么力场？

作者
Author: 妙角不脆 时间: 2022-3-29 11:04
首先提问应当描述清楚问题。不能仗着小白的身份就有一种有东西不会大家都要教的巨婴心态。

从目前的信息来看，可能你谈的是关于某个含萘环分子的几何优化，这应当属于量化计算部分，不涉及到力场，而涉及到选择方法。应当如2L所说把体系，软件告知，并有条件的话将输入输出文件附上，这样更有利于解决问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-29 11:15
好好把此文看了
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

下次再这么发帖直接删帖处理

作者
Author: 樊子瑞 时间: 2022-3-29 11:25

sylar 发表于 2022-3-29 09:25
什么体系？什么软件？什么输入？什么力场？

是萘环聚合物分子（萘系减水剂），使用MS软件中的分子动力学模拟，想用compass力场，但是优化后，萘环上的碳原子不在同一个平面上了。

作者
Author: 樊子瑞 时间: 2022-3-29 11:26

妙角不脆发表于 2022-3-29 11:04
首先提问应当描述清楚问题。不能仗着小白的身份就有一种有东西不会大家都要教的巨婴心态。

从目前的信息 ...

谢谢老师指教。是萘环聚合物分子（萘系减水剂），使用MS软件中的分子动力学模拟，想用compass力场，但是优化后，萘环上的碳原子不在同一个平面上了。

作者
Author: 樊子瑞 时间: 2022-3-29 11:27

sobereva 发表于 2022-3-29 11:15
好好把此文看了
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva. ...

好的，谢谢老师，我认真读一下

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-29 15:55

樊子瑞发表于 2022-3-29 04:26
谢谢老师指教。是萘环聚合物分子（萘系减水剂），使用MS软件中的分子动力学模拟，想用compass力场，但是 ...

偏离平面程度多少？如果偏离的程度特别小，是正常的，任何平面分子在附近存在其他分子的时候，因为分子间作用力的影响，都不可能严格保持平面性。只有偏离程度足够大以后才是不正常的。
如果你不会测量偏离平面性的程度，把优化后的结构发上来

作者
Author: 樊子瑞 时间: 2022-3-30 19:03

wzkchem5 发表于 2022-3-29 15:55
偏离平面程度多少？如果偏离的程度特别小，是正常的，任何平面分子在附近存在其他分子的时候，因为分子间 ...

谢谢老师，我优化后的萘环偏离程度不大，按照您说的原理，应该是正确的。谢谢老师

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