计算化学公社

标题: 求助 gromacs中的温度是如何计算的？ [打印本页]

作者
Author: lnz 时间: 2022-3-29 09:22
标题: 求助 gromacs中的温度是如何计算的？
我要计算体系的区域温度，我之前是是通过分组之后mdrun -rerun 再用gmx energy选项计算的，但有些时候在gmx energy 得出的结果中没有温度T这个项。不知道导致这个问题的原因是什么。另一个问题就是我能使用gro文件里面的速度来计算温度吗？如果可以的话用什么公式呢？或者说各位大佬有没有其他的方法可以用。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-29 11:13
有原子的速度才能得到温度
如果比如你对xtc进行rerun，由于xtc里没有速度信息，原理上edr里不可能给出某个组的温度
gro里只有一帧的原子速度信息，你只能得到瞬时温度，但只有平均温度才有意义
原子平均速度和温度的关系，随便找本分子模拟的讲得比较系统的书里面都能找到，比如Leach的那本

作者
Author: lnz 时间: 2022-3-29 14:29

sobereva 发表于 2022-3-29 11:13
有原子的速度才能得到温度
如果比如你对xtc进行rerun，由于xtc里没有速度信息，原理上edr里不可能给出某个 ...

感谢sob老师的解答。我之前都是用的trr进行的rerun energy里面的选项只到LJ-SR Coul-SR

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 01:22

lnz 发表于 2022-3-29 14:29
感谢sob老师的解答。我之前都是用的trr进行的rerun energy里面的选项只到LJ-SR Coul-SR

trr里是否记录速度取决于nstvout怎么设的

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