计算化学公社

标题: 使用ONIOM方法可以看前线分子轨道上电子云密度分布吗？ [打印本页]

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Author: 天天121 时间: 2022-3-29 17:15
标题: 使用ONIOM方法可以看前线分子轨道上电子云密度分布吗？
之前以为由于ONIOM方法采用了两种不同理论级别优化了几何结构是看不了前线分子轨道的，但是今天读到一篇论文发现作者也是用的ONIOM，但是画出了电子云密度分布图，我想请问一下大家？请各位老师同学指教！

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Author: 天天121 时间: 2022-3-29 17:17
如图

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-29 17:24
(, 下载次数 Times of downloads: 24)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-29 17:24

天天121 发表于 2022-3-29 17:17
如图

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

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Author: 天天121 时间: 2022-3-29 17:25

sobereva 发表于 2022-3-29 17:24
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的Sob老师我下次注意这个问题

作者
Author: 天天121 时间: 2022-3-29 17:48

sobereva 发表于 2022-3-29 17:24
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

Sob老师，还有一个问题，就是像文中作者自己设计的分子是怎么知道具体晶体结构的呢？genmer只能生成排布无序的团簇啊

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-29 20:48

天天121 发表于 2022-3-29 17:48
Sob老师，还有一个问题，就是像文中作者自己设计的分子是怎么知道具体晶体结构的呢？genmer只能生成排布 ...

要么实验得到的，要么理论预测的，仔细看文中的说明，正文里没说的话仔细看SI，也没说的话发邮件问作者

作者
Author: 天天121 时间: 2022-3-30 09:48

sobereva 发表于 2022-3-29 20:48
要么实验得到的，要么理论预测的，仔细看文中的说明，正文里没说的话仔细看SI，也没说的话发邮件问作者

好的谢谢老师

作者
Author: zhb 时间: 2022-7-29 11:24

sobereva 发表于 2022-3-29 17:24

老师，打扰您一下，按照图片的方式生成fchk文件后，确实显示了High部分的分子轨道信息。但是整体还是在团簇中，其他分子遮挡严重，有没有办法只显示High部分单个分子的轨道信息呢？麻烦老师了，谢谢您

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-29 15:11

zhb 发表于 2022-7-29 04:24
老师，打扰您一下，按照图片的方式生成fchk文件后，确实显示了High部分的分子轨道信息。但是整体还是在团 ...

把其他原子用细线表示或者完全隐藏

作者
Author: zhb 时间: 2022-7-29 22:59

wzkchem5 发表于 2022-7-29 15:11
把其他原子用细线表示或者完全隐藏

谢谢您，再打扰您一下，如果想做如图这种局部取出两个结构做RDG分析，分析High层分子和周边分子之间相互作用可视化，应当怎么办呢？我试了下把ONIOM计算输出chk文件转成fchk，导入Multiwfn中无法识别，闪退。没有办法进行RDG分析呢。麻烦您指点下，谢谢您

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-7-29 23:16

zhb 发表于 2022-7-29 15:59
谢谢您，再打扰您一下，如果想做如图这种局部取出两个结构做RDG分析，分析High层分子和周边分子之间相互 ...

给出Multiwfn完整的报错信息。如果闪退太快来不及看，就在cmd里运行Multiwfn，然后把报错信息整个复制过来

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Author: zhb 时间: 2022-7-30 00:21
本帖最后由 zhb 于 2022-7-30 12:53 编辑

wzkchem5 发表于 2022-7-29 23:16
给出Multiwfn完整的报错信息。如果闪退太快来不及看，就在cmd里运行Multiwfn，然后把报错信息整个复制过 ...

谢谢您，这是报错信息优化结构后chk文件直接转fchk，无法进行RDG分析，然后我按楼上老师发的图片文chk转换-MS转换fchk，只显示High层中心原子的RDG的等值面，分子间没有出现RDG等值面，是不是我转换fchk输入有问题呢？还是说分子之间根本不存在相互作用，我分为两层High区一个中心原子，其他为low区如图。再次麻烦您

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-30 01:39

zhb 发表于 2022-7-30 00:21
谢谢您，这是报错信息优化结构后chk文件直接转fchk，无法进行RDG分析，然后我按楼上老师发的图片文chk转 ...

ONIOM(QM:MM)计算能产生的波函数信息只有high层的，注定没法靠IRI、RDG、IGMH之类基于波函数的方法展现高层和底层之间的相互作用。

要么用只依赖于几何结构的IGM（提供含有整个簇的坐标信息的文件），要么把图里所有分子都直接照常做量化计算产生整个簇的波函数信息，然后用IGMH展现中心和周围分子间的相互作用，仔细看下文的例子
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

展现分子间相互作用用IGMH是最好的，不要再用RDG

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