计算化学公社

标题: 做基于力场的能量分解时发现总能量差于高斯计算得到的结果不一致？请问结果能用吗？ [打印本页]

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-29 18:09
标题: 做基于力场的能量分解时发现总能量差于高斯计算得到的结果不一致？请问结果能用吗？
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-3-29 18:11 编辑

图中单位都为kcal/mol,通过高斯得到的电子能差为正值，仅为1.12，而基于力场的能量分解分析得到总能量差为负值，而且差值还极大，这种现象正常吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-29 20:05
都不知道你算的是什么、Gaussian里用的什么级别、计算流程是什么，完全没法回答。甚至可能你列的Gaussian的结果都是完全错的。

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-30 11:00

sobereva 发表于 2022-3-29 20:05
都不知道你算的是什么、Gaussian里用的什么级别、计算流程是什么，完全没法回答。甚至可能你列的Gaussian的 ...

不好意思，sobereva,我会注意的。
我研究的是决定手性的两个过渡态，主产物为S构型。优化级别为# b3lyp/genecp em=gd3 opt=(ts,calcfc,noeigentest) freq，其中Ni用LANL2DZ，c h o n s p 用6-31g*。然后用优化的结构做了单点，单点的计算级别M06/genecp em=gd3 scrf(smd,solvent=toluene)，其中Ni 用sdd，其他元素c h o n s p 用6-311++g(d,p)
单点得到的电子能差为1.121 kcal/mol,然后我想通过EDA-FF来弄清楚两个构型中的哪部分能量决定了选择性，我将结构分为两部分，按照过渡态同样的级别进行了优化并做了单点。然后用单点得到的输出文件用Multiwfn按照基于立场的能量分解分析那个帖子中的步骤得到了图中的结果。总的能量差为184.718 kcal/mol. 与单点得到的电子能能量差差别很大，请问这是什么原因？

作者
Author: Kangtor 时间: 2022-3-30 11:10

wangxiaofeng 发表于 2022-3-30 11:00
不好意思，sobereva,我会注意的。
我研究的是决定手性的两个过渡态，主产物为S构型。优化级别为# b3lyp/ ...

上面计算的那些结果的单位是什么呀？

EDA-FF是针对什么化学环境开发的呀？

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-30 16:26

Kangtor 发表于 2022-3-30 11:10
上面计算的那些结果的单位是什么呀？

EDA-FF是针对什么化学环境开发的呀？

单位都是kcal/mol,是封闭体系

作者
Author: Kangtor 时间: 2022-3-30 16:40

wangxiaofeng 发表于 2022-3-30 16:26
单位都是kcal/mol,是封闭体系

你加上键接项的能量再来比较

力场开发是在一定特定的化学环境的，和量化计算结果有一定差异很正常

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-30 17:32

Kangtor 发表于 2022-3-30 16:40
你加上键接项的能量再来比较

力场开发是在一定特定的化学环境的，和量化计算结果有一定差异很正常

请问键接项能量从哪里得到？

作者
Author: Kangtor 时间: 2022-3-30 18:49

wangxiaofeng 发表于 2022-3-30 17:32
请问键接项能量从哪里得到？

实际上，你到底算了什么内容是描述的不够的，没法给你具体的建议。卢老师也提出了这一点。

我也是猜测一下

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-30 21:36

Kangtor 发表于 2022-3-30 18:49
实际上，你到底算了什么内容是描述的不够的，没法给你具体的建议。卢老师也提出了这一点。

我也是猜测 ...

请问是需要提供分子结构吗？还有一个问题EDA-FF分析得到的数据其中total这项数据说的是两个片段间的相互作用的能量而不是整个结构式的能量吧？

作者
Author: Kangtor 时间: 2022-3-30 21:57

wangxiaofeng 发表于 2022-3-30 21:36
请问是需要提供分子结构吗？还有一个问题EDA-FF分析得到的数据其中total这项数据说的是两个片段间的相互 ...

想问的是你想算什么问题？

作者
Author: agent99 时间: 2022-3-31 02:51
有过渡金属，还是过渡态，普通的力场怎么可能可靠？除非你的力场是专门针对这类体系开发的

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-31 11:52
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-3-31 12:01 编辑

agent99 发表于 2022-3-31 02:51
有过渡金属，还是过渡态，普通的力场怎么可能可靠？除非你的力场是专门针对这类体系开发的

请问什么力场适合过渡金属的有机体系呢？目前Multiwfn只有这两种力场可以选择 1.UFF van der Waals model 2: AMBER99 & GAFF van der Waals model

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-31 14:58
直接把你算的体系的截图发出来，在上面标注片段是怎么划分的，一看就明白了
光靠猜没法给你准确的回复

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-3-31 15:41
本帖最后由 wangxiaofeng 于 2022-3-31 15:42 编辑

sobereva 发表于 2022-3-31 14:58
直接把你算的体系的截图发出来，在上面标注片段是怎么划分的，一看就明白了
光靠猜没法给你准确的回复

老师，您好！体系分为黄色选中部分和另外未标注一的部分，麻烦您了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 00:53

wangxiaofeng 发表于 2022-3-31 15:41
老师，您好！体系分为黄色选中部分和另外未标注一的部分，麻烦您了

这种情况明显不适合EDA-FF
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html）
明确说了

这些片段间至少要隔三个化学键（相对于键连关系而言，而不是原子间距而言），因为更近的话原子间的作用就不完全属于弱相互作用范畴了，此时通过力场的非键作用项来计算它们之间的相互作用是严重不合理的

你用量化方法算出来相互作用能为正本身也肯定有问题

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-4-1 11:29

sobereva 发表于 2022-4-1 00:53
这种情况明显不适合EDA-FF
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442（http: ...

好的，谢谢。您的意思我理解了。但是我对“片段间至少要隔三个化学键（相对于键连关系而言，而不是原子间距而言）”这句话不是很理解，能麻烦您具体解释一下吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 12:00

wangxiaofeng 发表于 2022-4-1 11:29
好的，谢谢。您的意思我理解了。但是我对“片段间至少要隔三个化学键（相对于键连关系而言，而不是原子间 ...

你的图中黄色区域和另一个部分有一个化学键相连，显然不属于EDA-FF适用范畴

EDA-FF是靠分子力场的非键相互作用项描述片段间相互作用，如果隔<=3个键，那两个片段间的作用就不是光靠非键相互作用描述了。

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-4-1 15:50

sobereva 发表于 2022-4-1 12:00
你的图中黄色区域和另一个部分有一个化学键相连，显然不属于EDA-FF适用范畴

EDA-FF是靠分子力场的非键 ...

但是对于两部分没有化学键相连相连的体系，怎么判断它们之间有没有间隔三个化学键呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 23:58

wangxiaofeng 发表于 2022-4-1 15:50
但是对于两部分没有化学键相连相连的体系，怎么判断它们之间有没有间隔三个化学键呢？

那就显然属于隔三个键以上的情况

作者
Author: wangxiaofeng 时间: 2022-4-2 10:45

sobereva 发表于 2022-4-1 23:58
那就显然属于隔三个键以上的情况

好的，明白。谢谢老师！

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