计算化学公社

标题: VMD软件显示多个nc-2e轨道的问题 [打印本页]

作者
Author: xxx 时间: 2016-3-17 17:43
标题: VMD软件显示多个nc-2e轨道的问题
老师您好，我想把具有相同占有数的nc-2e的结果放到同一个图中显示，就像下图中显示的这样。我看到了您有个帖子讲的是怎么在VMD中同时显示多个文件的等值面，但是我没有找到您说的那个RDG绘图脚本（您帖子里的原话是这样说的：已提供的那个RDG绘图脚本里的每一行命令都对应于图形界面的一个操作，只要自己弄会了怎么通过手动在图形界面操作来显示填色等值面图，就自然而然明白怎么再显示更多的填色等值面。）

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-17 18:55
对于当前的目的，就用此文3.2节提供的脚本就行了
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
RDG和这个一丝关系也没有。

作者
Author: xxx 时间: 2016-3-17 19:52

sobereva 发表于 2016-3-17 18:55
对于当前的目的，就用此文3.2节提供的脚本就行了
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
htt ...

谢谢Sob老师的指点。关于将.cube文件导入到VMD软件中，有的文件导入后，经过设置，会出现既有原子又有化学键的结构图，但是有的文件导入后只出现原子而没有化学键，请问老师这是什么原因造成的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-3-17 23:52

xxx 发表于 2016-3-17 19:52
谢谢Sob老师的指点。关于将.cube文件导入到VMD软件中，有的文件导入后，经过设置，会出现既有原子又有 ...

没出现键是因为原子间距离太远，没被判断成键
一种方法是用mouse-add/remove bond功能，点击相应两个原子让它们成键，另一种做法是drawing method改成dynamic bond，把判断成键的阈值调大

作者
Author: xxx 时间: 2016-3-18 14:40

sobereva 发表于 2016-3-17 23:52
没出现键是因为原子间距离太远，没被判断成键
一种方法是用mouse-add/remove bond功能，点击相应两个原 ...

谢谢Sob老师

作者
Author: secret 时间: 2017-4-27 11:42

sobereva 发表于 2016-3-17 23:52
没出现键是因为原子间距离太远，没被判断成键
一种方法是用mouse-add/remove bond功能，点击相应两个原 ...

sob老师请问在VMD中作多中心分析图有手册吗

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-30 18:54

secret 发表于 2017-4-27 11:42
sob老师请问在VMD中作多中心分析图有手册吗

VMD根本就没法做什么多中心分析，这只是可视化程序而已
多中心键讨论方法看
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138

作者
Author: secret 时间: 2017-5-2 15:04

sobereva 发表于 2017-4-30 18:54
VMD根本就没法做什么多中心分析，这只是可视化程序而已
多中心键讨论方法看
使用AdNDP方法以及ELF/LOL ...

好的谢谢sob老师

作者
Author: qq1748678958 时间: 2018-3-19 18:53
请问在VMD中同时显示多个文件的等值面的帖子能分享给我吗，谢谢了！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-19 21:15

qq1748678958 发表于 2018-3-19 18:53
请问在VMD中同时显示多个文件的等值面的帖子能分享给我吗，谢谢了！

使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

会绘制一个就不可能不会绘制多个。多个cube都拖进去，graphics-representation里对每个ID都以相同的方式设定isosurface显示方式就完了

作者
Author: qq1748678958 时间: 2018-3-20 09:00

sobereva 发表于 2018-3-19 21:15
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

我试了一下这个方法，谢谢了！

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