计算化学公社

标题: IGMH描绘氢键作用时等值面两边颜色不同？ [打印本页]

作者
Author: Labber 时间: 2022-3-30 09:58
标题: IGMH描绘氢键作用时等值面两边颜色不同？
本帖最后由 Labber 于 2022-3-30 19:35 编辑

如图，IGMH描绘环糊精阴离子和4-甲基苯甲酸复合物体系的氢键作用，输入文件是高斯单点计算后的fchk文件，δg=0.007。相互作用的位点是环上的氧负离子 RCH2O- 与小分子羧基 RCOOH。
为什么在靠近羧基氢的等值面会有一圈红色，但是转过来背面，氧负离子那一边的等值面基本是蓝色，这个怎么解释呢？
而且，这个氢在高斯上和羧基氧连接，跟RCH2O- 的氧并没有成键，但是做完IGMH之后，发现氢同时和两边的氧都成键连接起来了，这个合理吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-3-30 10:37
盲猜：你的这个复合物是手动放的结构，还是MD跑合理以后的结构？

作者
Author: Labber 时间: 2022-3-30 11:31

牧生发表于 2022-3-30 10:37
盲猜：你的这个复合物是手动放的结构，还是MD跑合理以后的结构？

手动放置的结构，然后用高斯几何优化了一下

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-30 19:26
把Gaussian输入输出文件和波函数文件压缩后上传
这结构看起来怪怪的

作者
Author: Labber 时间: 2022-3-30 19:36

sobereva 发表于 2022-3-30 19:26
把Gaussian输入输出文件和波函数文件压缩后上传
这结构看起来怪怪的

@sobereva
老师您好，输入输出文件已上传，fchk太大了压缩也有三十多M，上传不了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-30 22:13
绝对不要用counterpoise任务的chk文件做任何波函数分析，没意义

作者
Author: Labber 时间: 2022-3-30 22:19
本帖最后由 Labber 于 2022-3-31 13:34 编辑

sobereva 发表于 2022-3-30 22:13
绝对不要用counterpoise任务的chk文件做任何波函数分析，没意义

@sobereva
老师，那请问是要在当前复合物结构下，只把输入文件counterpoise关键词删除，其他的都保持不变，然后重新再算单点能吗？然后再用chk做波函数分析？因为原来想要做BSSE得到更为准确的矫正后的单点能，所以直接把得到的chk拿去做分析了。

刚刚还给您发邮件了，您忽略就好。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-31 15:02

Labber 发表于 2022-3-30 22:19
@sobereva
老师，那请问是要在当前复合物结构下，只把输入文件counterpoise关键词删除，其他的都保持不变 ...

是

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)