计算化学公社

标题: 关于模拟配体进入/离开蛋白活性中心的模拟咨询 [打印本页]

作者
Author: 18217265596 时间: 2022-3-30 10:23
标题: 关于模拟配体进入/离开蛋白活性中心的模拟咨询
本人想模拟一个配体进入/离开蛋白
已经找到结合位点/通道
但不知这个过程怎么实现用一个定向外力拉的方式朋友说较为粗暴
我大概需要一个关键词去找相关文献/方法
能提供参考文献更好啦
谢谢各位

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-31 15:04
不是一定不能往外拉。选取合适的拉伸方向，并且给的力适当，很多情况下得到的脱离轨迹能说明问题，结合Jarzynski关系还能得到PMF，以及koff。看比如J. Chem. Inf. Model. 2019, 59, 5135−5147

作者
Author: 18217265596 时间: 2022-3-31 18:29

sobereva 发表于 2022-3-31 15:04
不是一定不能往外拉。选取合适的拉伸方向，并且给的力适当，很多情况下得到的脱离轨迹能说明问题，结合Jarz ...

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