计算化学公社

标题: gromacs模拟关于comm-grps和mode的选择和设置问题 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-3-30 20:56
标题: gromacs模拟关于comm-grps和mode的选择和设置问题
社长好，有一个困扰了我几天的问题。我在模拟一个蛋白，溶液中的钙离子自发进入蛋白相应的位点并后续稳定结合的模拟。
问题出现在常规模拟的mdp文件里关于comm-grps和comm-mode的选择和设置问题上。正常情况下，如果不对蛋白做运动修正的话，蛋白会在盒子里到处乱动。而如果把蛋白平转动消除了的话，是不是溶液里钙离子进入蛋白相应位点并稳定结合的模拟，就没有办法重现了呢。请问社长为了模拟这一过程，这两个地方我应该怎么选择和设置呢？谢谢各位！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-31 15:19
可以重现

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-3-31 19:14

sobereva 发表于 2022-3-31 15:19
可以重现

请问社长，comm-grps和comm-mode这两项只需要分别设置为Protein、Angular就可以了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 00:50

uenh1998 发表于 2022-3-31 19:14
请问社长，comm-grps和comm-mode这两项只需要分别设置为Protein、Angular就可以了吗

是

作者
Author: youknowdcf 时间: 2022-4-1 15:23

sobereva 发表于 2022-4-1 00:50
是

请问社长，在体系中添加了带电荷的离子，会与加入的抗衡离子相互作用。因为我正在做类似的配体与蛋白的接触，但是发现模拟过程中我的磷酸根与钠离子相互结合了，在预期中，我是希望我的磷酸根能够通过静电相互作用与蛋白某些位点接触，不知道钠离子的作用会影响我的磷酸根与蛋白的相互接触吗，如果会的话应该考虑如何操作呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 23:57

youknowdcf 发表于 2022-4-1 15:23
请问社长，在体系中添加了带电荷的离子，会与加入的抗衡离子相互作用。因为我正在做类似的配体与蛋白的接 ...

多多少少肯定会有影响
但在现实情况中本来磷酸根也会与钠离子靠静电作用暂时性地吸到一起，不是什么虚假现象

作者
Author: youknowdcf 时间: 2022-4-2 10:50

sobereva 发表于 2022-4-1 23:57
多多少少肯定会有影响
但在现实情况中本来磷酸根也会与钠离子靠静电作用暂时性地吸到一起，不是什么虚假 ...

收到，感谢社长解惑

作者
Author: 飞翔的胖吉 时间: 2022-8-29 22:03

sobereva 发表于 2022-4-1 00:50
是

请问社长，我有这样一个体系。在水盒子中，一层石墨烯片冻住，在其表面5A的位置我放置了一个蛋白，我想实现平衡模拟，让蛋白逐渐吸附到石墨烯表面，这种情况的话，我该怎么设置md.mdp中的comm-grps和comm-mode两项？也是protein和angular吗？如果消除蛋白的平动和转动，还能实现蛋白的吸附吗（设置后，理论上是不是蛋白只能在固定位置振动）？

麻烦社长不吝赐教

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-30 10:46

飞翔的胖吉发表于 2022-8-29 22:03
请问社长，我有这样一个体系。在水盒子中，一层石墨烯片冻住，在其表面5A的位置我放置了一个蛋白，我 ...

显然不能消除蛋白的整体运动，要不然怎么扩散运动到石墨烯表面

作者
Author: 飞翔的胖吉 时间: 2022-8-30 10:51

sobereva 发表于 2022-8-30 10:46
显然不能消除蛋白的整体运动，要不然怎么扩散运动到石墨烯表面

那我就设置为
comm-grps=system
comm-mode=Angular
freezegrps=GRA
freezedim= Y Y Y
是否可行？由于我已经消除蛋白整体运动了跑过一次，是否能够直接改md.mdp后，用rerun来跑，节省时间？还是只能重新跑？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-30 11:04

飞翔的胖吉发表于 2022-8-30 10:51
那我就设置为
comm-grps=system
comm-mode=Angular

显然得重新跑

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