计算化学公社

标题: 基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本 [打印本页]

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-3-31 01:42
标题: 基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本
本帖最后由 Kalinite 于 2022-5-25 09:07 编辑

在研究光化学过程时经常需要考察哪些振动模式对重组能起到的明显的贡献，也会需要计算Huang-Rhys因子或Duschinsky矩阵。众所周知，Dushin是常用的分解重组能的辅助程序(http://sobereva.com/330)，也支持输出Huang-Rhys因子或Duschinsky矩阵，但是使用时颇不稳健，经常出现各种各样的报错。然而Gaussian实际上本身就支持给出Duschinsky rotation所定义的shift vector以及Duschinsky矩阵，同时也可以输出Huang-Rhys因子，但关键词深藏在FCHT模块中不为人知。一开始使用Dushin时遇到了很多麻烦，后来发现Gaussian这一功能后解放了双手，最近看到有人问Dushin的报错，故这里分享一个平时用的小脚本，可以结合Gaussian FCHT输出处理数据。
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Gaussian版本：Gaussian16 C.01（其他版本可能需要根据具体输出格式改，没调查过）；需要机子上安装Python。
用法：python gau_reorg.py output.log（假定运行Python的命令是python）
(, 下载次数 Times of downloads: 441)
程序会问三个问题：

Output decomposition of reorganization energy? Yes, 1; No, 0.
Output Huang-Rhys factor diagram? Yes, 1; No, 0.
Output Duschinsky matrix? Yes, 1; No, 0.

复制代码

一般第一个问题都是需要的，选1，会像Dushin一样将重组能分解结果输出在屏幕上；第二个问题控制输出Huang-Rhys因子图的数据（在当前目录下output.log.hr.txt），可以直接导入Origin中作图；第三个问题控制输出Duschinsky矩阵，会将Gaussian中输出Duschinsky矩阵的格式修改为n×n矩阵的格式（在当前目录下output.log.mat.txt），可以直接导入Origin中作图。事实上只要输入一个非0的数都被会认为是需要相关数据。由于Gaussian可以直接输出Huang-Rhys因子，而且在输出格式上比力常数好看，故脚本中实际上是用Huang-Rhys因子计算重组能的分解结果，与根据定义(S_i=\lambda_i/h\nu_i)算没有本质区别。
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如何在Gaussian16 C.01中输出Huang-Rhys因子？（原贴：http://bbs.keinsci.com/thread-28612-1-1.html 5楼）

%oldchk=final.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)
initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
print=(huangrhys,matrix=JK)
initial.chk
final.chk

复制代码

输入文件说明：
1. huangrhys/J/K分别控制输出Huang-Rhys因子、Duschinsky矩阵和shift vector；
2. spectroscopy默认是onephotonabsorption，根据实际来；
3. 没有跃迁偶极的情况，应该写freq(readfc,fc,readfcht)，不过即使写fcht也不会影响输出huangrhys和JK；
4. initial.chk和final.chk分别是初态和末态的chk，需要包含振动信息，用做freq的chk即可；
5. 一般是基于末态结构分解重组能，所以oldchk写final.chk。
多数情况这个任务会报错（比如low progression after class n之类），因为Gaussian会试图计算振动耦合的光谱，只想要这些数据不想要光谱的时候不管就行了。但是要注意：在计算振动耦合光谱时，因为会时常用到RedDim=ClearLowFreq=n来忽略振动波数小于n的低频振动模式的贡献，此时的Huang-Rhys因子与Duschinsky矩阵都是在忽略低频振动模式的基础上输出的，故使用RedDim时不能采用Gaussian给出的数据，另外算一个不加RedDim就完事了。如果看到下面这个报错，很大可能是原子顺序不匹配，需要修改原子顺序并保证两态计算中顺序一致。

Initial state structure is set in Eckart orientation.
Final state structure is superposed to it.
IAn wrong for default in FilMas.

复制代码

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
相关资源：
1. 作图
振动模式：http://sobereva.com/567
Duschinsky矩阵：http://bbs.keinsci.com/thread-4624-1-1.html and http://bbs.keinsci.com/thread-2968-1-1.html
2. Gaussian的FCHT模块
https://gaussian.com/freq/（选择More->ReadFCHT Input）
http://sobereva.com/223
3. 最近的一些应用Huang-Rhys因子分析的文章，太多了，随便弄了三篇：
Lu Wang, Qi Ou, Qian Peng*, and Zhigang Shuai*, J. Phys. Chem. A 2021, 125, 7, 1468–1475
Rongji Zhu; Xi Chen; Na Shu; Yunlong Shang; Yichen Wang; Pu Yang; Yihan Tang; Fei Wang*; Jiawei Xu*, J. Phys. Chem. A 2021, 125, 47, 10144–10154
Teng-Fei He, Ai-Min Ren, Yuan-Nan Chen, Xue-Li Hao, Lu Shen, Bo-Hua Zhang, Tong-Shun Wu, Hong-Xing Zhang, and Lu-Yi Zou*, Inorg. Chem. 2020, 59, 17, 12039–12053

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另外歪个楼分享一下Gaussian16 C.01中计算振动耦合光谱的做法，主要是根据223号博文和与Dr. Lufeng Zou (cnhelp)的交流总结出来的。以荧光发射为例，最基本的输入如下：

%oldchk=initial.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)
initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
initial.chk
final.chk

复制代码

输入文件的说明参考前文。输出文件可以在GaussView6中看各个振动耦合峰，选择Results->Vibronic即可，光谱窗口选择左上角Plot->Transition Table可以一目了然地看到各个峰的信息。下面是一些报错和问题（不仅限于此，只遇到过这些，欢迎补充）：
1. checkpoint文件损坏或不存在

Data taken from checkpoint file "xxx.chk"
FileIO operation on non-existent file.

复制代码

2. “Low progression” 很常见也很麻烦

ERROR: Low progression after class 2. Total convergence = 0.1%.
The vibronic spectrum will likely be unreliable. Stopping.

复制代码

Advanced=(ForceFCCalc)
有时包括更多振动激发态时会有一定的progression。Advanced=(ForceFCCalc)关键词忽略该阈值并继续测试更多的振动激发态，并查看是否有明显的progression。
PreScreening=(MaxC1=XX,MaxC2=YY,MaxInt=ZZZ) [Default: XX=13, YY=20, ZZZ=100]
设置初筛的最大值，尤其是MaxInt需要设置一个大得多的值(>=1000)。如果使用Advanced=(ForceFCCalc)后仍然progression很小，那么可能Franck-Condon近似不适用，因为强度很小，即使强制进行FC计算，结果也很可能并不可靠。
RedDim=ClearLowFreq=N
如果不需要完整光谱，可以使用Reduced Dimensionality选项，只研究光谱中感兴趣的部分区域。有些低频振动虽然只是涉及很小的内坐标变化，但涉及的笛卡尔坐标却改变很大，造成难以匹配。例如对于100cm-1以下的频率不感兴趣，使用RedDim=ClearLowFreq=100.0。
3. G09和早期G16版本默认NoSaveNM，前面的freq计算需要写SaveNormalMode (SaveNM)来将振动信息存入.chk文件。官网上电子手册一直没有更新，至少在Gaussian16 C.01版本是默认SaveNM，不知道现在官网上更新了没。

作者
Author: TANGYIHAN 时间: 2022-3-31 14:35
多谢Kalinite老师！

作者
Author: qidong8 时间: 2022-4-20 21:28
Kalinit老师你好，我参照您的的输入文件计算重组能，但总出现内存错误

Error: segmentation violation

复制代码

末态为基态，优化且做了频率计算

#p opt freq pbe1pbe/6-31g** scrf=(pcm, solvent=toluene)

复制代码

初态为S1激发态，同样做了优化和频率计算

#p opt td(nstates=6) freq=saveNM pbe1pbe/6-31g** scrf=(pcm,solvent=toluene)

复制代码

gaussian版本为g16 C01，想向您请教一下，哪里出了问题？

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-4-20 21:57

qidong8 发表于 2022-4-20 21:28
Kalinit老师你好，我参照您的的输入文件计算重组能，但总出现内存错误

末态为基态，优化且做了频率计算
...

Error: segmentation violation 不能看出是什么错，可以提供一下输出文件末尾的报错信息看看是什么情况。

作者
Author: qidong8 时间: 2022-4-21 16:19

Kalinite 发表于 2022-4-20 21:57
Error: segmentation violation 不能看出是什么错，可以提供一下输出文件末尾的报错信息看看是什么情况。

log末尾是

Using the following non-standard input for vibronic spectroscopy:
initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
print=matrix=(huangrhys,JK)
Unrecognized value for Spectra: (
Error termination via Lnk1e in /home/liujunyuan/Software/g16/l718.exe at Wed Apr 20 21:19:57 2022.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.0 seconds.
Elapsed time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.9 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 15 Int= 0 D2E= 0 Chk= 89 Scr= 1

复制代码

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-4-23 02:54

qidong8 发表于 2022-4-21 16:19
log末尾是

没见过这个问题，可能和chk有关，可以发邮件给cnhelp问问

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-4-26 13:50

qidong8 发表于 2022-4-21 16:19
log末尾是

应该是print=(huangrhys,matrix=JK)，之前打错了，抱歉

作者
Author: snljty 时间: 2022-4-26 14:28
老师您好，我这边用您的方法做测试的时候，还是提示不存在文件。测试用的卢老师那篇博文里吡啶的例子。我把文件传上来了，可以麻烦您抽空看一下么？十分感谢！ (, 下载次数 Times of downloads: 89)
chk对应的Gaussian版本可能和您的不一样，那样的话麻烦您重跑一个S0.gjf和T1.gjf了，应该是几秒钟以内。谢谢！

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-4-26 18:24

snljty 发表于 2022-4-26 14:28
老师您好，我这边用您的方法做测试的时候，还是提示不存在文件。测试用的卢老师那篇博文里吡啶的例子。我把 ...

你算的是S0-T1之间的，这是自旋禁阻的过程，Gaussian不能给出跃迁偶极，而FCHT中的“HT”需要跃迁偶极导数，因此在读取.chk中相关内容时报错“File operation on non-existent file”。虽然计算Huang-Rhys因子不需要这部分信息，但是Gaussian的这个模块是做光谱的，仍然会试图读取，并不影响Huang-Rhys因子和Duschinsky矩阵的输出。
改成“Freq=(ReadFC,ReadFCHT,FC)”可以正常输出你需要的信息，报的是光谱计算的错误。
(, 下载次数 Times of downloads: 75)

作者
Author: snljty 时间: 2022-4-26 19:36

Kalinite 发表于 2022-4-26 18:24
你算的是S0-T1之间的，这是自旋禁阻的过程，Gaussian不能给出跃迁偶极，而FCHT中的“HT”需要跃迁偶极导 ...

收到，谢谢老师！

作者
Author: xyran 时间: 2022-5-2 14:03
Kalinite老师，您好！
我最近在做重组能分解。想用您给的python方法进行分解。但是在分解过程中不知道如何运用python读取我已优化好的文件。老师能告知一读取的相应代码吗？谢谢！

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-5-3 02:27

xyran 发表于 2022-5-2 14:03
Kalinite老师，您好！
我最近在做重组能分解。想用您给的python方法进行分解。但是在分解过程中不知道 ...

假定你的电脑上运行python的命令是python，输出文件是output.log，那么运行python gau_reorg.py output.log即可。

作者
Author: watfros 时间: 2022-5-4 20:23
很棒的内容，之前接触过一点类似的，现在感觉gaussian还是很多隐藏功能的

作者
Author: anlancx 时间: 2022-5-6 21:20
老师，对于黄昆因子，输出的结果是这样：
==================================================
                  Huang-Rhys Factors
   ==================================================

   Mode num.    1 - Factor: 0.684549D+01
   Mode num.    2 - Factor: 0.103728D-12
   Mode num.    3 - Factor: 0.168417D-15
   Mode num.    4 - Factor: 0.234325D+00
   Mode num.    5 - Factor: 0.137321D+01
   Mode num.    6 - Factor: 0.610608D-01
   Mode num.    7 - Factor: 0.155324D-13
   Mode num.    8 - Factor: 0.135165D+00
   Mode num.    9 - Factor: 0.163153D+00
   Mode num.    10 - Factor: 0.480870D-15
   Mode num.    11 - Factor: 0.235686D-02
   Mode num.    12 - Factor: 0.180464D+00
   Mode num.    13 - Factor: 0.316307D+01
   Mode num.    14 - Factor: 0.474745D-14
   Mode num.    15 - Factor: 0.993685D-15
   Mode num.    16 - Factor: 0.596251D+00
   Mode num.    17 - Factor: 0.203202D-15
   Mode num.    18 - Factor: 0.935426D-18
   Mode num.    19 - Factor: 0.560257D-15
   Mode num.    20 - Factor: 0.165495D+00
   Mode num.    21 - Factor: 0.937353D-16
   Mode num.    22 - Factor: 0.275564D+00
   Mode num.    23 - Factor: 0.177246D-03
   Mode num.    24 - Factor: 0.325253D-15
   Mode num.    25 - Factor: 0.226731D-13
   Mode num.    26 - Factor: 0.507573D-01
   Mode num.    27 - Factor: 0.346544D-02

对于这么多factor，我们该看哪个呢？

谢谢老师。

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-5-7 10:22

anlancx 发表于 2022-5-6 21:20
老师，对于黄昆因子，输出的结果是这样：
==================================================
...

Huang-Rhys因子定义为：S_i = \lambda_i / (h \nu_i)。
一般看振动模式所贡献重组能的大小，即\lambda_i的大小。贡献较大的振动模式往往是与始末态结构变化有一定对应关系的，当然也可能会有多个振动模式都具有比较明显的贡献。虽然由谐振子近似给出的重组能分解结果可能并不合理，因为谐振子模型对势能面近似地不一定好，但相对大小一般还是具有参考意义的。可以参考一下前面几篇文献里的做法。

作者
Author: HONEYJ 时间: 2022-5-17 22:32
老师，g16 B01是不支持这个吗,我按照老师的输入文件写结果会出现输入错误。
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-40770 Len= 0 IPos= 0 Q= 47886111111392
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

作者
Author: HONEYJ 时间: 2022-5-18 10:24
老师，您好，我尝试用您方法做oniom模型的频率的分解，但是在运行python脚本时会出现IndexError: list index out of range。在产生log文件的时候会有Overlap in IMove的报错，还请老师帮忙看一下。文件较大，放网盘了链接：https://pan.baidu.com/s/1-qclyO-h7hbh6BVV_2zdSA?pwd=mkxx 提取码：mkxx

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-5-18 21:17

HONEYJ 发表于 2022-5-18 10:24
老师，您好，我尝试用您方法做oniom模型的频率的分解，但是在运行python脚本时会出现IndexError: list inde ...

16楼的报错大概率与chk有关，缺少了某些信息，G16 B.01是支持这么做的。不过看来这个问题已经解决了。
17楼的报错可能是因为匹配原子顺序的问题，另外你用的是oniom，这个有没有可能会引起一些其他的问题我没有试过，如果确定原子顺序没有问题的话，建议问问Gaussian中文支持。
我看了你的log文件，频率输出部分的原子序号是478-530，这应该是high layer部分的输出，共159个振动模式。然而脚本会读取"Deg. of freedom"来判断振动模式个数，即全部4737个振动模式，故执行脚本时索引序号超出上限报错。解决这一问题或可参考手册freq部分有关layer=real的说明，或者手动将输出文件中自由度改为159。Gaussian已经正常输出了Duschinsky矩阵，但是没有给出Huang-Rhys因子，这可能是因为计算的位移矢量是根据全部结构计算的，但力常数只有high layer部分。

作者
Author: HONEYJ 时间: 2022-5-19 09:27

Kalinite 发表于 2022-5-18 21:17
16楼的报错大概率与chk有关，缺少了某些信息，G16 B.01是支持这么做的。不过看来这个问题已经解决了。
1 ...

谢谢老师您的指导，我按照老师说的几个思路尝试解决一下，非常感谢！！！

作者
Author: 望月凝香 时间: 2022-7-29 07:13
我使用主楼提供的计算脚本试图产生一个分子的HuangRhys因子的时候，反复发生out_of_memory失败。请问可以提供一下建议的内存使用级别吗？
计算的分子是仅包含CNHO的有机小分子，含H在内90个原子。
已经在pbe0/def2sv下opt td了S1和T3（目前我感兴趣的态），并分别作为initial.chk final.chk代入到计算
目前尝试过nproc=16, mem=16g和nproc=16, mem=160g，都报错。

作者
Author: billyguo6 时间: 2022-7-30 17:02

望月凝香发表于 2022-7-29 07:13
我使用主楼提供的计算脚本试图产生一个分子的HuangRhys因子的时候，反复发生out_of_memory失败。请问可以提 ...

nproc=16 mem=400MW试试？

作者
Author: Jesse 时间: 2022-8-17 12:00
老师您好我使用您的python脚本提取出了相对应的数据，但是并不清楚每一列数据的意义。我想做一个像文献里的图（Adv. Mater. 2021, 33, 2105999） (, 下载次数 Times of downloads: 61)
烦请您指点我应该如何作图分析重组能，谢谢
屏幕输出 (, 下载次数 Times of downloads: 29)
huang-rhys (, 下载次数 Times of downloads: 19)
矩阵文件 (, 下载次数 Times of downloads: 11)

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-8-17 19:15

Jesse 发表于 2022-8-17 12:00
老师您好我使用您的python脚本提取出了相对应的数据，但是并不清楚每一列数据的意义。我想做一个像文献里 ...

直接用fc2.log.hr.txt在origin里作图得到的Huang-Rhys factor的图，和你发的图是类似的；如果y轴要重组能的分解结果，那么用屏幕输出里的重组能数据替换即可。

作者
Author: Jesse 时间: 2022-8-17 20:28

Kalinite 发表于 2022-8-17 19:15
直接用fc2.log.hr.txt在origin里作图得到的Huang-Rhys factor的图，和你发的图是类似的；如果y轴要重组能 ...

好的，十分感谢Kalinite老师！

作者
Author: 小亚eva 时间: 2022-11-25 23:33

Kalinite 发表于 2022-8-17 19:15
直接用fc2.log.hr.txt在origin里作图得到的Huang-Rhys factor的图，和你发的图是类似的；如果y轴要重组能 ...

您好，请问在您的小程序结果的基础上，图里的键长、键角、二面角对重组能贡献具体怎么计算呢

作者
Author: Kalinite 时间: 2022-11-26 11:34

小亚eva 发表于 2022-11-25 23:33
您好，请问在您的小程序结果的基础上，图里的键长、键角、二面角对重组能贡献具体怎么计算呢

尚不支持这么做，且未必有非常明确的意义，收费程序MOMAP可以做。

作者
Author: weixy 时间: 2023-2-1 19:55
老师，我没看懂，说一下我的理解
我算了中性分子以及带电分子的优化和频率分析关键词为
#p opt freq 6-311g(d,p) m062x
然后我需要把中性分子以及带电分子优化后的log文件再进行下面的计算：
%oldchk=带电分子.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)

initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
print=(huangrhys,matrix=JK)

中性分子.chk
带电分子.chk

这个计算完成后输入python gau_reorg.py output.log即可

不知道是否是这样？求老师解答

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-2-2 15:32

weixy 发表于 2023-2-1 19:55
老师，我没看懂，说一下我的理解
我算了中性分子以及带电分子的优化和频率分析关键词为
#p opt freq 6- ...

Gaussian的FCHT是处理同一个分子的不同电子态之间跃迁的，如S0-S1、S1-T1等。虽然重组能分解对于你想做的neutral-charged情况也一样适用，但Gaussian在执行任务时是否会因一些原因报错，例如电子数不同、无激发信息等，做个例子试试便知。
关于输入文件，由于neutral和charged state自旋多重度必然是不一样的，应freq(readfc,fc,readfcht)。

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2023-2-25 17:00
老师您好，我有一个S1结构只能通过使用多参考方法计算得到，高斯计算用td,或者eomcc都不能正常完成，目前是用molpro计算cas得到的，我可以使用molpro存fchk文件然后使用这个脚本吗

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-2-26 00:01

小西瓜123 发表于 2023-2-25 17:00
老师您好，我有一个S1结构只能通过使用多参考方法计算得到，高斯计算用td,或者eomcc都不能正常完成，目前是 ...

如果molpro存成的fchk包含正则模式相关信息且能被gaussian正确读取，则也可以这么做。

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2023-2-27 09:36

Kalinite 发表于 2023-2-26 00:01
如果molpro存成的fchk包含正则模式相关信息且能被gaussian正确读取，则也可以这么做。

谢谢老师，我试试

作者
Author: oyezzy 时间: 2023-3-17 16:14
请教老师，运行时出现这个语法报错，可能的原因？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-17 16:25

oyezzy 发表于 2023-3-17 09:14
请教老师，运行时出现这个语法报错，可能的原因？

在命令行里运行，而不是在python里运行
建议自己查一下python脚本一共有哪几种运行方式，这个属于常识

作者
Author: oyezzy 时间: 2023-3-17 16:50

wzkchem5 发表于 2023-3-17 16:25
在命令行里运行，而不是在python里运行
建议自己查一下python脚本一共有哪几种运行方式，这个属于常识

谢谢，刚试了2.7.5不能运行，需要3+版本

作者
Author: oyezzy 时间: 2023-3-17 17:04

oyezzy 发表于 2023-3-17 16:50
谢谢，刚试了2.7.5不能运行，需要3+版本

windows系统的python3+版本即可

作者
Author: Windln 时间: 2023-3-31 23:22
Kalinite老师，在计算uang-Rhys因子时，我遇到了一个错误。

Error: Too many modes selected with respect to the original request
192 modes chosen for 1 modes initially selected.

复制代码

这应该如何解决呢？
输入与输出文件包链接：
链接：https://pan.baidu.com/s/1W404tiWZ4D_dvMYGHlM3cQ
提取码：59si

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-4-1 23:06

Windln 发表于 2023-3-31 23:22
Kalinite老师，在计算uang-Rhys因子时，我遇到了一个错误。

这应该如何解决呢？

有虚频，先消虚频

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-4-2 01:36

Windln 发表于 2023-3-31 23:22
Kalinite老师，在计算uang-Rhys因子时，我遇到了一个错误。

这应该如何解决呢？

我看到你在公社群里的问题了。针对你的具体情况，如果会做QM/MM，例如最常用的静电嵌入方法，做有限差分得到Hessian，自己写脚本计算Huang-Rhys因子。或构建合理的簇模型，计算频率时将所有无关原子全部fix。若觉得簇模型仍然计算量过大，可以拟合RESP电荷，按照周围原子位置设置固定的背景电荷进行优化，计算频率，此时均应没有虚频。

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2023-4-12 16:23
老师您好，我使用了您的脚本计算，基态freq是#p freq aug-cc-pvtz nosymm guess=(mix,always) em=gd3 um062x计算，激发态freq是#p ueomccsd(maxcycle=300,singlets)/cc-pvdz nosymm freq计算，使用脚本后有输出Huang-Rhys Factors，但out文件末尾出现了报错，如下 ERROR: Low progression after class 2. Total convergence =  0.0%.
      The vibronic spectrum will likely be unreliable. Stopping.
Error termination via Lnk1e in /software//g16/l718.exe at Wed Apr 12 08:10:32 2023.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  5.1 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  5.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    5 Scr=    1
请问这是什么原因导致的呢？应该怎么解决呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-12 16:42

小西瓜123 发表于 2023-4-12 09:23
老师您好，我使用了您的脚本计算，基态freq是#p freq aug-cc-pvtz nosymm guess=(mix,always) em=gd3 um062 ...

基态频率计算和激发态频率计算的理论级别必须统一。
如果统一以后还有这个问题，说明基态结构和激发态结构差别太大，高斯的基于基态、激发态平衡结构的谐振近似计算失效。此时建议改用ORCA的AHAS方法计算。

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2023-4-12 17:31

wzkchem5 发表于 2023-4-12 16:42
基态频率计算和激发态频率计算的理论级别必须统一。
如果统一以后还有这个问题，说明基态结构和激发态结 ...

谢谢老师回复，我的initial是ho2…ch3的络合物，在激发态s1上计算得到，然后final是ch4…o2的络合物，在s0上得到，构型差别挺大的，要计算精度统一，基态得用ccsd(maxcycle=300,singlets)/cc-pvdz nosymm 计算结构优化和频率，对吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-12 19:04

小西瓜123 发表于 2023-4-12 10:31
谢谢老师回复，我的initial是ho2…ch3的络合物，在激发态s1上计算得到，然后final是ch4…o2的络合物，在s ...

对。此外CCSD/cc-pVDZ不如双杂化泛函搭配triple zeta基组，或者NEVPT2搭配triple zeta基组。首先CCSD不加(T)精度大打折扣，其次coupled cluster一般至少要triple zeta基组才能充分发挥出精度优势

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2023-4-12 21:18

wzkchem5 发表于 2023-4-12 19:04
对。此外CCSD/cc-pVDZ不如双杂化泛函搭配triple zeta基组，或者NEVPT2搭配triple zeta基组。首先CCSD不加 ...

谢谢老师，请问改用ORCA的AHAS方法计算是计算重组能吗？还没有用过orca

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-12 22:37

小西瓜123 发表于 2023-4-12 14:18
谢谢老师，请问改用ORCA的AHAS方法计算是计算重组能吗？还没有用过orca

直接计算得到振动分辨光谱。重组能按四点法计算就行了

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-4-13 15:03

小西瓜123 发表于 2023-4-12 16:23
老师您好，我使用了您的脚本计算，基态freq是#p freq aug-cc-pvtz nosymm guess=(mix,always) em=gd3 um062 ...

你若只需要重组能和Huang-Rhys因子，无视该报错即可。
若需要振动分辨的光谱，Low progression如何解决的问题前面帖子里已经说过了。

ORCA的AHAS方法Gaussian16也可以做，关键词并没有在手册中给出。若图方便就用ORCA。

作者
Author: stella578 时间: 2023-4-13 15:16
本帖最后由 stella578 于 2023-4-13 15:21 编辑

老师您好，我在进行Gaussian FCHT计算时遇到了以下报错，请问是什么原因导致的呢？（两态的原子顺序是一致的，输入文件已附图）

Initial state structure is set in Eckart orientation.
Final state structure is superposed to it.

Error in GetR
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/G16A3/g16/l718.exe at Thu Apr 13 15:00:55 2023.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes 15.8 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    11 Int=    0 D2E=    0 Chk=    56 Scr=    1

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-4-13 15:45

stella578 发表于 2023-4-13 15:16
老师您好，我在进行Gaussian FCHT计算时遇到了以下报错，请问是什么原因导致的呢？（两态的原子顺序是一致 ...

输入文件看上去没什么问题。可以传一下chk给你看看。

作者
Author: stella578 时间: 2023-4-13 16:16

Kalinite 发表于 2023-4-13 15:45
输入文件看上去没什么问题。可以传一下chk给你看看。

谢谢老师，这是我的chk文件，文件太大所以放网盘了链接：https://pan.baidu.com/s/185gLtfz6tOh1-gOsdLDn8A
提取码：v4w5

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2023-4-13 20:48

Kalinite 发表于 2023-4-13 15:03
你若只需要重组能和Huang-Rhys因子，无视该报错即可。
若需要振动分辨的光谱，Low progression如何解决 ...

对，我主要需要重组能和Huang-Rhys因子，谢谢老师回复

作者
Author: 小西瓜123 时间: 2023-4-13 20:49

wzkchem5 发表于 2023-4-12 22:37
直接计算得到振动分辨光谱。重组能按四点法计算就行了

好哒，我学习学习orca,谢谢老师回复

作者
Author: Lichuan 时间: 2023-4-16 22:22
老师，这位同学的步骤对吗，输入文件怎么写啊，可以给个例子么

作者
Author: Lichuan 时间: 2023-4-17 10:13
老师您好，这是我的log文件，然后运行python报错了，请老师帮看看是什么原因

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-4-17 14:33

Lichuan 发表于 2023-4-17 10:13
老师您好，这是我的log文件，然后运行python报错了，请老师帮看看是什么原因

这是Gaussian报错，.chk文件有问题，.log里根本没有Huang-Rhys结果，脚本自然不能正常运行

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-4-17 14:37

Lichuan 发表于 2023-4-16 22:22
老师，这位同学的步骤对吗，输入文件怎么写啊，可以给个例子么

截图里修改为 freq(readfc,fc,readfcht) 即可

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-4-17 16:18
本帖最后由 Kalinite 于 2023-4-17 16:19 编辑

stella578 发表于 2023-4-13 16:16
谢谢老师，这是我的chk文件，文件太大所以放网盘了链接：https://pan.baidu.com/s/185gLtfz6tOh1-gOsdLDn ...

虽然是freq任务，但你的.chk文件中不包含振动模式相关信息，转成.fchk用GaussView打开frequencies中是空白的。说明你用的Gaussian版本比较老，关键词里应写：freq=SaveNM (即：freq=SaveNormalMode)。具体参考主贴末尾有说明。

作者
Author: Lichuan 时间: 2023-4-17 17:12
老师，我重新做了振动分析，把虚频去掉了。另外把python也升级到3以上了。还是输出不了huang-Rhys信息，烦请老师帮忙看看，文件我放在了百度云盘。链接：https://pan.baidu.com/s/1QkPm3jNMtscDASM2YDBthw
提取码：asds
哎，文章回稿，需补这部分数据，叨扰老师实属无奈之举，忘老师见谅。

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-4-17 23:22
本帖最后由 Kalinite 于 2023-4-17 23:26 编辑

Lichuan 发表于 2023-4-17 17:12
老师，我重新做了振动分析，把虚频去掉了。另外把python也升级到3以上了。还是输出不了huang-Rhys信息，烦 ...

S1的计算没写TD
这居然还能没有虚频（虽然有一个极小的0.75 cm^-1），从某种程度上可以认为S1和S0结构非常接近

作者
Author: Lichuan 时间: 2023-4-18 09:09

Kalinite 发表于 2023-4-17 23:22
S1的计算没写TD
这居然还能没有虚频（虽然有一个极小的0.75 cm^-1），从某种程度上可以认为S1和S0结构非 ...

谢谢老师，我去试试

作者
Author: stella578 时间: 2023-4-18 14:33

Kalinite 发表于 2023-4-17 16:18
虽然是freq任务，但你的.chk文件中不包含振动模式相关信息，转成.fchk用GaussView打开frequencies中是空 ...

我再去试试，谢谢老师！

作者
Author: 小虎兔 时间: 2023-6-22 10:09
老师，我使用的09Gauss，您看一下是输出结果显示命令错误，是因为版本问题吗？还是写错了命令？
Using the following non-standard input for vibronic spectroscopy:
initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission

ERROR: The following wrong keyword(s) have been found:
INITIAL=SOURCE=CHK

SPECTROSCOPY=ONEPHOTONEMISSION
Error termination via Lnk1e in /public1/apps/gs/g09/l718.exe

作者
Author: furcore 时间: 2023-6-26 22:01
老师，您好，我在计算重组能时遇到了以下问题：
当我以基态(TBPY-gs)作为初态时，出现了FileIO operation on non-existent file.的报错。
此时的输入文件为：
%oldchk=TBPY-es.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)

initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
print=(huangrhys,matrix=JK)

TBPY-gs.chk
TBPY-es.chk

出现了.chk文件的读取失败：
Initial State
-------------
Data taken from checkpoint file "TBPY-gs.chk"
Normal modes recovered from file.
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-40770 Len=          0 IPos=          0 Q= 47574516753952

dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 33 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = F LstWrd =    659456 FType=2 FMxFil=10000

但是当我以激发态（TBPY-es）作为初态时，初态末态读取正常且未发生报错。
此时的输入文件为：
%oldchk=TBPY-gs.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)

initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
print=(huangrhys,matrix=JK)

TBPY-es.chk
TBPY-gs.chk

此时读取正常：
Initial State
-------------
Data taken from checkpoint file "TBPY-es.chk"
Normal modes recovered from file.

Final State
-----------
Data taken from checkpoint file "TBPY-gs.chk"
Normal modes recovered from file.

您知道为啥会出现这样嘛？这是我的.chk文件有问题的原因嘛？

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-6-27 04:13

furcore 发表于 2023-6-26 22:01
老师，您好，我在计算重组能时遇到了以下问题：
当我以基态(TBPY-gs)作为初态时，出现了FileIO operation ...

TBPY-gs.chk有问题，转成fchk用GaussView打开，检查是否包含振动模式相关信息

作者
Author: furcore 时间: 2023-6-28 01:07

Kalinite 发表于 2023-6-27 04:13
TBPY-gs.chk有问题，转成fchk用GaussView打开，检查是否包含振动模式相关信息

老师您好，我检查了.log文件和.fchk文件里面应该都有振动模式的信息，不太清楚问题出在哪里。
这是我的.log文件和.fchk文件，麻烦您帮忙看一看。
链接：https://pan.baidu.com/s/1Hh69DD4OIWpzkTY-UL_JYw?pwd=xfeg
提取码：xfeg

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-6-30 11:27

furcore 发表于 2023-6-28 01:07
老师您好，我检查了.log文件和.fchk文件里面应该都有振动模式的信息，不太清楚问题出在哪里。
这是我的. ...

这个fchk看不出明显问题，方便的话可以两个都传一下

作者
Author: furcore 时间: 2023-7-1 16:42

Kalinite 发表于 2023-6-30 11:27
这个fchk看不出明显问题，方便的话可以两个都传一下

老师您好，我把激发态的文件也都传上去了，麻烦您看一下吧，谢谢老师
链接：https://pan.baidu.com/s/1D8R9K_vy_BhY94CVkXS8Sg?pwd=os1t
提取码：os1t
--来自百度网盘超级会员V3的分享

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-7-2 02:59

furcore 发表于 2023-7-1 16:42
老师您好，我把激发态的文件也都传上去了，麻烦您看一下吧，谢谢老师
链接：https://pan.baidu.com/s/1D ...

我将你的.fchk用unfchk转换后，能够正常计算。考虑是不是你的.chk文件损坏了，如某次计算失败，但没有写oldchk，导致.chk中某些信息缺失
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: Red_Star 时间: 2023-7-7 17:33
本帖最后由 Red_Star 于 2023-7-7 17:50 编辑

您好，我想请教一下输入文件中的spectroscopy=onephotonemission关键词，在实际计算中，应该怎么根据自己的体系设置呢，或者说有什么要求吗？谢谢！

作者
Author: Red_Star 时间: 2023-7-7 19:38

HONEYJ 发表于 2022-5-17 22:32
老师，g16 B01是不支持这个吗,我按照老师的输入文件写结果会出现输入错误。
FileIO operation on non-ex ...

您好，请问这个问题解决了吗？这个报错的原因是什么呢？

作者
Author: Red_Star 时间: 2023-7-8 09:54

Kalinite 发表于 2022-5-18 21:17
16楼的报错大概率与chk有关，缺少了某些信息，G16 B.01是支持这么做的。不过看来这个问题已经解决了。
1 ...

您好，请问16楼的错误是什么原因造成的呢？我也出现了同样的报错。

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-7-9 16:33

Red_Star 发表于 2023-7-8 09:54
您好，请问16楼的错误是什么原因造成的呢？我也出现了同样的报错。

FileIO operation on non-existent file.
要么文件不存在，要么不包含所需要的信息

作者
Author: iamjieliu 时间: 2023-7-9 20:15
太感谢了，正需要这个

作者
Author: xm.liu 时间: 2023-9-16 22:54
老师您好，我是用您的方法计算分解重组能，最后分解重组能的结果很大约11ev,这个结果明显不太合理，还有您计算分解重组能的坐标使用的是CARTESIAN,有没有方法修改为INTENAl,如果修改为INTERNAL结果会不会合理一些，

作者
Author: Kalinite 时间: 2023-9-17 21:41

xm.liu 发表于 2023-9-16 22:54
老师您好，我是用您的方法计算分解重组能，最后分解重组能的结果很大约11ev,这个结果明显不太合理，还有您 ...

如果一切计算无误，此法得到的结果不合理，可以使用FCClasses做；如果结果仍不合理，考虑是体系本身的问题，不适用某些近似。仅需要总重组能的结果时，没必要用此法计算。
我不知道Gaussian是否支持用内坐标做，非要使用内坐标对解决此问题无益。

作者
Author: xm.liu 时间: 2023-9-19 15:44
本帖最后由 xm.liu 于 2023-9-19 15:49 编辑

Kalinite 发表于 2023-9-17 21:41
如果一切计算无误，此法得到的结果不合理，可以使用FCClasses做；如果结果仍不合理，考虑是体系本身的问 ...

谢谢老师的回复，FCclass3.0我也用了

，总重组能的结果差不多都是10ev左右，绝热发射能1.75ev,这个结果是不是很不合理，还可以用吗，至于为什么我问您内坐标的问题，原因就是我Cartesian坐标用FCclass3.0同时及算出来一个分子的KIC是负数，但是换成内坐标计算就是正数，尝试了一些方法也没解决

作者
Author: Lichuan 时间: 2024-2-5 22:11

Kalinite 发表于 2023-4-17 23:22
S1的计算没写TD
这居然还能没有虚频（虽然有一个极小的0.75 cm^-1），从某种程度上可以认为S1和S0结构非 ...

kalinite老师您好，S1和S0构型差异太大是不是计算不出相应的振动分辨光谱啊，有相应的文献吗

作者
Author: Eclair 时间: 2024-2-7 23:37

xm.liu 发表于 2023-9-16 22:54
老师您好，我是用您的方法计算分解重组能，最后分解重组能的结果很大约11ev,这个结果明显不太合理，还有您 ...

向内坐标分解的方式不唯一，momap可以完成

作者
Author: 2421886719 时间: 2024-4-24 10:53
老师您好，
   我用您的方法分解重组能，Gaussian输出文件报错如下：
Data taken from checkpoint file "initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission"
Error termination in NtrErr:
ntran open failure returned to fopen.
   然后使用小程序也报错：
IndexError：list index out of range
   想请问下这个该怎么解决呀

作者
Author: Kalinite 时间: 2024-4-24 15:36

2421886719 发表于 2024-4-24 10:53
老师您好，
我用您的方法分解重组能，Gaussian输出文件报错如下：
Data taken from checkpoint fil ...

贴一下完整的输入文件呢。
可能是chk文件有问题，先确认一下前面计算步骤有没有正常结束，chk是否正常生成。

作者
Author: Kalinite 时间: 2024-4-24 15:40

Lichuan 发表于 2024-2-5 22:11
kalinite老师您好，S1和S0构型差异太大是不是计算不出相应的振动分辨光谱啊，有相应的文献吗

不是算不出，主要是构型差异太大的话，不适合使用谐振近似。

作者
Author: 2421886719 时间: 2024-4-24 21:01
本帖最后由 2421886719 于 2024-4-24 21:22 编辑

Kalinite 发表于 2024-4-24 15:36
贴一下完整的输入文件呢。
可能是chk文件有问题，先确认一下前面计算步骤有没有正常结束，chk是否正常生 ...

老师您好，生成的chk文件应该没问题，因为我用生成的chk文件做过一些后续的计算，文件因为太大贴不了，我把完整的输入和输出文件放在了百度网盘链接里，麻烦老师了。
链接：https://pan.baidu.com/s/1lGPxIoQFFoVkjTgVS_HIaQ
提取码：i3it

作者
Author: qinsc 时间: 2024-5-6 23:20

Kalinite 发表于 2023-2-2 15:32
Gaussian的FCHT是处理同一个分子的不同电子态之间跃迁的，如S0-S1、S1-T1等。虽然重组能分解对于你想做的 ...

老师您好，我和这个提问的同学一样计算Charge-Neutral的重组能分解，高斯会报错

ERROR: Low progression after class 2. Total convergence = 13.7%.
The vibronic spectrum will likely be unreliable. Stopping.

复制代码

但似乎不影响后续输出重组能，这里得到的结论可以使用吗？

作者
Author: Kalinite 时间: 2024-5-11 20:07

2421886719 发表于 2024-4-24 21:01
老师您好，生成的chk文件应该没问题，因为我用生成的chk文件做过一些后续的计算，文件因为太大贴不了，我 ...

查看了你的fchk，你的关键词写的有误，参考主贴重算一下

作者
Author: Kalinite 时间: 2024-5-11 20:08

qinsc 发表于 2024-5-6 23:20
老师您好，我和这个提问的同学一样计算Charge-Neutral的重组能分解，高斯会报错

但似乎不影响后续输出 ...

没有关系，报错是光谱计算部分的，与重组能无关

作者
Author: qinsc 时间: 2024-5-16 22:29

Kalinite 发表于 2024-5-11 20:08
没有关系，报错是光谱计算部分的，与重组能无关

好的，谢谢老师！

作者
Author: 2421886719 时间: 2024-5-21 10:46

HONEYJ 发表于 2022-5-17 22:32
老师，g16 B01是不支持这个吗,我按照老师的输入文件写结果会出现输入错误。
FileIO operation on non-ex ...

你好，我也出现了一样的报错，想请问一下这个最后是怎么解决的

作者
Author: 2421886719 时间: 2024-5-21 17:48

Kalinite 发表于 2024-5-11 20:07
查看了你的fchk，你的关键词写的有误，参考主贴重算一下

好的，谢谢老师

作者
Author: 阿甘 时间: 2024-5-31 17:26
老师您好，我用Gaussian 16, Revision A.03的频率计算得到了S0平衡位置和S1平衡位置的振动频率分析，然后使用同样版本的Gaussian输出了Huang-Rhys因子，在Gaussian输出文件中有168个Mode。后续运行老师您的脚本处理数据时发现只输出了112个Mode的Huang-Rhys因子和相应重组能。请问老师，我在哪里操作错了或者理解错了吗？

作者
Author: Kalinite 时间: 2024-5-31 17:31

阿甘发表于 2024-5-31 17:26
老师您好，我用Gaussian 16, Revision A.03的频率计算得到了S0平衡位置和S1平衡位置的振动频率分析，然后使 ...

可以发一下log和fch给我看下，按理来说是不会有这种问题的。

作者
Author: 天月将白 时间: 2024-6-3 15:35

Kalinite 发表于 2023-7-2 02:59
我将你的.fchk用unfchk转换后，能够正常计算。考虑是不是你的.chk文件损坏了，如某次计算失败，但没有写o ...

老师您好，我也遇到了一摸一样的问题，以激发态为初态，基态为末态，oldchk=基态.chk可以正常运算；以基态为初态，激发态为初态，oldchk=激发态.chk就不行，报错显示无法读取初态的chk，请问有什么解决的办法吗

作者
Author: 天月将白 时间: 2024-6-4 00:59

furcore 发表于 2023-6-26 22:01
老师，您好，我在计算重组能时遇到了以下问题：
当我以基态(TBPY-gs)作为初态时，出现了FileIO operation ...

同学，请问你解决了吗

作者
Author: Kalinite 时间: 2024-6-4 12:15

天月将白发表于 2024-6-3 15:35
老师您好，我也遇到了一摸一样的问题，以激发态为初态，基态为末态，oldchk=基态.chk可以正常运算；以基 ...

检查chk文件

作者
Author: 天月将白 时间: 2024-6-4 13:26

Kalinite 发表于 2024-6-4 12:15
检查chk文件

老师chk文件没问题，S1-S0可以算出来，我试过好几个化合物都是这样，算S0-S1的时候无法识别S0的chk

作者
Author: Kalinite 时间: 2024-6-4 19:26

天月将白发表于 2024-6-4 13:26
老师chk文件没问题，S1-S0可以算出来，我试过好几个化合物都是这样，算S0-S1的时候无法识别S0的chk

如果按照主贴计算，得到的chk肯定是可以的，要不就损坏了，要不就是关键词不对

作者
Author: 天月将白 时间: 2024-6-5 12:56

Kalinite 发表于 2024-6-4 19:26
如果按照主贴计算，得到的chk肯定是可以的，要不就损坏了，要不就是关键词不对

老师我算了一个苯的，也是S0-S1报错，S1到S0的可以，您有时间可以看一下吗

作者
Author: Kalinite 时间: 2024-6-5 22:58

天月将白发表于 2024-6-5 12:56
老师我算了一个苯的，也是S0-S1报错，S1到S0的可以，您有时间可以看一下吗

initial state S0.chk
final state S1.chk
则此时显然是onephotonabsorption而非onephotonemission

(, 下载次数 Times of downloads: 3)
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: 天月将白 时间: 2024-6-5 23:33

Kalinite 发表于 2024-6-5 22:58
initial state S0.chk
final state S1.chk
则此时显然是onephotonabsorption而非onephotonemission

哦哦，原来是这样，谢谢老师！

作者
Author: cokie 时间: 2024-6-17 22:17
本帖最后由 cokie 于 2024-6-17 22:19 编辑

老师您好！关于【输出Huang-Rhys因子的方法】有几个问题想向您讨教。

在使用Gaussian 16 A.0.3按您所述的方法计算并输出HHuang-Rhys因子时，遇到了“输出的Huang-Rhys因子存在明显错误”的问题（比如存在对应某些振动模式，数值达到3000左右的Huang-Rhys因子），此时再采用老师您所写的脚本，结合Gaussian输出的Huang-Rhys因子来拆分重组能，就得到了及其离谱的结果。（比如总重组能高达3000 eV，但根据四点法所计算的S1 --> S0过程的重组能只有0.17 eV)。

根据gaussian使用的是谐振近似模型，以及一些帖子讨论的结论，我猜测是因为分子初末态几何结构差别过大使得Huang-Rhys因子的输出出现问题。

接着我又尝试使用FCClasses3.0.3 和 3.0.1 两个版本尝试进行Huang-Rhys因子的计算，采取的是EMI/AH modal/FC/INTERNAL COORDS进行的计算，结果依然不理想，还是存在高达几百的Huang-Rhys因子，这也致使换算出的拆分后的重组能依旧不合理（高达400以上）。

请问老师，在没有MOMAP资源的前提下，是否有什么方法（比如调整关键词等）来获得起码看起来合理/正确的Huang-Rhys因子结果呢？

作者
Author: Kalinite 时间: 2024-6-19 20:10

cokie 发表于 2024-6-17 22:17
老师您好！关于【输出Huang-Rhys因子的方法】有几个问题想向您讨教。

在使用Gaussian 16 A.0.3按您所述 ...

FCClasses EMI/AH modal/FC/INTERNAL COORDS也不能给出合理结果的话，那换用MOMAP大概率也没法解决问题，可能是体系比较特殊，也并不罕见。
个人认为此时讨论相对大小即可，如考察振动模式对总重组能贡献的比例；总重组能仍使用四点法计算的结果，这个是没有问题的。

作者
Author: Joel 时间: 2024-7-11 12:39

Kalinite 发表于 2024-6-19 20:10
FCClasses EMI/AH modal/FC/INTERNAL COORDS也不能给出合理结果的话，那换用MOMAP大概率也没法解决问题， ...

可能是坐标系的问题，我先用您的脚本算了一下，得到的重组能（1.8 eV）明显高于四点法（0.35 eV）算出来的重组能，然后用momap算了一下，momap给了两个不同坐标下的重组能，基于笛卡尔坐标得到的重组能和用您的脚本也就是用高斯算出来的结果接近，但是基于内坐标算出来的结果就和四点法算出来的结果相近，个人猜测可能是结构优化过程中坐标数值出现了较大的变动？

作者
Author: Kalinite 时间: 2024-7-16 02:50

Joel 发表于 2024-7-11 12:39
可能是坐标系的问题，我先用您的脚本算了一下，得到的重组能（1.8 eV）明显高于四点法（0.35 eV）算出来 ...

如果是这样的话，那可以把两个优化过结构在VMD里align一下，重新做一个freq。如果此时笛卡尔坐标系下能得到较好结果，那大概率能说明是坐标系的问题了。
不过按理说FCClasses用内坐标就能解决这种问题，97楼说他的例子FCClasses不行，不知道他的例子MOMAP行不行。根据笛卡尔坐标产生内坐标的方式，不同程序之间的差异可能太大了。

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