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标题: 求助：用量子化学团簇模型酶催化机理相关问题 [打印本页]

作者
Author: sun877469558 时间: 2022-3-31 14:07
标题: 求助：用量子化学团簇模型酶催化机理相关问题
量子化学簇方法，是研究酶活性位点的反应机制和其他性质的一种简单而强大的方法。活性位点的模型通常是根据酶的一些可用的晶体结构设计的。选择一些代表重要催化基团和其他定义活性位点的残基，而酶的其余部分被截断。

请问有没有研究者尝试使用以下两种情况做量子化学团簇酶催化机理计算？
1.无结构，使用Alphafold2建模的模型或者高度同源的建模的结构，再使用分子对接以及MD，去找到合适的复合物模型
2.仅仅有蛋白的Apo结构，通过分子对接和MD，找到合适的复合物模型

用以上两种情况下做量子化学计算，会不会被遭到审稿人的质疑?或者说在一些高质量期刊上，很难说服审稿人?

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-31 14:30
1的情况100%有已发表的文献并且能搜到。这种情况会不可避免地会受到怀疑，是否能让审稿人接受看具体怎么实现，决定了可信性高低

作者
Author: sun877469558 时间: 2022-3-31 17:02

sobereva 发表于 2022-3-31 14:30
1的情况100%有已发表的文献并且能搜到。这种情况会不可避免地会受到怀疑，是否能让审稿人接受看具体怎么实 ...

谢谢sob老师，如果是以上1或者2的情况，是推荐使用B3LYP-D3(BJ)还是更加精确的M06-2X以得到更精确的结果，或者说模型本身就可能有瑕疵，用M06-2X也并不能挽回什么，只是徒增计算

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 00:51

sun877469558 发表于 2022-3-31 17:02
谢谢sob老师，如果是以上1或者2的情况，是推荐使用B3LYP-D3(BJ)还是更加精确的M06-2X以得到更精确的结果 ...

优化和振动分析用B3LYP-D3(BJ)
算高精度单点时用M06-2X通常更好点

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